Do ảnh hưởng của địa hình và các điều kiện tự nhiên khác, tài nguyên nước mặt nĩi chung và lưu vực sơng Sài Gịn nĩi riêng cĩ đặc điểm chung là phân bố khơng đều theo khơng gian và thời gian. Cĩ nơi, cĩ lúc dư thừa nước gây ngập úng lụt nhưng cũng cĩ những nơi, những lúc lại thiếu nước gây hạn hán nghiêm trọng.
Về mặt phân bố, theo khơng gian, lượng dịng chảy sinh ra trong lưu vực ở những mức độ khác nhau, phù hợp với quy luật: mưa nhiều dịng chảy mạnh, mưa ít dịng chảy yếu. Theo thời gian trong năm, thời tiết cĩ 2 mùa khơ và mùa mưa rõ rệt nên dịng chảy ở lưu vực sơng Sài Gịn cũng hình thành 2 mùa: mùa lũ và mùa kiệt. Sự biến đổi dịng chảy giữa 2 mùa trong năm hầu hết các con sơng suối đều cĩ sự tương phản sâu sắc, đặc biệt là các sơng suối nhỏ. Ngồi ra do bị ảnh hưởng của thủy triều ở các khu vực hạ lưu, nên sự phân bố dịng chảy theo thời gian trong năm ở các vùng này cũng cĩ những thay đổi theo quy luật: Triều cường, mặn xâm nhập vào đất liền sâu hơn, cĩ biên độ triều lớn hơn và khi triều kiệt thì ngược lại hồn tồn.
Về mặt phân bố dịng chảy theo thời gian, chế độ dịng chảy của các sơng suối ở lưu vực sơng Sài Gịn hình thành 2 mùa rõ rệt: mùa lũ và mùa kiệt.
- Mùa lũ: đại bộ phận các sơng suối mùa lũ thường bắt đầu vào khoảng tháng 6 – 7, nghĩa là xuất hiện sau mùa mưa 1 – 2 tháng do tổn thất sau 1 mùa khơ khắc nghiệt và kết thúc vào tháng 11, kéo dài 5 – 6 tháng. Nhưng tuỳ từng vùng, thời gian mà mùa lũ dài ngắn khác nhau. Thời gian chuyển tiếp giữa 2 mùa khơ và kiệt là các tháng đầu mùa mưa (tháng 6). Khi cĩ mưa tương đối trong lưu vực thì dịng chảy cũng tăng dần và cho lưu lượng vượt xa các tháng mùa kiệt tuy chưa được xem là các tháng mùa lũ. Đối với đa số các sơng, lưu lượng vào tháng 6 cĩ thể đạt từ 60 – 75% lưu lượng bình quân năm.
- Mùa kiệt: thường bắt đầu vào khoảng tháng 12 và kéo dài đến tháng 5, 6 năm sau, khoảng 6 – 7 tháng. Dịng chảy kiệt ở lưu vực sơng Sài Gịn khá nhỏ do mùa khơ kéo dài và rất ít mưa. Hàng năm, lưu lượng kiệt nhất trên các triền sơng thường rơi vào 2 tháng 3 và 4.