So với trước đây, hệ thống thuế của Việt Nam đã được cải thiện theo hướng đảm bảo sự công bằng cho các thành phần kinh tế, tuy nhiên hệ thống thuế hiện nay đặc biệt là thuế VAT là một thách thức đối với DNVVN, thời gian miễn giảm thuế cho DNVVN còn quá ngắn so với các DN có vốn đầu tư nước ngồi. Thuế suất và cách tắnh cịn phức tạp so với trình độ của DNVVN, thuế ắt nhưng lệ phắ thì nhiều.
Để giải quyết những bất cập trong chắnh sách thuế cần thực hiện một số giải pháp sau đây:
- Chắnh sách thuế thu nhập của công ty cần được đơn giản hóa và loại bỏ dần các trùng lặp miễn giảm tiến tới thống nhất thuế suất đối với các loại hình DNVVN.
- Cần đơn giản hóa chế độ kế tốn cho phù hợp với trình độ kế toán của DNVVN, xóa bỏ những đóng góp ngồi thuế, khi có luật thuế thay đổi cần tập huấn, đào tạo cho cả cán bộ thuế, cán bộ kế toán cũng như chủ DNVVN để họ nhận thức được và tự quyền nộp thuế.
- Chúng ta đã thực hiện chế độ DNVVN tự kê khai và nộp thuế, nhưng để cho kết quả kiểm tra, kiểm toán hàng năm phù hợp với thông lệ quốc tế cần có những hướng dẫn và đơn giản hoá các yêu cầu về sổ sách kế toán và báo cáo tài chắnh đối với DNVVN.
- Cần chi tiết hoá biểu thuế, thực hiện tốt hơn nữa hệ thống thuế giá trị gia tăng, đặc biệt là cải tiến các chắnh sách về hoàn thuế giá trị gia tăng cho các DNVVN nói riêng và các DN nói chung trên địa bàn tỉnh Phú Thọ và cả nước.
- Chắnh sách thuế phải phù hợp với điều kiện đặc thù của DNVVN và cần dành những ưu đãi để khuyến khắch các chủ thể kinh tế hướng theo mục tiêu Nhà nước dự định. Ưu đãi thuế nhằm vào những ngành nghề được khuyến khắch phát triển dành cho các DNVVN ở những địa bàn khó khăn, vùng sâu, vùng xa,Ầ
- Xố bỏ hình thức thuế khoán hoặc định mức thuế cho các cán bộ thu thuế, vì đây là hình thức khiến cán bộ thuế dễ dàng áp dụng các định mức thuế cho DN và tăng khả năng trốn thuế.