So với các KCX và KCN, khoảng 57.000 cơ sở sản xuất cơng nghiệp, tiểu thủ cơng nghiệp trên lưu vực sơng Sài Gịn – Đồng Nai với nhiều quy mơ và ngành nghề khác nhau cũng là mối lo ngại rất lớn cho cơng tác quản lý hiện nay.
Hiện chưa cĩ số liệu thống kê đầy đủ về tình hình hoạt động sản xuất cơng nghiệp cũng như các dữ liệu về nguồn thải từ các cơ sở cơng nghiệp phân tán trên lưu vực. Tuy nhiên cĩ thể nhận xét đây là một trong những nguồn gây ơ nhiễm khĩ kiễm sốt cho hệ thống sơng Sài Gịn - Đồng Nai nĩi chung và lưu vực sơng Sài Gịn nĩi riêng.
Qua kết quả điều tra nhiều năm bởi Chi cục bảo vệ Mơi trường cho thấy, dù đã trang bị hệ thống xử lý thải nhưng phần lớn các đơn vị khơng vận hành hệ thống xử lý nư ớc thải đúng theo quy định, dẫn đến nồng độ các chất ơ nhiễm của nước thải khi thải vào nguồn tiếp nhận vẫn khơng đạt tiêu chuẩn cho phép.
Theo khảo sát và phỏng vấn các đơn vị phụ trách trực tiếp cho biết, khu vực huyện Hĩc Mơn, Củ Chi, Quận 12 (năm 2011) cĩ 76 doanh nghiệp sản xuất cơng nghiệp xả nước thải cĩ khả năng ảnh hưởng trực tiếp đến khu vực cấp nước của trạm bơm Hịa Phú trên sơng Sài Gịn với tổng lưu lượng thải khoảng 6342 m3/ngày; trogn đĩ cĩ 15 doanh nghiệp khơng cĩ hệ thống xử lý nư ớc thải. Tuy nhiên tại các doanh nghiệp cĩ hệ thống xử lý nư ớc thải thì kết quả phân tích mẫu nước cho thấy cĩ đến 33 (tương đương 55%) đơn vị vượt tiêu chuẩn TCVN 5942:2005 trước đây và QCVN 24:2009/BTNMT hiện nay nhiều lần. Đối với những doanh nghiệp khơng cĩ hệ thống xử lý nư ớc thải hoặc một số hộ sản xuất chăn nuơi thì các ch ỉ tiêu phân tích nước thải cơng nghiệp đều vượt tiêu chuẩn cho phép.