cơ bản từ ngân sách nhà nước
Hệ thống KBNN có nhiều nhiệm vụ, trong đó có nhiệm vụ tổ chức thực hiện kiểm soát chi NSNN bao gồm cả chi thường xuyên và chi đầu tư XDCB. Từ năm 1992 đến nay, KBNN được Chính phủ giao quản lý, cấp phát, cho vay đối với các chương trình mục tiêu của Chính phủ và các chương trình quốc gia.
Từ năm 2000, Chính phủ ban hành Nghị định 145/CP ngày 26/11/1999, trong đó giao cho KBNN kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB từ NSNN, bao gồm: các loại vốn đầu tư XDCB tập trung và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư XDCB; vốn đầu tư XDCB thuộc ngân sách các cấp; vốn đầu tư các chương trình mục tiêu; vốn ngồi nước.
KBNN có trách nhiệm kiểm sốt thanh tốn tốn vốn đầu tư XDCB theo luật định và quyết định của cấp có thẩm quyền; hướng dẫn và tổ chức thực hiện theo đúng chế độ quy định; thông tin đầy đủ cho các cấp điều hành ngân sách; tham mưu đầy đủ cho cấp uỷ, chính quyền các cấp trong việc quản lý chỉ đạo hoạt động liên quan đến đầu tư XDCB. Thực hiện các tác nghiệp chủ yếu như cấp phát, tạm ứng, thanh toán, thu hồi tạm ứng vốn đầu tư XDCB...; chuyển vốn, hạch toán kế toán, quyết toán đúng chế độ kế toán NSNN; đối chiếu, xác nhận, nhận xét các số liệu và quản lý sử dụng vốn của các chủ đầu tư, ban quản lý dự án, cơng trình.
Việc phân định quản lý vốn đầu tư XDCB từ NSNN trong hệ thống được phân công theo nguyên tắc tập trung, thống nhất thành hệ thống từ Trung ương đến địa phương theo đơn vị hành chính, theo địa bàn hoạt động có tính đến phân cấp, uỷ quyền và phối hợp có hiệu quả trong hệ thống và phù hợp với mơ hình quản lý hành chính nhà nước hiện hành. Cụ thể là:
- KBNN Trung ương quản lý chỉ đạo điều hành toàn bộ hệ thống quản lý kiểm soát thanh toán vốn đầu tư ngân sách cấp trung ương, những dự án lớn quốc gia, liên tỉnh, quan trong do bộ quyết định.
- KBNN cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quản lý kiểm soát thanh toán vốn đầu tư NSNN trung ương trên địa bàn và một phần lớn của ngân sách tỉnh.
- KBNN cấp huyện, quận quản lý, kiểm soát thanh toán vốn ngân sách trung ương và ngân sách tỉnh trên địa bàn, ngân sách quận huyện và phần vốn đầu tư XDCB thuộc ngân sách xã trên địa bàn.