Uỷ ban lưu vực sông là tổ chức chỉ đạo, điều phối liên ngành, liên vùng để thống nhất thực hiện Đề án bảo vệ môi trường lưu vực sông đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt với các nhiệm vụ cụ thể như:
- Tổ chức và hướng dẫn việc thực hiện Đề án.
- Thông qua và chỉ đạo việc thực hiện chương trình, dự án, kế hoạch hành động năm năm và hàng năm Đề án theo nguyên tắc phối hợp giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong lưu vực.
- Kiến nghị các Bộ, ngành liên quan để chỉ đạo, hướng dẫn việc triển khai các chương trình, dự án nhằm thực hiện Đề và các chương trình, dự án khác về bảo vệ môi trường tại lưu vực.
- Kiến nghị xây dựng, sửa đổi, bổ sung các cơ chế, chính sách, văn bản quy phạm pháp luật về bảo vệ môi trường nhằm thực hiện có hiệu quả Đề án.
- Chỉ đạo xây dựng cơ sở dữ liệu về TN&MT lưu vực thực hiện Đề án. - Huy động các nguồn lực trong nước và quốc tế để hỗ trợ việc thực hiện các nhiệm vụ thuộc Đề án và các nhiệm vụ khác về bảo vệ môi trường, phát triển bền vững lưu vực.
- Giám sát, đánh giá việc thực hiện các chương trình, dự án, kế hoạch đã được phê duyệt.
- Kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giải quyết các tranh chấp, vướng mắc giữa các địa phương trong việc khai thác, sử dụng tài nguyên và bảo vệ môi trường lưu vực vượt quá thẩm quyền.
- Kiến nghị sửa đổi, bổ sung các nội dung của Đề án.
Trong đó, các thành viên trong Ủy ban lưu vực sông có sự phân công nhiệm vụ cụ thể như sau:
Các thành viên Uỷ ban có các nhiệm vụ và quyền hạn: Chỉ đạo việc triển khai, tổ chức thực hiện Đề án liên quan đến Bộ, ngành, địa phương mình quản lý; Chỉ đạo tổ chức xây dựng và đề xuất các kế hoạch năm năm và hàng
năm liên quan đến việc triển khai Đề án trong phạm vi quản lý; Tham dự đầy đủ các cuộc họp của Uỷ ban; Thực hiện các kết luận đã được Uỷ ban thông qua đối với công việc thuộc thẩm quyền, trách nhiệm của Bộ, ngành hoặc địa phương [54].
Chủ tịch Uỷ ban có các nhiệm vụ và quyền hạn: Điều hành Uỷ ban thực hiện các nhiệm vụ theo quy định; Chủ trì các cuộc họp định kỳ và bất thường của Uỷ ban.
Phó Chủ tịch Uỷ ban có các nhiệm vụ và quyền hạn: Giúp Chủ tịch Uỷ ban điều hành việc thực hiện Đề án; chủ trì các cuộc họp của Uỷ ban khi được Chủ tịch uỷ quyền; Chỉ đạo hoạt động của Văn phòng Uỷ ban; Giúp Chủ tịch Ủy ban điều phối các Bộ, ngành xây dựng các cơ chế, chính sách và huy động các nguồn lực trong nước và quốc tế hỗ trợ triển khai Đề án.