định tại Điều 34 BLTTHS thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT với tƣ cỏch là ngƣời đứng đầu, đại diện cho CQĐT cú những quyền hạn sau (Khoản 1, Điều 34 BLTTHS): Trực tiếp tổ chức và chỉ đạo cỏc hoạt động điều tra của CQĐT; Quyết định phõn cụng Phú Thủ trƣởng CQĐT, Điều tra viờn trong việc điều tra vụ ỏn hỡnh sự; Kiểm tra cỏc hoạt động điều tra của Phú Thủ trƣởng CQĐT và Điều tra viờn; Quyết định thay đổi hoặc huỷ bỏ cỏc quyết định khụng cú căn cứ và trỏi phỏp luật của Phú Thủ trƣởng CQĐT và Điều tra viờn; Quyết định thay đổi Điều tra viờn; Giải quyết khiếu nại, tố cỏo thuộc thẩm quyền của CQĐT.
Khi thực hiện chức năng quản lý, với tƣ cỏch là ngƣời đứng đầu, đại diện cho CQĐT, Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cũn cú quyền khen
thƣởng, kỷ luật đối với cỏn bộ cú thành tớch hoặc vi phạm kỷ luật trong cụng tỏc; quyền quyết định điều động, bố trớ cụng tỏc đối với cỏn bộ trong CQĐT; quyền ra cỏc chỉ thị, mệnh lệnh cho những cỏn bộ dƣới quyền thực hiện nhiệm vụ, cụng tỏc trong CQĐT.
Khỏc với Thủ trƣởng CQĐT, Phú Thủ trƣởng CQĐT khụng phải là ngƣời đứng đầu, đại diện đƣơng nhiờn của CQĐT. Phú Thủ trƣởng CQĐT chỉ là ngƣời giỳp việc cho Thủ trƣởng, thực hiện nhiệm vụ thay Thủ trƣởng nếu đƣợc Thủ trƣởng uỷ nhiệm và nhõn danh Thủ trƣởng CQĐT. Theo quy định tại khoản 1 Điều 34 BLTTHS, khi Thủ trƣởng CQĐT vắng mặt hoặc khi cú những lý do nhất định mà Thủ trƣởng CQĐT khụng thể thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mỡnh, một Phú Thủ trƣởng CQĐT đƣợc Thủ trƣởng uỷ nhiệm thực hiện cỏc nhiệm vụ, quyền hạn của Thủ trƣởng.
Theo quy định tại khoản 2 Điều 34 BLTTHS, khi thực hiện việc điều tra vụ ỏn hỡnh sự hoặc đƣợc phõn cụng điều tra vụ ỏn với tƣ cỏch là ngƣời tiến hành tố tụng, Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú những quyền hạn sau:
- Quyết định khởi tố vụ ỏn, khởi tố bị can; quyết định khụng khởi tố vụ ỏn; quyết định nhập hoặc tỏch vụ ỏn:
Khởi tố vụ ỏn hỡnh sự khi cú những căn cứ quy định tại Điều 100, 105 BLTTHS. Quyết định khởi tố vụ ỏn phải tuõn theo quy định tại Điều 104 BLTTHS. Quyền ra quyết định khởi tố bị can khi cú đủ căn cứ xỏc định ngƣời đó thực hiện hành vi phạm tội, khởi tố bị can phải tuõn theo quy định tại Điều 126BLTTHS. Quyền ra quyết định khụng khởi tố vụ ỏn hỡnh sự khi cú một trong những căn cứ quy định tại Điều 107 BLTTHS, quyết định khụng khởi tố vụ ỏn hỡnh sự phải tuõn theo quy định tại Điều 108 BLTTHS. Quyết định nhập hoặc tỏch vụ ỏn hỡnh sự phải tuõn theo quy định tại Điều 117 BLTTHS.
- Quyết định ỏp dụng, thay đổi, huỷ bỏ biện phỏp ngăn chặn:
Để ngăn chặn tội phạm hoặc khi cú căn cứ chứng tỏ bị can sẽ gõy khú khăn cho việc điều tra hoặc sẽ tiếp tục phạm tội thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ
trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định ỏp dụng một trong những biện phỏp ngăn chặn sau: bắt, tạm giữ, tạm giam, cấm đi khỏi nơi cƣ trỳ, bảo lónh, đặt tiền hoặc tài sản cú giỏ trị để bảo đảm (Điều 79 BLTTHS). Việc ỏp dụng cỏc biện phỏp ngăn chặn phải tuõn theo quy định tại cỏc điều luật tƣơng ứng với mỗi biện phỏp ngăn chặn tại Chƣơng IV BLTTHS. Khi vụ ỏn bị đỡnh chỉ hoặc thấy khụng cần thiết nữa, Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định huỷ bỏ hoặc thay thế biện phỏp ngăn chặn (Điều 94 BLTTHS).
