Nước thải từ các bãi rác: Theo thống kê của Phịng quản lý chất thải rắn – Sở tài nguyên và Mơi trường (năm 2011), lưu vực sơng Sài Gịn thuộc địa bàn TP.HCM hiện đang phải tiếp nhận hơn 1800 m3/ngày nước rỉ rác từ các bãi rác Đơng Th ạnh đổ ra rạch Tra, bãi rác Gị Cát đ ổ ra rạch Đen và bãi rác Phư ớc Hiệp đổ ra kênh Thầy Cai …. Đây là nguồn thải cĩ mức độ ơ nhiễm và rủi ro cao.
Nước thải từ các hoạt động nuơi trồng thủy sản: Các khu vực nuơi cá nước ngọt tập trung ở huyện bình chánh, Củ Chi, Hĩc Mơn, ven sơng Sài Gịn theo quy hoạch hoặc
mang tính tự phát cũng đĩng gĩp m ột lượng chất thải chủ yếu là các chất hữu cơ, dinh dưỡng, SS và vi sinh từ các ao, hồ, đầm, bè nuơi.
Ảnh hưởng từ hoạt động nơng nghiệp: Theo tính tốn của Phân viện Cơng nghệ mới và Bảo vệ mơi trường (7/2010) khu vực TP.HCM đến năm 2015 sẽ sử dụng 13119,75 tấn/vụ phân bĩn và 39,33 tấn/vụ hĩa chất bảo vệ thực vật, tương ứng với lưu vực này phải tiếp nhận với tải lượng phân bĩn và hĩa chất bảo vệ thực vật là 2,692 tấn/vụ với hàm lượng N, P cao sẽ là một trogn những nguyên nhân gây ra hiện tượng phú dưỡng hĩa, ảnh hưởng đến mơi trường sinh thái và chất lượng nước sơng rạch do quá trình rửa trơi bề mặt.
Bên cạnh đĩ, các cơng trình th ủy lợi ở thành phố tuy đã đ ạt mục tiêu nhằm giảm mặn. phèn và ngập úng cho một số khu vực nhưng lại cĩ khả năng làm tăng mức độ nhiễm bẩn ở kênh rạch nội đồng tại các khu vực dự án. Tình trạng ơ nhiễm mơi trường nước do các cơng trình thủy lợi, hoạt động nơng nghiệp và nuơi trồng thủy sản cũng thường khĩ kiểm sốt.