6 VỊ TRÍ SAI KHÁC NUCLEOTID E VỊ TRÍ THAY ĐỔI AMINO ACID
3.3.3. Kết quả phõn tớch xỏc định phả hệ nguồn gốc gen PA
Kết quả xõy dựng cõy phả hệ nguồn gốc dựa trờn 56 trỡnh tự nucleotide và amino acid gen PA của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu và 50 chủng virus đại diện tham chiếu, được trỡnh bày trong Hỡnh 3.10 và phụ lục 21 cho thấy:
Tương tự cỏc gen PB2 và PB1, kết quả xỏc định phả hệ nguồn gốc cũng cú sự phự hợp cả trờn trỡnh tự nucleotide và amino acid gen PA (Hỡnh 3.11 và xem phụ lục 21). Gen PA của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu cựng với cỏc chủng virus phõn lập từ 2003 - 2012, cũng tập hợp thành nhỏnh tiến húa cú quan hệ gần gũi với nhỏnh tiến húa gồm cỏc gen tương ứng, của nhúm virus clade 0 thuộc genotype GD. Nhỏnh tiến húa của cỏc chủng virus phõn lập từ 2003 - 2012, cũng chia tỏch thành 2 phõn nhỏnh gọi là phõn nhỏnh 1 và 2 gen PA (Hỡnh 3.11).
+ Phõn nhỏnh 1 gen PA gồm tập hợp cỏc chủng trong nhúm virus clade 1 thuộc genotype Z và nhúm virus clade 1.1, cựng với cỏc chủng virus clade 2.2, 2.3.2, 2.1.3.2 thuộc genotype Z và G, phõn lập tại Việt Nam, Thỏi Lan, Campuchia, Trung Quốc, Ấn Độ và Indonesia cỏc năm từ 2003 – 2011. Phõn nhỏnh này của gen PA cũng phõn chia thành cỏc dưới phõn nhỏnh tiến húa (Hỡnh 3.11). Trong đú:
- Gen PA của 2 biến chủng virus: CkDT382-2008 và DkTG926-2009 clade 1.1 nghiờn cứu, hợp thành một dưới phõn nhỏnh cựng với nhúm virus clade 1.1 phõn lập tại Việt Nam và Campuchia cỏc năm 2007 – 2011, gồm chủng đại diện A/KH/R405050/2007 clade 1.1 thuộc genotype Z (Hỡnh 3.11).
Hỡnh 3.11. Cõy phả hệ nguồn gốc 56 chủng virus cỳm A/H5N1 dựa trờn trỡnh
tự nucleotide gen PA polymerase
Ghi chỳ: Cõy phả hệ được xõy dựng bằng chương trỡnh MEGA4.1 sử dụng phương phỏp liờn kết cận kề
(Neighbour – Joining, NJ) với hệ số bootstrap = 1000 replicates. Sỏu chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu được in chữ đậm và kớ hiệu (◄); Kớ hiệu loài vật chủ: Dk(Duck): Vịt, BHG(Bar headed - goose): Ngỗng trời, MDk(Muscovy duck): Ngan; Ck(Chicken): Gà; Goose: Ngỗng; GCG(Greate crested grebe): Sếu đầu đỏ; Chủng virus phõn lập từ người bệnh kớ hiệu theo địa danh phõn lập, VN(VietNam): Việt Nam; CN(China): Trung Quốc; Anhui: An Huy; GuiZhou: Quý Chõu; Hubei: Hồ Bắc; Hunan: Hồ Nam; Gd(Guangdong): Quảng Đụng; QH(Qinghai): Quảng Hải; Gx(Guangxi): Quảng Tõy; Fujian: Phỳc Kiến; IN: Indonesia; ID(India): Ấn Độ; KH: Campuchia; MN(Mongola): Mụng Cổ; TH(Thailand): Thỏi Lan. Kớ hiệu số và chữ cỏi trong ngoặc đơn sau danh phỏp chủng: (clade H5-genotype) của chủng virus. Cỏc chữ cỏi Z, G, V và GD: tờn genotype (kiểu gen) virus cỳm A/H5N1; Tờn chủng virus đại diện nguồn gốc genotype được đúng khung.
- Bờn cạnh đú, nhúm virus clade 1 thuộc genotype Z phõn lập tại Việt Nam, Thỏi Lan cỏc năm 2003 – 2005, tập hợp thành một dưới phõn nhỏnh chứa gen tương ứng của chủng virus A/HK/212/2003 clade 1 thuộc genotype Z+ (Hỡnh 3.11).
- Tương tự gen PB1, gen PA của một số chủng virus clade 2.2, 2.3.2, 2.1.3.2 thuộc 2 genotype Z và G, phõn lập tại: Trung Quốc, Việt Nam, Ấn Độ và Indonesia cỏc năm 2004 - 2006, tập hợp thành cỏc dưới phõn nhỏnh cú quan hệ xa hơn với 2 dưới phõn nhỏnh của nhúm virus clade 1 và 1.1 kể trờn (Hỡnh 3.11).
+ Phõn nhỏnh 2 gen PA gồm tập hợp cỏc chủng trong 2 nhúm virus clade 2.3.4.3 và 2.3.2.1, cựng với cỏc chủng virus clade 2.3.2, 2.3.4, 2.3.4.1, 2.3.4.2 thuộc genotype V phõn lập tại Việt Nam, Lào, Trung Quốc, Nhật Bản và Mụng Cổ từ 2005 - 2012. Phõn nhỏnh tiến húa 2 gen PA cũng phõn chia thành cỏc dưới phõn nhỏnh tiến húa khỏc nhau (Hỡnh 3.11). Trong đú:
- Hai biến chủng virus nghiờn cứu DkQT801-2011 và DkQT802-2011 clade 2.3.2.1 cú gen PA, tập hợp thành một dưới phõn nhỏnh cựng với nhúm virus clade 2.3.2.1 phõn lập tại Việt Nam và Trung Quốc cỏc năm từ 2009 – 2011, gồm 2 chủng đại diện A/GCG/QH/1/2009 A/BHG/MN/X53/2009 và chủng A/Hubei/1/2010 phõn lập từ người bệnh tại Trung Quốc năm 2010 (Hỡnh 3.11).
- Tương tự, gen PA của 2 biến chủng virus DkNA72/2007 và DkNA114-2007 clade 2.3.4.3, cũng tập hợp thành dưới phõn nhỏnh với gen tương ứng của 2 nhúm virus clade: 2.3.4, 2.3.4.3 phõn lập tại Việt Nam từ 2007 - 2008 và cỏc chủng virus clade 2.3.2, 2.3.4, 2.3.4.1, 2.3.4.2 thuộc genotype V, phõn lập tại Trung Quốc từ 2005 – 2009, gồm chủng đại diện A/Guangxi/1/2005 và 3 chủng virus phõn lập từ người bệnh (A/Fujian/1/2005, A/Anhui/1/2005, A/CN/Gd/01/2006) (Hỡnh 3.11).
- Gen PA của chủng virus A/VN/UT30850/2005 clade 1, được xếp trong cựng dưới phõn nhỏnh tiến húa, với gen tương ứng của cỏc chủng virus clade 2.3.4 phõn lập tại Trung Quốc cỏc năm 2005 – 2006 và nhúm cỏc chủng virus clade 2.3.4.3 phõn lập tại Việt Nam cỏc năm 2007 – 2008 (Hỡnh 3.11).