Mặc dù có những ưu điểm như đã nêu ở trên, song cơ chế quản lý vốn hiện hành của Tổng Công ty Sông Đà vẫn bộc lộ những hạn chế lớn sau đây:
Thứ nhất, về huy động vốn. Là doanh nghiệp hoạt động trong ngành kinh tế mũi nhọn, chủ đạo có vai trò quan trọng trong nên kinh tế quốc dân, xây dựng các công trình thủy điện là lĩnh vực sản xuất kinh doanh đòi hỏi nhu cầu rất lớn về vốn. Tuy nhiên, cơ chế huy động vốn của Tổng Công ty bộc lộ nhiều điểm bất cập cần phải hoàn thiện, như: 1) Việc huy động vốn bằng phát hành trái phiếu công trình đã được thực hiện nhưng ở mức thấp, quy mô còn nhỏ so với nhu cầu. 2) Việc huy động vốn tín dụng đầu tư nhà nước gặp nhiều khó khăn, bởi có nhiều đầu mối quản lý nguồn vốn này, cơ chế quản lý thường có những thay đổi; vốn vay các ngân hàng thương mại thường có hạn mức thấp gây không ít khó khăn trong sản xuất kinh doanh cho Tổng Công ty. 3) Các đơn vị thành viên chưa chủ động tìm kiếm nguồn vốn, chưa đa dạng hóa các kênh huy động vốn. Việc điều hòa vốn giữa Tổng Công ty với các đơn vị thành viên và giữa các thành viên với nhau chưa được thực hiện một cách thông suốt, hiệu quả.
Thứ hai, về phương thức quản lý, sử dụng vốn, tài sản của Tổng Công ty Sông Đà chưa đảm bảo phát huy đầy đủ quyền tự chủ của các đơn vị thành viên. Kế hoạch tài chính, kinh doanh, điều chuyển, mua sắm, nhượng bán, thanh lý, xử lý tài sản, vật tư hàng hóa… của các doanh nghiệp thành viên vẫn phải chờ báo cáo, phê duyệt của Tổng Công ty mới được thực hiện. Trong thực tiễn, những quy định này nhiều khi mang tính hình thức, thủ tục rườm rà, gây chậm chễ trong xử lý công việc. Các đơn vị hạch toán phụ thuộc không phải là đối tượng trực tiếp nhận vốn, dẫn đến việc quản lý, sử dụng vốn còn lỏng lẻo và chưa hiệu quả, chưa kích thích được các đơn vị tiết kiệm, giảm chi phí, hạ giá thành và nâng cao lợi nhuận.
Thứ ba, việc quản lý doanh thu, chi phí. Việc quản lý doanh thu trong Tổng Công ty vẫn chủ yếu thực hiện theo kiểu giao kế hoạch, dẫn đến tình trạng nhiều đơn vị chạy đuổi để hoàn thành kế hoạch doanh thu nhưng lợi nhuận thì không cao. Tổng Công ty còn can thiệp quá sâu vào vấn đề sử dụng các quỹ của các đơn vị thành viên. Cho nên, nguồn vốn đầu tư từ quỹ đầu tư phát triển tại các đơn vị thành viên phụ thuộc
hết sức nhỏ bé. Các đơn vị này không chủ động, linh hoạt trong hoạt động đầu tư, trong khi nhu cầu đầu tư vốn trong các doanh nghiệp ngành xây lắp thường rất lớn.
Thứ tư, về Công tác kiểm tra, giám sát quản lý vốn. Trên thực tế cơ chế kiểm tra, giám sát của Tổng Công ty còn mang tính chất hành chính, chưa thực sự phát huy được hiệu quả. Hệ thống kiểm toán nội bộ chưa phát huy được vai trò và năng lực. Tổng Công ty chưa xây dựng được một hệ thống chỉ tiêu đánh giá kiểm soát mang tính quản trị nhằm đánh giá toàn diện quá trình sản xuất kinh doanh của Tổng Công ty cũng như các đơn vị thành viên những thông tin quản lý tài chính kế toán hiện nay mặc dù được tổng hợp nhanh chóng thông qua hệ thống quản trị mạng nội bộ, nhưng mới chỉ dừng ở chức năng tổng hợp mà chưa thực hiện được chức năng phân tích, đánh giá dự báo nhằm đưa ra các quyết định quản lý phù hợp kịp thời.