Khi cú đủ căn cứ xỏc định một người đó thực hiện hành vi phạm tội thỡ cơ quan cú thẩm quyền ra quyết định khởi tố bị can. Theo quy định của BLTTHS năm 2003 thỡ khi cú đủ căn cứ xỏc định một người đó thực hiện hành vi phạm tội thỡ CQĐT ra quyết định khởi tố bị can; khởi tố vụ ỏn hỡnh sự và khởi tố bị can phải tương thớch về tội danh và hành vi phạm tội, Quyết định khởi tố vụ ỏn phải cú trước quyết định khởi tố bị can hoặc ban hành cựng với quyết định khởi tố bị can trong trường hợp xỏc định được ngay hành vi phạm tội (trong cỏc vụ ỏn phạm tội quả tang). Sau khi khởi tố bị can CQĐT cú quyền ỏp dụng cỏc biện phỏp điều tra theo quy định để làm rừ tớnh chất, mức độ hành vi phạm tội của bị can, tương ứng với từng điều, khoản của BLHS; Trong quỏ trỡnh điều tra vụ, Thủ trưởng, Phú Thủ trưởng CQĐT, Viện trưởng, Phú Viện trưởng VKS cựng cấp cú quyền ra quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can, nhưng VKS chỉ thực hiện thẩm quyền này khi đó yờu cầu mà CQĐT khụng thực hiện.
Theo quy định của BLTTHS 2003, trong việc khởi tố bị can, quyền hạn, trỏch nhiệm của VKS thể hiện: Phờ chuẩn quyết định khởi tố bị can hoặc hủy bỏ quyết định khởi tố bị can của của CQĐT, của Bộ đội biờn phũng, Hải quan, Kiểm lõm, lực lường Cảnh sỏt biển; VKS phờ chuẩn quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can hoặc hủy bỏ quyết định thay đổi, bổ sung quyết định khởi tố bị can của CQĐT; VKS cú thẩm quyền trực tiếp ra quyết định khởi tố bị can, quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can: Sau khi nhận hồ sơ và kết luận điều tra mà VKS phỏt hiện cú người khỏc đó thực hiện hành vi phạm tội trong vụ ỏn chưa bị khởi tố thỡ VKS ra quyết định khởi tố bị can và gửi quyết định khởi tố bị can cho CQĐT để tiến hành điều tra bổ sung. Trong quỏ trỡnh điều tra vụ ỏn hỡnh sự, khi cú căn cứ xỏc định cũn cú người khỏc thực hiện hành vi phạm tội trong cỏc vụ ỏn, nhưng CQĐT khụng khởi tố, hoặc hành vi của bị can khụng phạm vào tội đó bị khởi tố, VKS yờu cầu CQĐT ra quyết định khởi tố bị can, hoặc ra quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can.