sản còn lỏng lẻo
Trong lĩnh vực khai thác thủy sản còn hàng trăm tàu thuyền có công suất nhỏ khai thác ven bờ, chưa đăng ký kinh doanh, khi có chủ trương cấm khai thác thủy sản ven bờ thì nhiều ngư dân gặp khó khăn, nên việc dùng xung điện, chất độc, lưới mùng hiện vẫn còn nhiều, vì những ngư dân làm nghề khai thác ven bờ kinh tế quá khó khăn, không đủ khả năng chuyển đổi nghề khác.
Việc quản lý các phương tiện nghề cá chưa triệt để, số lượng tàu cá loại nhỏ hoạt động ven bờ chưa quản lý được vẫn còn khá lớn. Việc kiểm tra và quản lý các phương tiện đóng tàu mới chưa chặt chẽ. Nhà nước chưa quản lý được số phương tiện khai thác thủy sản hư hỏng, giải tán.
Nhà nước chưa có chính sách đầu tư hợp lý vào ngành thủy sản đặc biệt là lĩnh vực nuôi trồng và khai thác thủy sản. Việc điều tra, quy hoạch còn chậm, triển khai thực hiện quy hoạch thiếu chặt chẽ, thiếu cán bộ kỹ thuật, thiếu các giải pháp khoa học về vốn, thức ăn và phòng trị bệnh. Công tác nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học vào nuôi thủy sản còn chậm chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển nghề nuôi thủy sản của các hộ dân. Mặt khác, việc quản lý về con giống trong thời gian qua chưa chặt chẽ, nên chất lượng giống sản xuất nhập ngoài tỉnh không đảm bảo chất lượng.
Chính sách thuế đối với KTTN quá cao nên thất thu nhiều, tạo ra sự cạnh tranh không lành mạnh giữa KTTN với kinh tế nhà nước trên địa bàn tỉnh. Nhiều doanh nghiệp xin giải thể (chủ yếu là các doanh nghiệp khai thác
thủy sản) để chuyển sang đăng ký kinh doanh theo Nghị định 02/NĐ-CP của Chính phủ (do thuế môn bài của loại hình doanh nghiệp cao hơn hộ sản xuất kinh doanh cá thể).
Trong lĩnh vực chế biến thủy sản, chủ yếu là sơ chế, tiêu thụ trong nước là chính, điểm nổi bật là chưa xác định đầy đủ nguồn nguyên liệu thu mua vào, số lượng thành phẩm bán ra, do chưa thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, ghi chép sổ sách tại cơ sở chế biến.
Trong công tác tổ chức quản lý chất lượng hàng thủy sản của KTTN chưa chặt chẽ, chưa ngăn chặn được việc tiêu thụ hàng thủy sản kém chất lượng. Điều này đã vi phạm quy chế vệ sinh an toàn thực phẩm, không những làm hại sức khoẻ người tiêu dùng mà còn làm mất uy tín xuất khẩu của nước ta trên thị trường thế giới.