Giai đoạn 1995 – 1997: Ngày 16/2/1995 Chính phủ ban hành Nghị định số 19/NĐ-CP thành lập BHXH Việt Nam với cơ cấu ba cấp: cấp Trung ương; cấp tỉnh, thành phố và quận, huyện, thị xã. Ngày 15 tháng 6 năm 1995 BHXH Tỉnh Vĩnh Phú được thành lập theo quyết định số 07/QĐ-TCCB của Tổng giám đốc BHXH Việt Nam và chính thức đi vào hoạt động ngày 01/ 07/1995, BHXH huyện Mê Linh trực thuộc BHXH Tỉnh Vĩnh Phú.
- Giai đoạn 1997 – 2002: Ngày 16 tháng 9 năm 1997 BHXH Tỉnh Vĩnh Phúc được thành lập theo quyết định số 1608/BHXH-QĐ-TCCB của Tổng giám đốc BHXH Việt Nam và chính thức đi vào hoạt động ngày 01/10/1997, BHXH huyện Mê Linh trực thuộc BHXH Tỉnh Vĩnh Phúc có con dấu, tài khoản riêng.
Đến tháng 01/2003 BHXH huyện Mê Linh tiếp nhận thêm nhiệm vụ BHYT từ BHYT huyện Mê Linh theo quyết định số 20/2002/QĐ- TTg ngày 24/01/2002 của Thủ tướng Chính phủ về việc chuyển giao BHYT Việt nam sang BHXH Việt nam. Kể từ đó Chức năng chính thức của BHXH huyện Mê Linh là tổ chức thực hiện chế độ, chính sách BHXH bắt buộc, BHXH tự nguyện, bảo hiểm thất nghiệp (sau đây gọi chung là BHXH), bảo hiểm y tế bắt buộc, bảo hiểm y tế tự nguyện (sau đây gọi chung là bảo hiểm y tế); Quản lý quỹ BHXH, bảo hiểm y tế trên địa bàn huyện Mê Linh theo quy định của Luật BHXH, BHYT và các văn bản hướng dẫn của các cơ quan chức năng. BHXH huyện Mê Linh chịu sự quản lý trực tiếp, toàn diện của Giám đốc BHXH thành phố và chịu sự quản lý hành chính nhà nước trên địa bàn huyện Mê Linh của Ủy ban nhân dân huyện Mê Linh.
Từ năm 2003 - 2008, Cơ cấu tổ chức của BHXH huyện Mê Linh có các đơn vị sau: Tổ chức - Hành chính; Tổ Chế độ chính sách; Tổ Thu; Tổ Kế toán; Tổ Giám định chi.
Theo Quyết định số 4857/QĐ-BHXH ngày 21/10/2008 của BHXH Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của BHXH địa phương: Tổ Bảo hiểm tự nguyện sáp nhập vào Tổ Thu, thành lập thêm Tổ Tiếp nhận-Quản lý hồ sơ, Tổ Cấp sổ, thẻ; Tổ Tổ Chế độ chính sách đổi tên thành Tổ Chế độ BHXH, Tổ Giám định chi đổi tên thành Tổ Giám định BHYT.
Ở giai đoạn từ năm 2008 - 2015, cơ cấu tổ chức của BHXH huyện Mê Linh gồm có các tổ: Chế độ BHXH; Tổ Kế toán; Tổ Giám định BHYT; Tổ Thu, Cấp sổ, thẻ; Tổ Tiếp nhận-Quản lý hồ sơ.
Theo Quyết định số 99/QĐ-BHXH ngày 28/01/2015 của BHXH Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của BHXH địa phương, thành lập thêm Tổ Khai thác và thu nợ; Tổ Tổ chức Hành chính tách thành tổ Tổ chức cán bộ và Văn Phòng; Tổ Thu đổi tên thành Tổ Quản lý thu; Tổ Tiếp nhận-Quản lý hồ sơ đổi tên thành Tổ Tiếp nhận và Trả kết quả thủ tục hành chính, cụ thể gồm các Tổ sau: Chế độ BHXH; Quản lý thu; Kế toán - Chi trả; Giám định BHYT; Cấp sổ, thẻ; Tiếp nhận và trả kết quả thủ tục hành chính.
Qua hơn 20 năm hình thành và phát triển BHXH huyện Mê Linh không ngừng phát triển cả về bộ máy tổ chức cán bộ và chất lượng hoạt động. Số đơn vị và số người tham gia BHXH không ngừng tăng lên; nhiều năm liên tiếp số người tham gia đều hồn thành vượt mức dự tốn; tình trạng nợ đọng BHXH kéo dài đã được hạn chế.
Bảo hiểm xã hội (BHXH) huyện Mê Linh hiện có 18 cán bộ, viên chức (nữ chiếm 66,7%), gồm Ban Giám đốc và 03 tổ nghiệp vụ: Tổ Thu – cấp sổ
thẻ: 06 cán bộ; Tổ Kế toán - Giám định BHYT: 04 cán bộ; Tổ Tiếp nhận hồ sơ – Chế độ bảo hiểm: 03 cán bộ; 15 người có trình độ đại học trở lên, trong đó sau đại học là 08 người (chiếm 53%).