Theo chiến lược phát triển Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam đến năm 2025 thì các định hướng phát triển chung của Quỹ sẽ là:
- Kiện toàn bộ máy tổ chức hoạt động từ HĐQL Quỹ, Ban Kiểm soát đến cơ quan điều hành nghiệp vụ của Quỹ. Hồn thiện các quy trình của hoạt động nghiệp vụ, các cơ chế chính sách tiền lương, tiêu chuẩn hóa cán bộ.
- Không ngừng tăng cường các nguồn lực dưới nhiều hình thức nhằm đáp ứng kịp thời các yêu cầu bảo vệ mơi trường và ứng phó với biến đổi khí hậu.
- Phục vụ các chương trình mục tiêu, trọng điểm của Chính phủ và Bộ Tài nguyên và Môi trường; cải tạo môi trường các lưu vực sông, ô nhiễm làng nghề, ô nhiễm môi trường khu công nghiệp; ô nhiễm chất thải sinh hoạt; ứng dụng và triển khai công nghệ sạch, thân thiện môi trường; các dự án tiết kiệm năng lượng.
- Tăng cường hỗ trợ tài chính cho các dự án bảo vệ môi trường trên tồn quốc dưới các hình thức cho vay với lãi suất ưu đãi, tài trợ và triển khai thực hiện hỗ trợ lãi suất sau đầu tư. Triển khai tốt công tác ký quỹ phục hồi môi trường, thực hiện các chính sách tài chính đối với dự án theo cơ chế phát triển sạch.
- Đa dạng hóa các hoạt động hợp tác quốc tế và hợp tác trong nước, ưu tiên hợp tác triển khai các dự án, hoạt động bảo vệ mơi trường thuộc nhóm lĩnh vực ưu tiên.
- Xây dựng các chương trình, dự án bảo vệ mơi trường và ứng phó biến đổi khí hậu có vốn đối ứng của Quỹ, phù hợp với mục tiêu và năng lực của các tổ chức quốc tế để hợp tác.
- Phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao, nâng cao hiệu quả và chất lượng lao động, chủ động áp dụng các mơ hình quản lý hiện đại, phù hợp với hoạt động thực tiễn của Quỹ.
- Hình thành hệ thống kết nối giữa Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam và các Quỹ bảo vệ môi trường địa phương, quỹ bảo vệ mơi trường ngành, trong dó Quỹ Bảo vệ mơi trường Việt Nam đóng vai trị là đầu mối quốc gia, phát huy được năng lực tài chính của chính mình cũng như huy động năng lực tài chính của tồn mạng lưới cho các mục tiêu bảo vệ môi trường và phát triển bền vững.
- Đảm bảo vốn điều lệ đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của công tác bảo vệ mơi trường. Phối hợp với Bộ Tài chính, Kho bạc Nhà nước trong việc cấp vốn điều lệ cho hoạt động của Quỹ.