Vùng sản xuất cây ăn quả tập trung chuyên canh, hàng hoá còn ít, quy mô nhỏ, manh mún chưa tương xứng với tiềm năng. Ngoài một số vùng chuyên canh quy mô lớn như cam quýt ở Hà Giang, Hoà Bình, Nghệ An; nhiều vùng sản xuất cây ăn quả còn manh mún, đa số diện tích cây ăn quả là các vườn tạp, chưa được đầu tư về quy hoạch, cơ sở hạ tầng và khoa học công nghệ. Giá trị sản phẩm thấp, không ổn định.
Nhiều giống cây ăn quả năng suất, chất lượng thấp. Sản xuất cây ăn quả những năm qua chủ yếu là sử dụng các giống trong nước, giống bản địa, năng suất, chất lượng thấp, chưa đáp ứng được yêu cầu của thị trường trong và
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn
ngoài nước.Việc một số cơ quan nghiên cứu khoa học và địa phương mấy năm gần đây đã chú ý đến bình tuyển cây đầu dòng phục vụ sản xuất nhưng số lượng rất nhỏ so với yêu cầu của sản xuất. Đa số bà con nông dân nhân giống tự phát, không có vườn cây đầu dòng hoặc cây đầu dòng được quản lí theo pháp lệnh giống cây trồng.
Việc đầu tư nghiên cứu chọn tạo những giống cây ăn quả có năng suất cao, chất lượng tốt phù hợp với thị hiếu của khách hàng chưa thoả đáng. Đây là một trong những nguyên nhân cơ bản dẫn đến việc chậm thay đổi các giống cây ăn quả có chất lượng thấp thời gian qua.
Thị trường cam quýt trong nước và xuất khẩu không ổn định, giá cả bấp bênh, nhất là sau sự sụp đổ của các nước đông Âu, thị trường xuất khẩu cam quýt của Việt Nam bị thay đổi theo hướng bất lợi. Do sự nhập khẩu bất hợp pháp cam quýt từ Trung Quốc với giá rẻ đã làm giá cam quýt nội địa giảm đi nhiều.
Thiếu một kế hoạch đầu tư, quy hoạch phát triển vùng trồng cam quýt một cách thống nhất, đồng bộ, đôi khi các vùng cam quýt được hình thành tự phát trong sản xuất. Những yếu tố trên đã ảnh hưởng không ít nghề trồng cam quýt ở nước ta.