Việc thực hiện đánh giá và xử trí thương tổn qua PTNS nói chung phụ thuộc vào việc tạo khoảng trống phẫu thuật đủ rộng để PTV có thể quan sát rõ ràng tổn thương và thuận lợi cho các thao tác trong quá trình xử lý thương tổn. Trong PTNSLN, do lồng ngực được cấu tạo bởi một khung xương cứng nên việc tạo khoảng trống chủ yếu dựa vào việc giảm thể tích phổi bên tiến hành phẫu thuật (thông khí một phổi) vì vậy bất cứ trường hợp nào có chống chỉ định thông khí một bên phổi đều là chống chỉ định của PTNSLN:
- Chấn thương cả 2 bên phổi. Trong nghiên cứu của chúng tôi có 01 trường hợp chấn thương ngực 2 bên, bệnh nhân này được PTNSLN bên trái, bên ngực phải chấn thương nhẹ, không có đụng dập nhu mô phổi trên CT.scanner ngực
- PTNSLN thực hiện các thao tác nhờ dụng cụ đưa vào qua lỗ trocar nên không thể thực hiện các thao tác đòi hỏi thời gian ngắn và khó như trong phẫu thuật mổ mở kinh điển vì vậy PTNSLN chống chỉ định với những trượng hợp:
- Tình trạng huyết động không ổn định: xuất hiện dấu hiệu sốc giảm thể tích, loạn nhịp tim.
- Nghi ngờ tổn thương các mạch máu lớn hay tim mà huyết động không ổn định. Một số tác giả chủ trương vẫn áp dụng PTNSLN để chẩn đoán trong những trường hợp nghi ngờ tổn thương tim và màng ngoài tim với tính trạng huyết động ổn định [92], [32].
- Các thương tổn nặng phối hợp: như thương tổn các tạng trong ổ bụng, chấn thương sọ não phối hợp.