Chương 3 KẾT QUẢ NGHIấN CỨU
3.2.1.2. Kết quả so sỏnh tỷ lệ tương đồng nucleotide và amino acid gen PB
Kết quả so sỏnh tỷ lệ tương đồng thành phần nucleotide và amino acid gen PB2, giữa 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu và 19 chủng đại diện trong 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh, được thống kờ và trỡnh bày ở bảng 3.3.
Kết quả thống kờ ở bảng 3.3 cho thấy:
- Tỷ lệ tương đồng thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 giữa 25 chủng virus cỳm A/H5N1 so sỏnh, đạt lần lượt là 92% – 99% và 96% – 100%.
- Tỷ lệ này giữa 2 biến chủng: DkQT801-2011 và DkQT802-2011 lần lượt đạt 96% – 99% và 98% – 99%, so với 5 chủng đại diện trong nhúm virus clade 2.3.2.1.
- Tương tự, 2 biến chủng: DkNA72-2007 và DkNA114-2007 cú tỷ lệ tương đồng thành phần nucleotide và amino acid gen PB2, lần lượt là 98% – 99% và 98% – 100%, so với 5 chủng đại diện trong nhúm virus clade 2.3.4.3.
- Tỷ lệ trờn đạt 98% – 99% và 98% – 100%, giữa 2 biến chủng: CkDT382- 2008 và DkTG926-2009 so với 3 chủng đại diện trong nhúm virus clade 1.1.
Bảng 3.3. Tỷ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 của 25 chủng virus cỳm A/H5N1 so sỏnh SỐ
THỨTỰ TỰ
CLADE 2.3.2.1 CLADE 2.3.4.3 CLADE 1 CLADE 1.1
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25C C L A D E 2 .3 .2 .1 12 99 99 9898 9898 9898 9696 9696 9695 9596 9596 9596 9695 9595 9596 9595 9595 9495 9494 9494 9494 9393 9393 9393 9393 9292 3 99 99 98 99 96 97 96 96 96 96 96 96 96 95 95 95 94 94 94 93 93 93 93 93 4 99 98 99 98 96 96 96 96 96 96 96 95 96 95 95 94 94 94 94 93 93 93 93 92 5 99 99 99 99 97 97 96 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 95 95 93 94 93 93 93 6 98 98 98 98 98 99 96 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 95 95 93 93 93 93 93 7 98 98 99 98 99 98 97 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 94 94 93 94 93 C L A D E 2 .3 .4 .3 8 98 98 98 98 98 98 98 99 99 99 99 98 99 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 95 9 98 98 98 98 98 98 98 100 99 99 99 98 99 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 95 10 98 97 98 98 98 97 98 99 99 99 99 99 99 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 94 11 98 98 98 98 98 98 98 99 99 99 99 98 99 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 94 12 98 97 98 98 98 97 98 99 99 98 99 98 99 96 96 96 96 96 96 95 95 94 95 94 13 98 98 98 98 98 98 98 99 99 99 99 98 98 96 96 96 96 96 96 95 95 94 95 94 14 98 98 98 98 98 98 98 99 99 99 99 99 99 96 96 96 96 96 96 95 95 95 95 94 C L A D E 1 15 97 97 98 97 98 97 98 98 98 98 98 98 98 98 99 98 98 98 98 97 97 97 97 97 16 97 97 98 98 98 97 98 98 98 98 98 98 98 98 99 99 98 99 98 97 97 97 97 96 17 97 97 98 97 98 97 98 98 98 98 98 98 98 98 99 99 99 98 98 96 97 96 97 96 18 97 97 98 97 98 97 98 98 98 98 98 98 98 98 99 99 100 98 98 96 97 96 96 96 19 97 97 97 97 97 97 97 98 98 98 98 97 98 98 99 99 99 99 98 96 97 96 97 96 20 97 97 97 97 97 97 97 98 98 98 98 97 98 98 99 99 99 99 98 96 97 96 96 96 C L A D E 1 .1 2122 9696 9696 9696 9696 9696 9696 9696 9797 9797 9696 9696 9696 9797 9797 9898 9898 9898 9898 9797 9797 98 98 9898 9898 9898 23 96 96 97 97 97 96 97 97 97 97 97 97 97 97 98 98 98 98 98 98 99 99 98 99 24 96 96 96 96 97 96 97 97 97 96 97 96 97 97 98 98 98 98 97 97 98 98 99 98 25 96 96 96 96 97 96 97 97 97 96 97 96 97 97 98 98 98 98 97 97 98 98 99 99
Ghi chỳ: Số liệu trờn trờn đường chộo là tỷ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và dưới đường chộo là tỷ lệ tương đồng (%) thành phần amino acid.
