Chƣơng 2 ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.6. Các chỉ số kết hợp đánh giá giá trị bảng tần suất alen
2.6.5. Xây dựng cây phân loại di truyền (phylogenetic tree) bằng phần mềm
mềm POPTREE
Các quan hệ di truyền của các quần thể khác nhau và các loài gần gũi nhau về di truyền có thể được xác định thơng qua sử dụng dữ liệu tần suất alen. Dữ liệu về tần suất của alen cũng có thể được sử dụng để nghiên cứu các đặc điểm di truyền khác của quần thể. Do tính đa hình di truyền cao, dữ liệu ADN microsatellite (Estoup và cộng sự, 2002, De Salle và Amato 2004) được sử dụng phổ biến cho các nghiên cứu di truyền của quần thể trong các sinh vật khác nhau [89].
Chương trình phần mềm POPTREE2 được sử dụng để tính khoảng cách di truyền và xây dựng cây phân loại di truyền của các quần thể bằng cách sử dụng phương pháp láng giềng (NJ) (Saitou và Nei 1987) và phương pháp nhóm theo cặp với giá trị khoảng cách trung bình khơng theo trọng số (UPGMA) (Sneath và Sokal 1973). Các phép đo khoảng cách được tính bởi phần mềm POPTREE2 và được sử dụng cho xây dựng cây phân loại di truyền:
1) Khoảng cách DA,
3) Khoảng cách Fst (Latter 1972) (được thêm vào trong phiên bản mới), 4) Khoảng cách (δµ)2 (Goldstein và cs, 1995),
5) Khoảng cách DSW (Shriver và cs.1995).
Khoảng cách (δµ)2 và khoảng cách DSW chỉ có thể được sử dụng cho dữ liệu ADN của microsatellite, trong đó các alen của các locus được đại diện bởi số lần nucleotit lặp lại. Ngược lại, DA, Dst và Fst có thể được sử dụng cho bất kỳ loại dữ liệu tần suất alen bao gồm ADN của microsatellite, SNP và các dấu hiệu cổ điển. Ngoài việc xây dựng các cây phân loại di truyền, phần mềm POPTREE2 có thể được sử dụng để tính các chỉ số sau đây:
1) Dị hợp tử trung bình (H) và sai số chuẩn cho mỗi quần thể, 2) Số alen mỗi locus cho mỗi quần thể,
3) Gst, là một thước đo khoảng cách di truyền của các quần thể phân chia cho nhiều alen và locus và:
4) Các giá trị khoảng cách (1) - (5) được định nghĩa ở trên [90].