2.1.4 .Thời gian nghiên cứu
2.3.2. Sinh phẩm và hóa chất
2.3.2.1. Môi trƣờng vận chuyển virus (PBS-Glycerol transport medium) Phosphate-buffered saline (PBS): − NaCl : 8g − KCl : 0,2g − Na2HPO4 : 1,44g − KH2PO4 : 0,24g − Thêm nƣớc cất đã khử trùng để thành 1 lít
Trộn dung dịch trên với glycerol đã khử trùng theo tỷ lệ 1 : 1 thành 1 lít Trong 1 lít BPS & glycerol trên cho thêm vào:
− benzylpenicillin (2 x 106 IU/lit) − streptomycin (200 mg/lit) − polymyxin B (2 x 106 IU/lit) − gentamicin (250 mg/lit) − nystatin (0.5 x 106 IU/lit
− ofloxacin hydrochloride (60 mg/lit) − sulfamethoxazole (0,2 g/lit)
2.3.2.2. Sinh phẩm cho phản ứng sinh học phân tử
Dƣới đây là các hóa chất và sinh phẩm đƣợc dùng trong nghiên cứu: Bảng 2.1: Sinh phẩm và hóa chất dùng trong nghiên cứu
TT Tên sinh phẩm Hãng sản xuất Mục đích
1 QIAamp Viral RNA mini kit Qiagen Tách chiết RNA 2 Quantitect® Probe RT-PCR
kit Qiagen Realtime RT-PCR
3 Onestep RT-PCR kit Qiagen RT-PCR
4 Mồi xuôi và mồi ngƣợc
(primer) Invitrogen
RT-PCR và realtime RT-PCR
5 Đầu dò (Probe) Invitrogen Realtime RT-PCR
6 Generuler 100bp Fermentaq Điện di
7 Buffer TBE 1x Applichem Điện di
8 Agarose Invitrogen Điện di
9 Loading dye Fermentag Điện di
Các cặp mồi và Probesử dụng trong nghiên cứu có trình tự nhƣ sau: Bảng 2.2: Trình tự mồi và probe đƣợc sử dụng trong nghiên cứu
Đích Mồi hoặc Probe Trình tự
RT-PCR MD 90 5’-ATT GTC ACC ATA AGC AGC CA-3’
EVs MD 91 5’-CCT CCG GCC CCT GAA TGC GGC TAA T-3’ Realtime
RT-PCR EVs
VP0_F 5’-CCC TGA ATG CGG CTA ATC C-3’ VP0_R 5’-ATT GTC ACC ATA AGC AGC CA-3’ VP0_P (FAM)5’-AAC CGA CTA CTT TGG GTG TCC
GTG TTT C-3’ (TAMRA)
RT-PCR MAS01 5’-TAATAGCA(C/T)T(A/G)GCGGCAGCCCA -3’
EV71 MAS2A 5’-AGAGGGAG(A/G)TCTATCTC(C/T)CC -3’
Realtime RT-PCR EV71 EV71-VP1-634F 5’- GGAGAACACAARCARGAGAAAGA- 3’ EV71-VP1-743R 5’- ACTAAAGGGTACTTGGACTTVGA- 3’ EV71-VP1- TaqMan (FAM)5’-TGATGGGCACGTTCTCAGTGCG- 3’(BHQ1) 2.3.3. Trang thiết bị
Box an toàn sinh học BioSafety cấp II
Bộ micropipette với các thể tích 1000µl, 200µl , 100µl , 20µl và 10µl cùng các đầu cơn có phin lọc 1000µl, 200µl, 100µl, 20µl, 10 µl
Ống Eppendorf ở các thể tích khác nhau: 2ml, 1.5ml, 0.2ml Máy Votex MS2 Minishaker (IKA)
Máy li tâm lạnh Eppendorf 5424 Box mix PCR
Máy PCR ABI
Bộ điện di MUPid Extra Máy soi gel Biorad Nồi khử trùng Tommy