Năm 2006, Bộ TN&MT với sự giúp đỡ của Cơ quan hỗ trợ phát triển quốc tế Đan Mạch (DANIDA) và Ngân hàng thế giới (WB) đã xây dựng Báo cáo Môi trường quốc gia chuyên đề chất lượng nước 3 lưu vực sông Cầu, Nhuệ - Đáy và hệ thống sông Đồng Nai. Đây là 3 lưu vực sông đang bị ô nhiễm vào loại nặng nhất so với các lưu vực khác trong cả nước. Chính vì vậy, việc thành lập một tổ chức lưu vực với vai trò quản lý các lưu vực sông một cách có hiệu quả trở thành vấn đề cấp thiết. Với sự ra đời của Đề án của 3 lưu vực sông đã hình thành cơ sở pháp lý để tiến tới thành lập các Ủy ban lưu vực sông, trong đó nhiệm vụ cụ thể và đặt ra hàng đầu là các Ủy ban này có trách nhiệm tổ chức, hướng dẫn và chỉ đạo thống nhất việc thực hiện các Đề án lưu vực sông. Theo đó, Bộ TN&MT có trách nhiệm nghiên cứu, trình Thủ tướng Chính phủ thành lập các Ủy ban này.
Việc thành lập các Ủy ban lưu vực sông cũng nhận được nhiều ý kiến đóng góp của các chuyên gia, nhà khoa học, các tỉnh thuộc lưu vực sông và các Bộ, ngành có liên quan thông qua các hội thảo, chuyên đề.
Vấn đề thành lập Ủy ban sông Cầu đã được đặt ra từ năm 1997 tại Hội nghị đầu tiên giữa Ủy ban nhân dân các tỉnh thuộc lưu vực sông tổ chức tại tỉnh Bắc Ninh. Sau Hội nghị, Ban Chỉ đạo lâm thời Đề án sông Cầu gồm lãnh đạo 6 tỉnh trong lưu vực sông Cầu đã thành lập, do Chủ tịch UBND tỉnh Thái Nguyên làm Trưởng ban. Ban Chỉ đạo lâm thời Đề án sông Cầu đã phối hợp cùng Bộ TN&MT tiến hành xây dựng Đề án thành lập Ủy ban bảo vệ môi trường sông Cầu. Đề án được xây dựng trên cơ sở tổng kết, đánh giá kết quả hoạt động của Ban Chỉ đạo lâm thời Đề án sông Cầu nói trên, tham khảo đề xuất phương án tổ chức quản lý sông Cầu mà Ban Chỉ đạo đã trình Thủ tướng vào ngày 03/10/2003 và một số mô hình và cơ cấu tổ chức bảo vệ môi trường lưu vực sông của các nước trong khu vực và trên thế giới [54].
Sau khi tham khảo ý kiến các chuyên gia, nhà khoa học, các tỉnh thuộc lưu vực sông Cầu và các Bộ, ngành có liên quan, dự thảo Quyết định về việc thành lập Ủy ban sông Cầu đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt (Quyết định số 171/2007/QĐ-TTG, ngày 14/11/2007). Ủy ban gồm 15 thành viên là đại diện lãnh đạo của các Bộ liên quan và UBND 6 tỉnh trên lưu vực sông Cầu. Chủ tịch Ủy ban sông Cầu nhiệm kỳ đầu tiên là Chủ tịch UBND tỉnh Thái Nguyên. Ngày 18/6/2009, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 830/QĐ-TTg bổ sung 1 đại diện Bộ Công an là thành viên Ủy ban sông Cầu. Từ đó đến nay Ủy ban sông Cầu đã trải qua 5 phiên họp toàn thể; 2 phiên họp gần đây nhất: phiên họp lần thứ tư và phiên họp lần thứ 5 đã được tổ chức tại Bắc Ninh và Hải Dương trong năm 2009. Tại các Phiên họp, Ủy ban đã thảo luâ ̣n và thống nhất ban hành 18 Danh mục dự án, nhiệm vụ nhằm triển khai thực hiện Đề án sông Cầu (Quyết định số 06/QĐ-UBSC ngày 20/7/2009 của Ủy ban sông Cầu). Ủy ban sông Cầu đã phối hợp với Bộ TN&MT tổ chức 3 đoàn công tác đi làm việc với UBND các tỉnh thuộc lưu vực về kết quả thực hiện Đề án sông Cầu, trong đó tập trung vào các nội dung: kiểm tra tình hình thực hiện các kết luận của Chủ tịch Ủy ban sông Cầu tại các Phiên họp; đánh giá tình hình triển khai thực hiện Quyết định số 174/2006/QĐ-TTg của Thủ
tướng Chính phủ (từ tháng 8/2006 - tháng 7/2009) của từng địa phương; chỉ đạo các địa phương thuộc lưu vực khẩn trương xây dựng, phê duyệt và tổ chức triển khai thực hiện các dự án ưu tiên thuộc Đề án sông Cầu trong năm 2010 [54].
Trong năm 2009, Ủy ban sông Cầu đã chỉ đạo Văn phòng Ủy ban phối hợp với các địa phương thuộc lưu vực xây dựng và trình Bộ trưởng Bộ TN&MT ban hành quy chế phối hợp bảo vệ môi trường nước lưu vực sông Cầu, xây dựng quy hoạch bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu, đánh giá khả năng chịu tải của sông Cầu, xây dựng và phát hành tài liệu nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường nước lưu vực sông cho các cán bộ quản lý cấp huyện, cấp xã.
