Tính đến thời điểm năm 2008, việc chuyển gen đã đợc áp dụng cho trên 60 loại cây trồng, với gần 200 tính trạng đợc chuyển gen, trong đó nghiên cứu và ứng dụng nhiều nhất là các tính trạng sau:
Chuyển gen kháng thuốc diệt cỏ
Là nghiên cứu đợc ứng dụng nhiều nhất trên các loại cây trồng. Năm 2008, nghiên cứu và ứng dụng nhiều tính trạng kháng thuốc diệt cỏ đợc áp dụng trên các loại cây trồng tính theo thứ tự giảm dần là: đậu tơng, ngô, cải canola, bông,..., diện tích cây trồng kháng thuốc diệt cỏ lên đến 79 triệu ha chiếm 63%. Phần lớn các trang trại trên thế giới có diện tích canh tác lớn, để giảm chi phí diệt cỏ bằng lao động thủ công, việc ứng dụng chuyển gen chịu thuốc diệt cỏ đã mang lại lợi nhuận cao cho các trang trại do giảm đợc đáng kể phần chi phí thuê lao động làm cỏ. Đậu tơng chịu thuốc diệt cỏ khuyến khích áp dụng kỹ thuật gieo trồng không lên luống nhằm bảo vệ đất. Các giống đậu tơng chuyển gen hoàn toàn tơng tự nh các giống đậu tơng mẹ về dinh dỡng, cấu tạo và phơng thức chế biến thành thực phẩm và thức ăn gia súc (Clive Jame, 2008)[15].
Chuyển gen kháng sâu hại và chịu hạn (gen Bt)
Cũng nh tính trạng kháng thuốc diệt cỏ, gen kháng sâu hại đợc nghiên cứu và ứng dụng rộng rãi trên các đối tợng cây trồng theo thứ tự giảm dần là: bông, ngô, đậu tơng, cải dầu,...gen Bt đợc phân lập từ vi khuẩn Bt đợc chuyển vào cây trồng nhằm tạo tính kháng các loại sâu hại, gen Bt đợc ứng dụng và chuyển vào cây ngô (chủ yếu kháng sâu đục thân), cây bông (kháng sâu ăn lá và đục quả), cây đậu tơng
(kháng sâu phá hoại thân lá và quả). Năm 2008, diện tích trồng bông Bt chiếm 82 % diện tích bông trên thế giới, tăng nhiều so với tỷ lệ 66% trong năm 2007 (Clive Jame, 2008)[15].
Chuyển gen nâng cao hàm lợng dầu
Với đậu tơng đợc chuyển gen tạo ra các giống có hàm lợng cao axit oleic, axit béo có một liên kết không no. Theo các nhà dinh dỡng, chất béo không no đợc xem là tốt hơn so với các chất béo no có trong thịt bò, lợn, phomat, và một số thức ăn thờng ngày khác. Dầu chế biến từ các giống đậu tơng này có giá trị dinh dỡng nh dầu lạc và dầu oliu. Đậu tơng thông thờng có thành phần axit oleic là 24% trong khi đó với các giống đậu tơng mới đợc chuyển gen thành phần axit oleic lên tới trên 80%. Các giống đậu tơng đợc chuyển gen đợc trồng tại Australia, Canada, Mỹ và Trung Quốc (Clive Jame, 2008)[15].
.Chuyển gen tạo cây CNSH đa tính trạng
Hớng nghiên cứu ứng dụng CNSH trong chọn tạo giống cây trồng nói chung và cây đậu tơng nói riêng là việc tạo ra cây trồng CNSH đa tính trạng bằng việc chuyển nhiều gen cho một giống cây trồng. Cho đến nay, cây trồng CNSH đa tính trạng đợc canh tác tại 10 quốc gia trên thế giới, bao gồm 3 quốc gia là nớc phát triển (Mỹ, Canada, Australia) và 7 quốc gia là nớc đang phát triển (Philipin, Mexico, Nam Phi, Honduras, Chile, Colombia,và Argentina). Năm 2008, diện tích canh tác cây trồng CNSH đa tính trạng đạt 28,9 triệu ha (năm 2007 là 21,8 triệu ha). Mỹ là quốc gia đứng đầu về diện tích cây trồng CNSH đa tính trạng, trong số 62,5 triệu ha cây trồng CNSH ở Mỹ có tới 41% diện tích canh tác cây trồng CNSH đa tính trạng. Trong tơng lai gần, cây trồng CNSH đa tính trạng sẽ đợc chuyển các gen có khả năng kháng thuốc diệt cỏ, chịu hạn, giàu thành phần omega-3 (đậu tơng) và có hàm lợng pro-Vitamin A cao (gạo vàng, đậu tơng vàng)... Hiện nay, giống đậu tơng và giống ngô CNSH đa tính trạng phát triển nhanh nhất ở Hoa Kỳ là giống mang 3 tính trạng, có khả năng kháng sâu, bệnh và chịu thuốc diệt cỏ. Năm 2010, Mỹ dự kiến đa vào thơng mại hoá và trồng trên diện tích rộng giống ngô SmartStaxTM đợc chuyển 8 gen quy định nhiều tính trạng khác nhau, có khả năng chịu nhiều loại sâu, bệnh và chịu đợc nhiều loại thuốc diệt cỏ.
Thực tế cho thấy, ứng dụng CNSH trong chọn tạo giống cây trồng nói chung và cây đậu tơng nói riêng là hớng đi đang đợc các nớc sản xuất nông nghiệp trên thế
giới tập trung phát triển. Còn nhiều bàn luận về việc sử dụng sản phẩm cây trồng CNSH, tuy nhiên thời gian gần đây, bàn luận có chiều hớng mang tính tích cực, những tranh cãi gay gắt về việc hạn chế canh tác và sử dụng sản phẩm cây trồng CNSH có phần giảm đi.
Thực tế sản phẩm CNSH đã mang lại lợi nhuận kinh tế, bảo vệ môi trờng, xoá đói giảm nghèo tại nhiều quốc gia (Clive Jame, 2008)[15].