Trước đây, địa bàn Cảng Sài Gòn chỉ do một đơn vị hải quan quản lý, đó là Hải quan Cảng Sài Gòn. Trước nhu cầu của nền kinh tế, để phục vụ hoạt động xuất nhập khẩu và xuất nhập cảnh được tốt hơn, đồng thời thực hiện mục tiêu thu thuế xuất nhập khẩu cho ngân sách, bộ máy hải quan cảng được chia thành 4 đơn vị: Hải quan cảng Sài Gòn Khu vực 1, Hải quan cảng Sài Gòn Khu vực 2, Hải quan cảng Sài Gòn Khu vực 3 và Hải quan cảng Sài Gòn Khu vực 4.
Hải quan cảng Sài Gòn thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước và hải quan cho khoảng từ 45-50% lượng hàng hóa xuất nhập khẩu của Việt Nam hàng năm, tỷ lệ thu ngân sách chiếm khoảng 40-45%/năm.
Với địa bàn hoạt động rộng lớn, quản lý và làm thủ tục cho một số lượng lớn hàng hóa và phương tiện vận tải xuất nhập khẩy nên Hải quan cảng Sài Gòn ln ln nghiên cứu để tìm ra giải pháp tối ưu trong cơng tác quản lý. Được sự chỉ đạo của Tổng cục hải quan và Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh, các đơn vị Hải quan cảng Sài Gòn đã chú trọng tập trung vào các ứng dụng công nghệ thông tin. Hiện nay, các đơn vị hải quan cảng đã cài đặt và sử dụng các chương trình sau:
- Chương trình quản lý tờ khai hải quan hàng ngày, 4 đơn vị hải quan cảng phải làm thủ tục xuất nhập khẩu trung bình khoảng 1.000-1.100 tờ khai, đồng thời quản lý khoảng 10.000 doanh nghiệp làm thủ tục xuất nhập khẩu tuộc địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh. Các loại hình xuất nhập khẩu rất đa dạng: nhập kinh doanh, xuất kinh doanh, tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập, nhập đầu tư, nhập sản xuất xuất khẩu, ... Mỗi một loại hình xuất nhập khẩu tương ứng với một thời gian ân hạn nộp thuế. Nếu thực hiện quản lý thủ cơng thì khó có thể quản lý được khối lượng cơng việc như vậy.
- Chương trình quản lý vi phạm: chương trình này thu thập các thơng
tin về q trình hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp, xem doanh nghiệp có vi phạm chính sách pháp luật của nhà nuớc về xuất nhập khẩu không? Vi phạm mấy lần? Mức độ vi phạm?, ... căn cứ vào các thông tin thu thập được, cơ quan hải quan sẽ quyết định hình thức kiểm tra đối với các lơ hàng xuất nhập khẩu của doanh ngihệp, có thể miễn kiểm tra thực tế, kiểm tra 5%, kiểm tra toàn bộ, ...
- Chương trình thống kê kim ngạch xuất nhập khẩu: đây là chương
trình đầu tiên được cài đặt nhằm phục vụ công tác báo cáo số liệu, khơng chỉ cho ngành hải quan mà cịn báo cáo cho các cơ quan chức năng khác, ví dụ như Tổng cục Thống kê, Chính phủ. Đây là một cơng tác rất quan trọng. Việc báo cáo số li65u này phải nhanh chóng, chính xác để phục vụ cho yêu cầu quản lý vĩ mô nền kinh tế đất nước.
Ngồi ra, Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh vừa trang bị cho 4 đơn vị Hải quan cảng Sài Gịn 200 máy vi tính mới để sử dụng cho các chương trình nói trên.
Việc áp dụng công nghệ thông tin ở Hải quan cảng Sài Gịn cũng gặp các khó khăn cụ thể như sau:
- Hiện nay, các đơn vị hải quan cảng chỉ kết nối được với Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh bằng đường điện thoại để truyền số liệu. Độ tin cậy của đường truyền này không cao: tốc độ chậm, bảo mật kém và thường xuyên bị nghẽn mạch. Ngoài ra, các đơn vị hải quan cảng Sài Gịn cũng chưa có đường truyền với nhau. Do đó, thời gian tới, Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh và các đơn vị hải quan cảng Sài Gòn sẽ nghiên cứu và xây dựng một đường trục cáp quang để đảm bảo vấn đề tốc độ truyền số liệu và bảo mật số
liệu. Ngoài ra, tất cả các đơn vị hải quan cảng Sài Gòn cũng sẽ được xây dựng một đường cáp quang riêng nối với Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh.
- Mỗi đơn vị hải quan cảng Sài Gòn hoạt động trên một địa bàn khác nhau. Về phương diện kinh doanh, mỗi cảng do một đơn vị quản lý. Ví dụ, Hải quan cảng Sài Gịn Khu vực 1 thuộc Bộ Tư Lệnh Hải Quân, Hải quan cảng Sài Gịn Khu vực 4 thuộc Cơng ty Gematrans. Mỗi một đơn vị quản lý có một quy trình nghiệp vụ riêng nên các quy trình nghiệp vụ của cơ quan hải quan ở từng nơi cũng khác. Tuy nhiên, tất cả các đơn vị hải quan vẫn phải đảm bảo mục tiêu quản lý nhà nước về hải quan, chống buôn lậu và gian lận thương mại. Nếu chúng ta áp dụng phương pháp quản lý thủ cơng thì sự khác biệt về quy trình nghiệp vụ giữa các đơn vị hải quan cảng không gây ảnh hưởng lớn. Tuy nhiên, nếu muốn áp dụng công nghệ thông tin một các đồng nhất giữa Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh và các đơn vị hải quan cảng thì một trong những việc đầu tiên phải làm là thực hiện việc đồng nhất quy trình thủ tục giữa các đơn vị này với nhau.
- Hiện nay, các đơn vị quản lý cảng như Cảng Khánh Hội, Tân Cảng, ... đều đã áp dụng tin học vào công tác nghiệp vụ. Cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh và các đơn vị hải quan cảng cần nghiên cứu việc trao đổi dữ liệu điện tử với các đơn vị cảng, các hãng vận tải, các công ty khai thuê hải quan. Việc trao đổi dữ liệu điện tử sẽ giúp giảm thiểu công tác vào số liệu cho nhân viên hải quan.
- Một bộ phận cán bộ cơng chức hải quan cịn tâm lý e ngại việc áp dụng tin học. Phần lớn các cán bộ công chức này đã lớn tuổi, ngại phải học thêm kiến thức tin học. Ngoài ra họ cũng e ngại nếu áp dụng tin học tự động hóa hải quan thi tất yếu những cán bộ công chức không biết tin học sẽ bị giảm biên chế. Đây là một trở lực lớn trong q trình tin học hóa.