Về kết quả xỏc định phả hệ nguồn gốc gen PB

Chương 4 BÀN LUẬN

4.3.1. Về kết quả xỏc định phả hệ nguồn gốc gen PB

Kết quả phõn tớch xỏc định phả hệ nguồn gốc gen PB2, của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu với 50 chủng virus đại diện tham chiếu, cho thấy:

- Gen PB2 của nhúm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng virus nghiờn cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011, phõn lập từ gia cầm tại Việt Nam cỏc năm 2011 và 2012, cú quan hệ gần gũi với gen tương ứng của nhúm virus cỳm A/H5N1 clade 2.3.2.1 phõn lập tại Trung Quốc và Mụng Cổ cỏc năm 2009 – 2010. Tuy nhiờn, nhúm virus clade 2.3.2.1 phõn lập tại Việt Nam lại cú quan hệ nguồn gốc gần gũi hơn với chủng virus A/Hubei/1/2010 phõn lập từ người bệnh tại Trung Quốc năm 2010. Điều này cho thấy, gen PB2 của nhúm virus clade 2.3.2.1 phõn lập tại Việt Nam là cú nguồn gốc từ cỏc chủng virus clade 2.3.2.1, hỡnh thành và lưu hành ở Trung Quốc trong cỏc năm 2009 – 2010. Cỏc dữ liệu phõn tớch ở trờn cũng chứng tỏ, gen PB2 của cỏc chủng virus clade 2.3.2.1 hỡnh thành tại Trung Quốc năm 2009,

cú thể được thu nhận từ nguồn gen của virus cỳm A/H5N1, lưu hành ở chim hoang dó cú tập quỏn di cư giữa chõu Âu và chõu Á, cũn gọi là nguồn gen virus Âu–Á. Bờn cạnh đú, kết quả phõn tớch ở tiểu mục 3.2.2.1 cho thấy gen PB2 của nhúm virus clade 2.3.2.1, được thu nhận từ nguồn gen của virus cỳm A/H5N1 thuộc genotype V, mà gần gũi hơn là từ nhúm virus clade 2.3.4 hỡnh thành tại Trung Quốc từ năm 2005 và hiện lưu hành ở quần thể chim hoang dó.

- Gen PB2 của 2 biến chủng virus DkNA72-2007 và DkNA114-2007, cựng với cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 clade 2.3.4 và 2.3.4.3, phõn lập từ người và gia cầm bệnh tại Việt Nam cỏc năm 2007 – 2008, cú nguồn gốc từ nguồn gen của nhúm virus clade 2.3.4 thuộc genotype V, hỡnh thành và lưu hành tại Trung Quốc trong cỏc năm 2005 – 2006.

- Tương tự, gen PB2 của 2 biến chủng virus CkDT382-2008 và DkTG926- 2009, cựng với chủng virus A/MDk/VN/OIE/559/2011 clade 1.1 phõn lập từ gia cầm tại Việt Nam, cú nguồn gốc từ nguồn gen của nhúm virus clade 1.1 thuộc genotype Z hỡnh thành và lưu hành tại Campuchia cỏc năm 2007 – 2011. Kết quả phõn tớch cũng cho thấy, gen PB2 của nhúm virus clade 1.1 núi trờn cú sự tiến húa từ nguồn gen của nhúm virus cỳm A/H5N1 clade 1 thuộc genotype Z, lưu hành gõy bệnh dịch tại Việt Nam và Thỏi Lan giai đoạn 2003 – 2005, mà cú nguồn gốc xa hơn từ virus clade 1 thuộc genotype Z và Z+ lưu hành tại Trung Quốc trước đú.

Như vậy, gen PB2 của cỏc chủng virus phõn lập tại Việt Nam từ 2003 đến nay gồm cả 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, chia tỏch thành 4 dưới phõn nhỏnh trong 2 phõn nhỏnh tiến húa, cú nguồn gốc từ nguồn gen tương ứng của virus cỳm A/H5N1 thuộc 2 genotype Z và V, hỡnh thành tại Trung Quốc và cỏc quốc gia lõn cận cựng thời gian. Trong đú, gen PB2 của cỏc chủng virus clade 2.3.2.1 và 2.3.4.3 cú nguồn gốc từ virus cỳm A/H5N1 thuộc genotype V, gen PB2 của cỏc chủng virus clade 1 và 1.1 cú nguồn gốc từ virus cỳm A/H5N1 thuộc genotype Z. Kết quả phõn tớch phả hệ dựa trờn trỡnh tự gen PB2 ở trờn phự hợp với kết quả phõn tớch biến đổi di truyền ở tiểu mục 3.2.1, cho thấy gen PB2 cú sự biến đổi hỡnh thành cỏc phõn nhúm gen biến đổi tương ứng với cỏc clade gen H5 ở virus cỳm A/H5N1, trong 04 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Kết quả trờn cũng phự hợp với cỏc kết quả nghiờn cứu xỏc định phả hệ nguồn gốc và genotype virus cỳm A/H5N1,

trong 4 nhúm virus núi trờn lưu hành tại Việt Nam, Trung Quốc và cỏc quốc gia lõn cận, dựa trờn cỏc gen H5, N1 hoặc toàn bộ hệ gen virus được cụng bố từ năm 2003 đến nay [75], [76], [77], [78], [80], [86].

