Các chương trình quản lý tổng hợp lưu vực sông có thể tác động toàn diện đến các mặt kinh tế, xã hội và đem lại nhiều lợi ích cho lưu vực nhưng mặt khác nó cũng gây nhiều ảnh hưởng với những hậu quả khó lường nếu các biện pháp được áp dụng không phù hợp. Nói cách khác, quản lý nguồn nước một cách hiệu quả sẽ nâng cao khả năng thành công trong công tác giảm nghèo và tăng trưởng kinh tế.
Bản thân trong mỗi lưu vực sông đã chứa đựng những mâu thuẫn nội tại giữa các địa phương thuộc vùng thượng lưu và các địa phương thuộc vùng hạ lưu, giữa các ngành (thuỷ lợi - trồng trọt....), giữa phát triển kinh tế và bảo vệ môi trường. Việc quản lý lưu vực sông đòi hỏi phải giải quyết một cách hiệu quả nhất các mâu thuẫn đó nhằm tối ưu hoá lợi ích kinh tế và giảm tối đa tổn hại đến sự bền vững của các hệ sinh thái trong lưu vực. Tuy nhiên, các mâu thuẫn trong lưu vực sông chỉ là những mâu thuẫn trong cùng một địa phương hay ở cấp độ quốc gia mà còn ở cả cấp độ quốc tế. Nếu chỉ ở cấp độ địa phương thì việc xử lý sẽ đơn giản hơn rất nhiều, chúng ta có thể sử dụng các công cụ hành chính, tài chính và kinh tế để giải quyết một cách hiệu quả. Nhưng nếu là mâu thuẫn ở cấp quốc tế thì vấn đề trở nên phức tạp hơn rất nhiều. Ủy hội sông Mekong là một ví dụ cho việc quản lý và điều hoà các mâu thuẫn trong lưu vực đảm bảo các mục tiêu phát triển kinh tế và bảo vệ môi trường. Ủy hội sông Mekong được thành lập năm 1995 để thực hiện Hiệp định hợp tác phát triển bền vững lưu vực sông Mekong được ký kết giữa bốn
quốc gia hạ lưu vực là Lào, Thái Lan, Cam-pu-chia và Việt Nam, nhất là trong việc điều phối hoạt động quy hoạch phát triển chung, xây dựng các biện pháp, quy chế sử dụng bền vững nguồn nước. Tuy nhiên hiện nay các nước thuộc vùng hạ lưu đang phải đương đầu với những hậu quả của việc ngăn sông, nắn dòng mà các nước thuộc vùng thượng lưu đang áp dụng. Rõ ràng, khi các nước trong lưu vực không tìm được tiếng nói chung và Tổ chức lưu vực sông chỉ là sự tham gia của một số các quốc gia yếu thế hơn thì tiếng nói của nó không phát huy được sức mạnh. Hậu quả là cách quản lý và các biện pháp mà các nước phía thượng nguồn áp dụng vì lợi ích riêng của quốc gia mình đã không tính đến sự phát triển toàn diện của cộng đồng dân cư khác trên cùng lưu vực. Dòng sông bị chia năm xẻ bảy, điều này đã ảnh hưởng trực tiếp tới sự phát triển kinh tế của các quốc gia khác cũng sự ảnh hưởng tới chính sự tồn tại của các dòng sông. Ủy ban lưu vực sông cần thể hiện được vai trò của mình trong việc hợp tác để kiểm soát và sử dụng bền vững nguồn nước của mỗi con sông đặc biệt là ở hạ lưu qua đó góp phần bình ổn và phát triển kinh tế - xã hội của cả lưu vực.