Số thứ tự từ 1 đến 25 là vị trớ của cỏc chủng virus so sỏnh trong nghiờn cứu. 1: DkQT802-2011; 2: DkQT801-2011; 3: A/Dk/VN/LBM140/2012; 4: A/MDk/VN/LBM113/2012; 5: A/Hubei/1/2010; 6: A/GCG/QH/1/2009; 7: A/BHG/MN/X53/2009; 8: DkNA72-2007; 9: DkNA114-2007; 10: A/VN/UT31203A/2007; 11: A/VN/UT31244II/2007; 12: A/VN/UT31394II/2008; 13: A/VN/UT31413II/2008; 14: A/MDk/VN/56/2007; 15: A/Ck/VN/NCVD10/2007; 16: A/VN/UT3028/2003; 17: A/VN/1203/2004; 18: A/VN/UT3040/2004; 19: A/TH/2(SP-3)/2005; 20: A/TH/676/2005;
21: CkDT382-2008; 22: DkTG926-2009; 23: A/MDk/VN/OIE/559/2011; 24: A/KH/U0417030/2010; 25: A/KH/V0417301/2011.
- Tỷ lệ tương đồng thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 giữa 6 chủng đại diện trong nhúm virus clade 1, cũng đạt lần lượt là: 98% – 99% và 98% – 100%. - Tỷ lệ này giữa 4 nhúm virus clade: 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1 và 1.1, thay đổi theo thứ tự từ: 92% – 94% và 96% – 97% cho đến 96% – 97% và 97% – 98%, lần lượt so sỏnh theo từng cặp nhúm.
- Hai nhúm virus clade: 2.3.2.1 và 2.3.4.3 cú tỷ lệ tương đồng thành phần nucleotide và amino acid gen PB2, đạt lần lượt là: 92% – 96% và 96% – 98% theo thứ tự so với 2 nhúm virus clade: 1 và 1.1,
3.2.2. Kết quả so sỏnh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1
3.2.2.1. Kết quả so sỏnh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1
Kết quả so sỏnh trỡnh tự nucleotide và amino acid gen PB1 của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, với trỡnh tự tương ứng của 19 chủng đại diện trong 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh, cho thấy:
- Trỡnh tự gen PB1 của 6 biến chủng virus nghiờn cứu đều chứa đầy đủ 2.274 nucleotide, mó húa cho protein PB1 gồm 757 amino acid, bằng đỳng với số lượng nucleotide và amino acid trong trỡnh tự tương ứng, của 19 chủng đại diện ở 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh.
- Cú 98 vị trớ sai khỏc nucleotide trong trỡnh tự gen PB1 giữa 25 chủng virus, phõn chia tương đối tập trung theo 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh, được thống kờ ở phụ lục 17. Đỏng chỳ ý là, chỉ cú 6/98 vị trớ sai khỏc nucleotide kể trờn, dẫn đến thay đổi về amino acid trong protein PB1 suy diễn, được thống kờ ở bảng 3.4.
Kết quả ở bảng 3.4 cho thấy:
- Tương tự như với gen PB2, cỏc chủng trong từng nhúm virus cỳm A/H5N1 clade: 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1.1 và 1, đều cú trỡnh tự gen PB1 đồng nhất với nhau về thành phần nucleotide và amino acid tại 6/6 vị trớ thống kờ.
- Nhúm virus clade 2.3.2.1 gồm 2 biến chủng: DkQT801-2011 và DkQT802- 2011, cú trỡnh tự gen PB1 lần lượt sai khỏc tại 5/6 về nucleotide dẫn tới thay đổi amino acid trong protein PB1, so với cỏc trỡnh tự tương ứng trong từng nhúm virus clade: 2.3.4.3, 1 và 1.1.
Bảng 3.4. Cỏc vị trớ sai khỏc nucleotide trong trỡnh tự gen PB1 dẫn đến thay đổi
amino acid trong protein PB1 của 25 chủng virus cỳm A/H5N1 so sỏnh
SỐTHỨ THỨ
TỰ
KÍ HIỆU CHỦNG VIRUS CLADEH5