Trong năm 2009 đơn vị có hai đợt thanh tra của NHNO&PTNT TP.Cần Thơ và thanh tra của Ngân hàng Nhà Nước TP.Cần Thơ. Qua các đợt thanh tra đơn vị vẫn còn một số tồn tại chủ yếu như: Thiếu hóa đơn chứng từ chứng minh mục đích sử dụng vốn, kinh doanh không có đăng ký giấy phép, kiểm tra sử dụng vốn không đầy đủ và kịp thời.
Qua thanh kiểm tra thì các đoàn thanh tra có nhận xét đó là chi nhánh đã cho vay theo dõi các khoản vay và chấp hành chế độ báo cáo theo quy định, hồ sơ chứng từ và tài liệu liên quan đến các khoản vay hỗ trợ lãi suất được lưu giữ và theo dõi riêng, thiết lập bộ hồ sơ vay vốn tương đối đầy đủ. Tuy nhiên các đoàn thanh tra cũng đề nghị chi nhánh cần bổ sung, chấn chỉnh các tồn tại. Đơn vị cũng đã nghiêm túc thực hiện sửa sai sau kiểm tra theo yêu cầu. Cụ thể là chi nhánh đã tiến hành rà soát toàn bộ hồ sơ đoàn kiểm tra đã nêu, thực hiện bổ sung chỉnh sửa, báo cáo kết quả chỉnh sửa sau thanh tra đúng quy định.
Trong năm 2009 đơn vị tự kiểm tra theo đề cương 2240; 969 của NHNO&PTNT Việt Nam và kiểm tra về cho vay hỗ trợ lãi suất theo các quyết định của Thủ tướng chính phủ. Theo đó đơn vị đã kiểm tra 100 % các khoản cho vay hỗ trợ lãi suất và các món vay lớn có dư nợ trên 50 triệu đồng. Qua tự kiểm tra chi nhánh cũng phát hiện ra những thiếu sót và đã khắc phục sửa chữa kịp thời.