- Quyết định truy nó bị can, khỏm xột, thu giữ, tạm giữ, kờ biờn tài sản, xử lý vật chứng:
Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định truy nó bị can khi bị can trốn hoặc khụng biết bị can ở đõu (Điều 161 BLTTHS). Khi cú căn cứ nhận định trong ngƣời, chỗ ở, chỗ làm việc, địa điểm của một ngƣời cú cụng cụ phƣơng tiện phạm tội, đồ vật, tài sản do phạm tội mà cú hoặc đồ vật, tài sản khỏc cú liờn quan đến vụ ỏn thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra lệnh khỏm xột; việc khỏm xột phải tuõn theo quy định tại cỏc Điều 140, 141, 142, 143 BLTTHS. Trong quỏ trỡnh điều tra vụ ỏn, khi cú căn cứ cho rằng thƣ tớn, điện tớn, bƣu phẩm, bƣu kiện tại bƣu điện cú liờn quan đến vụ ỏn thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền thu giữ; việc thu giữ và thực hiện lệnh thu giữ phải tuõn theo Điều 144 BLTTHS. Nếu vụ ỏn đƣợc đỡnh chỉ ở giai đoạn điều tra thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định xử lý vật chứng; việc xử lý vật chứng đƣợc tiến hành theo quy định tại Điều 76 BLTTHS.
- Quyền ra quyết định trƣng cầu giỏm định, quyết định khai quật tử thi: Ngoài những trƣờng hợp bắt buộc phải trƣng cầu giỏm định đƣợc quy định tại khoản 3 Điều 155 BLTTHS, trong những trƣờng hợp cần thiết, Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định trƣng cầu giỏm định;
việc trƣng cầu giỏm định phải tuõn theo quy định tại khoản 2 Điều 155 BLTTHS. Khi cần phỏt hiện dấu vết phạm tội trờn thõn thể ngƣời chết hoặc khi cần thiết phải giỏm định lại nguyờn nhõn chết ngƣời của ngƣời chết đó mai tỏng thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định khai quật tử thi để khỏm nghiệm hoặc giỏm định.
- Quyền kết luận điều tra vụ ỏn:
Khi kết thỳc điều tra, Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra bản kết luận điều tra vụ ỏn hỡnh sự đề nghị truy tố hoặc bản kết luận điều tra và quyết định đỡnh chỉ điều tra (Điều 162, 163, 164 BLTTHS).
- Quyền ra quyết định tạm đỡnh chỉ điều tra, quyết định đỡnh chỉ điều tra, quyết định phục hồi điều tra:
Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định tạm đỡnh chỉ điều tra khi cú một trong cỏc căn cứ quy định tại Điều 160 BLTTHS; quyết định đỡnh chỉ điều tra khi cú một trong cỏc căn cứ quy định tại Điều 164 BLTTHS. Nếu chƣa hết thời hiệu truy cứu trỏch nhiệm hỡnh sự đối với tội phạm đó đƣợc khởi tố và điều tra trong vụ ỏn hỡnh sự mà cú lý do để huỷ bỏ quyết định đỡnh chỉ hoặc quyết định tạm đỡnh chỉ điều tra thỡ Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra quyết định phục hồi điều tra vụ ỏn (Điều 165 BLTTHS).
- Quyền trực tiếp tiến hành cỏc biện phỏp điều tra; cấp, thu hồi giấy chứng nhận ngƣời bào chữa; ra cỏc quyết định và tiến hành cỏc hoạt động tố tụng khỏc thuộc thẩm quyền của CQĐT:
Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền trực tiếp tiến hành cỏc biện phỏp điều tra do BLTTHS quy định. Trong trƣờng hợp này, Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú tất cả cỏc quyền nhƣ Điều tra viờn, tiến hành cỏc biện phỏp điều tra đƣợc quy định tại Điều 35 BLTTHS.
- Quyền ra cỏc quyết định và tiến hành cỏc hoạt động tố tụng khỏc thuộc thẩm quyền của CQĐT. Thủ trƣởng, Phú Thủ trƣởng CQĐT cú quyền ra cỏc quyết định: quyết định bổ sung khởi tố vụ ỏn, quyết định thay đổi khởi tố vụ ỏn (Điều 106 BLTTHS); quyết định bổ sung khởi tố bị can, quyết định thay đổi khởi tố bị can (Điều 127 BLTTHS); quyết định trƣng cầu giỏm định bổ sung, quyết định trƣng cầu giỏm định lại (Điều 159 BLTTHS); quyết định uỷ thỏc điều tra (Điều 118 BLTTHS). Cỏc hoạt động tố tụng khỏc thuộc thẩm quyền của CQĐT gồm: triệu tập ngƣời giỏm định (Điều 60 BLTTHS); triệu tập ngƣời phiờn dịch (Điều 61 BLTTHS); kiến nghị đỡnh chỉ chức vụ của bị can (Điều 128 BLTTHS); đề nghị chuyển vụ ỏn để điều tra theo thẩm quyền (Điều 116 BLTTHS); yờu cầu cơ quan, tổ chức, cỏ nhõn cung cấp tài liệu, đồ vật, trỡnh bày cỏc tỡnh tiết làm sỏng tỏ vụ ỏn (Điều 65 BLTTHS); giải quyết tố giỏc, tin bỏo về tội phạm và kiến nghị khởi tố (Điều 103 BLTTHS).