Chương 3 KẾT QUẢ NGHIấN CỨU
3.2.1. Kết quả so sỏnh thành phần nucleotide và amino acid gen PB
3.2.1.1. Kết quả so sỏnh thành phần nucleotide và amino acid gen PB2
Kết quả so sỏnh trỡnh tự nucleotide và amino acid gen PB2, của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 trong nghiờn cứu và 19 chủng đại diện 4 nhúm virus núi trờn, tổng cộng là 25 chủng virus bằng chương trỡnh GENEDOC 2.5, cho thấy:
- Trỡnh tự gen PB2 của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu đều cú 2.280 nucleotide, mó húa cho protein PB2 chứa đầy đủ 759 amino acid, bằng đỳng số lượng nucleotide và amino acid cú trong trỡnh tự tương ứng, của 19 chủng đại diện 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh.
- Bờn cạnh nhiều vị trớ sai khỏc đơn lẻ, cú tới 110 vị trớ sai khỏc nucleotide giữa cỏc trỡnh tự gen PB2 của 25 chủng virus cỳm A/H5N1, phõn chia tương đối tập trung theo 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh được thống kờ ở phụ lục 16. Tuy nhiờn, chỉ cú 18/110 vị trớ sai khỏc nucleotide kể trờn dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PB2 suy diễn, được thống kờ ở bảng 3.1 và bảng 3.2. Vị trớ nucleotide 1879 trong trỡnh tự gen PB2 khi thay đổi từ cytosin (C) thành adenin (A), dẫn đến thay đổi glutamic acid (E) thành lysin (K) tại vị trớ 627 trong protein PB2, của 25 chủng virus so sỏnh cũng được thống kờ ở cỏc bảng 3.1 và 3.2.
Kết quả ở cỏc bảng 3.1 và 3.2 cho thấy:
- Cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 trong từng nhúm virus clade: 2.3.3.1, 2.3.4.3, 1.1 và 1, đều cú trỡnh tự gen PB2 đồng nhất với nhau về thành phần nucleotide và amino acid tại 18/18 vị trớ thống kờ.
- Nhúm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng virus nghiờn cứu: DkQT801- 2011 và DkQT802-2011, cú trỡnh tự gen PB2 sai khỏc 3/18 vị trớ về nucleotide dẫn đến thay đổi 3 vị trớ amino acid, gồm: E65D (glycin ↔ aspartic acid), M473L (methionin ↔ leucin) và A588T (alanin ↔ threonin), so với trỡnh tự tương ứng của cỏc chủng trong 3 nhúm virus clade: 2.3.4.3, 1 và 1.1.
- Nhúm virus clade 2.3.4.3 gồm 2 biến chủng: DkNA72-2007 và DkNA114- 2007, cú trỡnh tự gen PB2 sai khỏc 2/18 vị trớ nucleotide, dẫn đến thay đổi 2 vị trớ amino acid là: T106A (threonin ↔ alanin) và L618M (leucin ↔ methionin), so với trỡnh tự tương ứng của cỏc chủng trong 3 nhúm virus clade: 2.3.2.1, 1 và 1.1.
- Tương tự, nhúm virus clade 1.1 gồm 2 biến chủng: CkDT382-2008 và DkTG926-2009, cú trỡnh tự gen PB2 sai khỏc tới 7/18 vị trớ về nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trỡnh tự protein PB2, so với trỡnh tự tương ứng của cỏc chủng trong 3 nhúm virus clade: 1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Cỏc vị trớ amino acid thay đổi trong protein PB2 gồm: A221T (alanin ↔ threonin), L317M (leucin ↔ methionin), V338I (valin ↔ isoleucin), H357Y (histidin ↔ tyrosin), P430T (prolin ↔ threonin), I463V (isoleucin ↔ valin) và V494I (valin ↔ isoleucin).
- Nhúm virus clade 1 cú trỡnh tự gen PB2 cũng lần lượt sai khỏc về nucleotide dẫn tới thay đổi amino acid tại cỏc vị trớ phõn tớch ở trờn, so với trỡnh tự tương ứng của cỏc chủng trong 3 nhúm virus clade: 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1.
Bảng 3.1. Cỏc vị trớ sai khỏc nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trỡnh tự gen PB2
của 25 chủng virus cỳm A/H5N1 so sỏnh
SỐTHỨ THỨ
TỰ