Việc chuyển đổi cơ chế kinh tế từ bao cấp sang thị trường đã làm xuất hiện nhiều thành phần kinh tế tham gia hoạt động khoáng sản như các doanh nghiệp nhà nước, hợp tác xã, công ty TNHH, công ty cổ phần, công ty liên doanh có vốn nước ngoài…, đặc biệt là tình trạng khai thác trái phép”khai thác thổ phỉ”diễn ra ở nhiều nơi, nhất là đối với các mỏ đá quý, khai thác vàng,
ilmenit ở Miền trung, khai thác than ở Quảng Ninh, khai thác cát, sái… Số lượng các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực khoáng sản tăng lên khá nhanh, tăng trung bình 21,7%/năm. Sự gia tăng lực lượng tham gia hoạt động khoáng sản đồng nghĩa với sự gia tăng nhanh chóng về số lượng giấy phép được cấp hoạt động khoáng sản, đặc biệt ở các địa phương. Trong vòng 12 năm từ 1996 đến năm 2008, Bộ Công nghiệp và Bộ TN&MT cấp 928 giấy phép hoạt động khoáng sản. Trong khi đó chỉ trong vòng 3 năm, từ tháng 10/2005 đến tháng 8/2008, UBND các tỉnh, thành phố đã cấp 3.495 giấy phép khai thác. Tình trạng cấp phép hoạt động không theo quy hoạch, cấp phép tràn lan chia nhá để cấp vẫn diễn ra ở nhiều nơi, có trường hợp cấp phép cho cả các tổ chức cá nhân không đủ năng lực theo quy định hay khai thác chưa có hồ sơ thiết kế má… Một số khoáng sản có trữ lượng lớn, phân bố liên tục đã bị cắt thành nhiều khoảnh để cấp phép hoạt động khoáng sản. Đặc biệt nạn khai thác không phép, khai thác tự do, nhất là đối với khai thác vàng, đá quí, chì, kẽm, đồng, than... chưa được ngăn chặn, làm ảnh hưởng rất xấu đến môi trường, tài nguyên và an ninh xã hội. Ngay cả các công ty than của TKV ở Quảng Ninh mới được triển khai cấp giấy phép khai thác từ năm 2008 - 2009 (63 giấy phép) trong khi các công ty than đã hoạt động ở đây từ rất lâu.