+ Đặc biệt, gen PB2 của chủng virus A/VN/UT30850/2005 clade 1 phõn lập trờn người bệnh tại Việt Nam năm 2005, lại cú chung nguồn gốc với cỏc chủng virus clade 2.3.4 thuộc genotype V. Kết quả trờn chứng tỏ, gen PB2 cú nguồn gốc từ cỏc chủng virus thuộc genotype V, đó được tỏi tổ hợp trong hệ gen của cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 clade 1 lưu hành tại Việt Nam từ năm 2005.

+ Bờn cạnh đú, gen PB2 của cỏc chủng virus clade 2.2, 2.3.2, 2.3.4 và 2.1.3.2, thuộc 3 genotype Z, V và G phõn lập trong cỏc năm 2004 – 2007, tại Trung Quốc, Ấn Độ và Indonesia, tập hợp thành cỏc dưới phõn nhỏnh cú quan hệ nguồn gốc xa hơn với cỏc dưới phõn nhỏnh của cỏc chủng virus thuộc genotype Z và V. Kết quả này cho thấy, cú sự tỏi tổ hợp gen H5 và gen PB2 từ nguồn gen genotype virus khỏc nhau trong hệ gen của cỏc chủng virus kể trờn. Tuy nhiờn, kết quả xỏc định genotype tỏi tổ hợp phụ thuộc vào dữ liệu thụng tin đầy đủ, của cả 6 gen khung (PB2, PB1, PA, NP, M và NS) trong hệ gen virus. Vỡ vậy, cỏc chủng virus núi trờn vẫn được xỏc định thuộc về cỏc genotype Z, hoặc V, hoặc G của virus cỳm A/H5N1. Kết quả này chứng tỏ sự biến đổi phức tạp hệ gen của virus cỳm A/H5N1, khụng chỉ xuất hiện cỏc đột biến điểm nội gen mà cũn tỏi tổ hợp cỏc gen thành phần, hỡnh thành cỏc biến chủng virus mới trong quỏ trỡnh lưu hành tự nhiờn. Điều này tạo nờn sự đa dạng sinh học và làm cho dịch tễ cỳm A/H5N1 diễn biến phức tạp, khú dự đoỏn. Kết quả trờn cũng phự hợp diễn biến dịch tễ cỳm A/H5N1 giai đoạn 2004 – 2007, với sự xuất hiện nhiều biến chủng virus mới cú gen H5 biến đổi chia tỏch thành nhiều clade khỏc nhau, cựng với sự hỡnh thành 2 genotype tỏi tổ hợp mới (V và G) của virus cỳm A/H5N1 [12], [74], [76], [88], [92].

+ Kết quả phõn tớch nguồn gốc phả hệ cũng cho thấy, gen PB2 của cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 lưu hành gõy bệnh dịch tại Việt Nam, Trung Quốc và cỏc quốc gia chõu Á từ 2003 đến nay, cú nguồn gốc tiến húa chung từ nguồn gen tương ứng của nhúm virus clade 0 thuộc genotype GD. Đõy là nhúm virus cỳm A/H5N1 đầu tiờn được hỡnh thành và lưu hành tại Trung Quốc giai đoạn từ 1996 – 2000, tỏi tổ

hợp thu nhận gen PB2 từ nguồn gen của nhiều phõn type virus cỳm A khỏc nhau, cú nguồn gốc Âu-Á lưu hành trong quần thể chim hoang dó [12], [74], [88], [92].

Cỏc kết quả phõn tớch ở trờn cũng chứng tỏ cú sự biến đổi tiến húa phức tạp, khụng chỉ ở cỏc gen khỏng nguyờn H5, N1 mà cũn xảy ra cả ở gen PB2 trong hệ gen virus cỳm A/H5N1, lưu hành tại Việt Nam và cỏc quốc gia trong khu vực, kể từ khi hỡnh thành cỏc chủng virus đầu tiờn từ 1996 đến nay.

4.3.2. Về kết quả xỏc định phả hệ nguồn gốc gen PB1

Kết quả phõn tớch xỏc định phả hệ nguồn gốc dựa trờn trỡnh tự gen PB1 của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu với 50 chủng virus đại diện tham chiếu cho thấy, tương tự như gen PB2:

- Gen PB1 của nhúm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng virus nghiờn cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011, phõn lập từ gia cầm bệnh tại Việt Nam cỏc năm 2011 và 2012, cú quan hệ gần gũi với gen tương ứng của nhúm virus cỳm A/H5N1 clade 2.3.2.1 phõn lập tại Trung Quốc và Mụng Cổ cỏc năm 2009 – 2010. Trong đú, gen PB1 của 2 biến chủng virus nghiờn cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011, cựng với 3 chủng virus clade 2.3.2.1 phõn lập từ gia cầm bệnh tại Việt Nam, cú quan hệ nguồn gốc gần gũi hơn với gen tương ứng của chủng A/Hubei/1/2010 phõn lập từ người bệnh tại Trung Quốc, so với cỏc chủng phõn lập từ chim hoang dó trong nhúm virus clade 2.3.2.1. Kết quả này cho thấy, gen PB1 của cỏc chủng virus gõy bệnh ở gia cầm trong nhúm virus clade 2.3.2.1, cũng đó cú nhiều biến đổi so với cỏc chủng virus gõy bệnh ở chim hoang dó. Kết quả phõn tớch cũng cho thấy, gen PB1 của nhúm virus clade 2.3.2.1, cú quan hệ nguồn gốc gần gũi với gen tương ứng của 2 nhúm virus cỳm A/H5N1 clade 2.3.4.3 và 2.3.4 thuộc genotype V.

