Chương 4 BÀN LUẬN
4.2.2.1. Về kết quả so sỏnh thành phần nucleotide và amino acid gen PB
* Về số lượng nucleotide và amino acid:
Tương tự gen PB2, gen PB1 của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu cũng bảo tồn về độ dài (2.274 nucleotide, mó húa 757 amino acid), khụng cú đột biến thờm vào hoặc mất đi nuceotide hay làm xuất hiện cỏc bộ ba kết thỳc, so với gen tương ứng của 19 chủng đại diện 4 nhúm virus lựa chọn so sỏnh.
Kết quả trờn phự hợp với cỏc kết quả nghiờn cứu cụng bố trước đõy về theo dừi giỏm sỏt đột biến trong gen PB1, của virus cỳm A/H5N1 gõy bệnh ở nhiều loài vật chủ, giai đoạn sau bựng phỏt dịch cỳm gia cầm A/H5N1 tại Việt Nam và trờn thế giới từ năm 2003 đến nay [12], [76], [77], [78], [80], [103].
* Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid:
+ Kết quả so sỏnh cho thấy, cú tới 98 vị trớ sai khỏc về nucleotide trong trỡnh tự gen PB1, nhưng lại cú sự bảo tồn rất cao về thành phần amino acid (chỉ cú 6 vị trớ thay đổi) trong protein PB1, ứng với tỉ lệ tương đồng đạt lần lượt là 94% – 99% và 98% – 100%, giữa 25 chủng trong 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1.
Điều này là do vai trũ của cỏc vị trớ nucleotide trong bộ ba mó húa amino acid. Hơn nữa, gen PB1 mó húa cho protein PB1 polymerase, một trong 3 đơn vị cấu tạo và chức năng, cú vai trũ làm khung xương tương tỏc liờn kết với 2 protein PB2 và PA trong phức hợp enzym polymerase của virus cỳm A/H5N1 [13], [14], [15]. Sự bảo tồn cao về thành phần amino acid giỳp ổn định cấu trỳc liờn kết với protein PB2 và PA, hoạt tớnh của protein PB1, cũng như phức hợp enzym polymerase, liờn quan đến khả năng nhõn lờn của virus cỳm A/H5N1 ở cỏc loài vật chủ.
Cỏc đột biến thay thế nucleotide trong trỡnh tự gen PB1 xảy ra tương đối tập trung theo 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 so sỏnh chứng tỏ rằng, gen PB1 cũng cú sự biến đổi hỡnh thành cỏc phõn nhúm gen tương ứng với cỏc clade gen H5 kể trờn trong hệ gen của virus cỳm A/H5N1.
+ Bờn cạnh đú, kết quả phõn tớch cỏc vị trớ đột biến thay thế nucleotide trong trỡnh tự gen PB1 dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PB1, của 25 chủng virus so sỏnh trong nghiờn cứu cho thấy, tương tự như gen PB2:
- Trỡnh tự gen PB1 của 6 biến chủng virus cỳm A/H5N1 nghiờn cứu, cũng như cỏc chủng virus phõn lập tại Việt Nam cỏc năm 2003 - 2012, cú ớt biến đổi và cú thể cú chung nguồn gốc so với gen PB1 của cỏc chủng đại diện trong 4 nhúm virus clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 tương ứng, phõn lập cựng thời gian tại cỏc quốc gia lõn cận (Trung Quốc, Lào, Campuchia và Thỏi Lan). Tỉ lệ tương đồng về thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 trong 4 nhúm virus kể trờn đạt cao (96% – 99% và 98% – 100%, theo thứ tự), giữa cỏc chủng virus cỳm A/H5N1 phõn lập tại Việt Nam so với cỏc chủng phõn lập tại cỏc quốc gia lõn cận.
- Cỏc kết quả phõn tớch cũng cho thấy, gen PB1 cũng cú sự biến đổi chia tỏch thành 4 phõn nhúm gen thuộc 2 nhúm gen, tương ứng với 4 clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1, 1.1 thuộc 2 nhúm gen H5 clade 2 và clade 1 trong hệ gen của virus cỳm A/H5N1, phõn lập tại Việt Nam và một số quốc gia trờn thế giới từ 2003 đến nay. Bờn cạnh đú, gen PB1 của nhúm virus clade 2.3.2.1 lưu hành trong cỏc năm 2009 – 2012, cú thể cú chung nguồn gốc với gen tương ứng của nhúm virus clade 2.3.4.3 lưu hành giai đoạn 2007 – 2008. Trong khi gen PB1 của nhúm virus clade 1.1 lưu hành trong cỏc năm 2007 – 2012, cú thể cú chung nguồn gốc với gen tương ứng của nhúm virus clade 1 lưu hành giai đoạn 2003 – 2005.
- Ngoài ra, 6 vị trớ thay đổi về amino acid được phõn bố ở cả vựng C–tận và N–tận, tương ứng với vựng biểu hiện hoạt tớnh và cấu trỳc liờn kết với cỏc protein PB2 và PA trờn protein PB1, của 25 chủng trong 4 nhúm virus clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1 và 1.1. Cỏc vị trớ thay đổi amino acid đều khụng đỳng là cỏc vị trớ đó được chứng minh làm thay đổi cấu trỳc và hoạt tớnh của protein PB1 polymerase, liờn quan đến xu hướng thay đổi độc lực và khả năng thớch nghi nhõn lờn của virus cỳm A/H5N1 ở tế bào cảm thụ của người và động vật cú vỳ. Tuy vậy, cỏc vị trớ thay đổi amino acid này cú thể cú ảnh hưởng đến khả năng liờn kết, tương tỏc với cỏc protein PB2 và PA, cũng như hoạt tớnh của protein PB1 polymerase ở cỏc chủng trong 4 nhúm virus clade 2.3.2.1, 2.3.4.3, 1 và 1.1 đang lưu hành hiện nay ở gia cầm.