- Gen PB1 của 2 biến chủng virus DkNA72-2007 và DkNA114-2007, cựng với cỏc chủng virus clade 2.3.4 và 2.3.4.3, phõn lập tại Việt Nam cỏc năm 2007 – 2008, cú nguồn gốc từ nguồn gen của nhúm virus clade 2.3.4 thuộc genotype V, hỡnh thành và lưu hành tại Trung Quốc trong cỏc năm 2005 – 2006.

- Tương tự, gen PB2 của 2 biến chủng virus CkDT382-2008 và DkTG926- 2009, cựng với chủng virus A/MDk/VN/OIE/559/2011 clade 1.1 phõn lập từ gia cầm tại Việt Nam, cú nguồn gốc từ nguồn gen của nhúm virus clade 1.1 thuộc genotype Z hỡnh thành và lưu hành tại Campuchia cỏc năm 2007 – 2011. Bờn cạnh đú, gen PB1 của nhúm virus clade 1.1 núi trờn cú cũng cú quan hệ nguồn gốc gần

gũi với gen tương ứng của nhúm virus cỳm A/H5N1 clade 1 thuộc genotype Z, lưu hành gõy bệnh dịch tại Việt Nam và Thỏi Lan giai đoạn 2003 – 2005.

Như vậy, gen PB1 của cỏc chủng virus phõn lập tại Việt Nam từ 2003 đến nay bao gồm 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, cú sự biến đổi phõn chia thành 4 dưới phõn nhỏnh trong 2 phõn nhỏnh tiến húa, cú nguồn gốc từ nguồn gen tương ứng thuộc 2 genotype Z và V của virus cỳm A/H5N1, được hỡnh thành tại Trung Quốc và cỏc quốc gia lõn cận. Trong đú, gen PB1 của cỏc chủng virus clade 2.3.2.1 và 2.3.4.3 cú nguồn gốc từ virus cỳm A/H5N1 thuộc genotype V, gen PB2 của cỏc chủng virus clade 1 và 1.1 cú nguồn gốc từ virus cỳm A/H5N1 thuộc genotype Z. Kết quả phõn tớch phả hệ dựa trờn trỡnh tự gen PB1 ở trờn phự hợp với kết quả phõn tớch biến đổi di truyền ở tiểu mục 3.2.1.1 cho thấy, gen PB1 cũng cú sự biến đổi tương quan với gen H5, trong 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1. Kết quả trờn cũng phự hợp với cỏc kết quả xỏc định phả hệ nguồn gốc virus cỳm A/H5N1, trong 4 nhúm virus núi trờn lưu hành tại Việt Nam, Trung Quốc và cỏc quốc gia lõn cận từ năm 2003 đến nay [75], [76], [77], [78], [80], [86].

+ Bờn cạnh đú, kết quả phõn tớch nguồn gốc phả hệ gen PB1 của một số chủng virus clade 2.2, 2.3.2, 2.3.4 và 2.1.3.2, thuộc genotype Z, V và G phõn lập trong cỏc năm 2004 – 2007, tại Trung Quốc, Ấn Độ và Indonesia, cũng cho thấy cú sự tỏi tổ hợp gen H5 và gen PB1 từ nguồn gen genotype virus khỏc nhau trong hệ gen của cỏc chủng virus kể trờn.

+ Cũng như gen PB2, gen PB1 của chủng virus A/VN/UT30850/2005 clade 1 phõn lập tại Việt Nam năm 2005, cú chung nguồn gốc với cỏc chủng virus clade 2.3.4 thuộc genotype V. Kết quả này chứng tỏ, gen PB1 của virus cỳm A/H5N1 thuộc genotype V, cũng đó được tỏi tổ hợp trong cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 clade 1 lưu hành tại Việt Nam từ năm 2005.

+ Ngoài ra, kết quả phõn tớch cũng cho thấy, gen PB1 của cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 lưu hành gõy bệnh dịch ở gia cầm từ 2003 đến nay, cũng cú nguồn gốc chung từ nguồn gen tương ứng của nhúm virus clade 0 thuộc genotype GD.

Cỏc kết quả phõn tớch ở trờn cho thấy, tương tự gen PB2, gen PB1 trong hệ gen virus cỳm A/H5N1 cũng cú sự biến đổi tiến húa mạnh mẽ kể từ khi hỡnh thành cỏc chủng virus đầu tiờn từ 1996 đến nay.