Uỷ ban Bảo vệ môi trường lưu vực hệ thống sông Đồng Nai:
Hệ thống sông Đồng Nai có tầm quan trọng trong phát triển kinh tế - xã hội hiện nay và cả trong tương lai của 12 tỉnh, thành phố trên lưu vực sông. Trong đó các tỉnh thuộc hạ lưu sông Đồng Nai đang phải đương đầu với các vấn đề môi trường nặng nề nhất so với các tỉnh khác. Trước tình hình đó, ngày 03/12/2007 Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 187/QĐ-TTg về việc phê duyệt “Đề án tổng thể về bảo vệ môi trường lưu vực hệ thống sông Đồng Nai đến năm 2020”, trong đó định hướng các nội dung phối hợp với Trung ương và 12 tỉnh, thành trong lưu vực hệ thống sông Đồng Nai với mục tiêu là phòng ngừa, giảm thiểu ô nhiễm và ngăn chặn tình trạng suy thoái môi trường. Kết hợp xử lý, khắc phục từng bước các điểm nóng về ô nhiễm môi trường trên toàn lưu vực sông, đặc biệt là những nơi nguồn nước được sử dụng cho mục đích cấp nước sinh hoạt. Bảo vệ môi trường lưu vực sông Đồng Nai là việc làm lâu dài khi mà tình trạng ô nhiễm môi trường vẫn diễn ra hàng ngày [54].
Tuy nhiên, việc bảo vệ môi trường lưu vực hệ thống sông Đồng Nai phải được giải quyết tổng thể, thống nhất với sự kết hợp của 12 tỉnh, thành phố trên lưu vực. Chính vì vậy, ngày 01/12/2008, Thủ tướng Chính phủ đã ký
Quyết định 157, thành lập Uỷ ban sông Đồng Nai để chỉ đạo, điều phối liên ngành, liên vùng, 12 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên lưu vực hệ thống sông Đồng Nai từ đó rút ra những kinh nghiệm tốt trong lĩnh vực quản lý, bảo vệ môi trường, chia sẻ kinh nghiệm thu được từ các lưu vực sông khác trong nước. Ủy ban sông Đồng Nai gồm 24 thành viên là đại diện lãnh đạo của các Bộ liên quan và UBND 12 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên lưu vực hệ thống sông Đồng Nai. Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh là Chủ tịch nhiệm kỳ đầu tiên của Ủy ban sông Đồng Nai [54].
Ủy ban sông Đồng Nai đã ra mắt và trải qua 2 phiên họp tại thành phố Vũng Tàu năm 2009 và thành phố Hồ Chí Minh năm 2010.
Ngày 19/11/2009, Chủ tịch Ủy ban sông Đồng Nai đã ký Quyết định số 01/QĐ-UBSĐN ban hành Quy chế làm việc của Ủy ban sông Đồng Nai. Quy chế tổ chức và hoạt động của Văn phòng Ủy ban sông Đồng Nai cũng đã được Bộ trưởng Bộ TN&MT ban hành theo Quyết định số 2603/QĐ-BTNMT ngày 31/12/2009. Văn phòng Ủy ban sông Đồng Nai được đặt tại Tổng cục Môi trường thuộc Bộ TN&MT.
Thực hiện chức năng chỉ đạo, tổ chức điều phối liên ngành, liên vùng triển khai Đề án sông Đồng Nai, Ủy ban sông Đồng Nai đã có Công văn số 02/UBSĐN ngày 04/12/2009 gửi UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên lưu vực hệ thống sông Đồng Nai đề nghị chỉ đạo xây dựng và phê duyệt kế hoạch cụ thể triển khai Đề án sông Đồng Nai trên địa bàn và chỉ đạo đảm bảo nguồn kinh phí địa phương thực hiện Đề án sông Đồng Nai.
Uỷ ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - Đáy:
Lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy nằm ở hữu ngạn sông Hồng với diện tích tự nhiên 7.665 km2, dân số khoảng 8,7 triệu người bao gồm thành phố Hà Nội, các tỉnh Hà Nam, Nam Định, Hòa Bình và Ninh Bình. Là một trong những lưu vực sông lớn của Việt Nam, giữ vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế xã hội. Hiện nay, chất lượng nước ở thượng nguồn còn tương đối tốt, nhưng vùng trung lưu và hạ lưu phần lớn đã bị ô nhiễm, có nơi ở mức nghiêm
trọng. Nhận thức rõ tầm quan trọng của vấn đề bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, ngày 29/4/2008, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định số 57/2008/QĐ-TTg phê duyệt Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy với các mục tiêu đến năm 2020 sẽ hạn chế, giảm thiểu suy thoái môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy từng bước nâng cao chất lượng môi trường lưu vực sông. Tiếp sau đó, ngày 04/12/2009, Uỷ ban sông Nhuệ - Đáy đã được thành lập theo Quyết định 1404/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ với chức năng là tổ chức chỉ đạo, điều phối liên ngành, liên vùng nhằm triển khai thực hiện Đề án tổng thể lưu vực sông Nhuệ - Đáy đã được phê duyệt. Ủy ban gồm 18 thành viên là đại diện lãnh đạo các Bộ liên quan và UBND 5 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên lưu vực sông Nhuệ - Đáy. Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội là Chủ tịch Ủy ban sông Nhuệ - Đáy nhiệm kỳ đầu tiên [54].
Trong phiên họp Phiên thứ nhất tại thành phố Hà Nội, các thành viên đã thảo luận và thống nhất kế hoạch hoạt động của Ủy ban sông Nhuệ - Đáy và UBND 5 tỉnh, thành phố trên lưu vực sông Nhuệ - Đáy trong năm 2010.
Hoạt động của Ủy ban sông Nhuệ - Đáy năm 2009 tập trung vào các nội dung: Xây dựng và kiện toàn bộ máy Văn phòng Ủy ban đáp ứng các yêu cầu tham mưu, giúp việc cho Ủy ban sông Nhuệ - Đáy; xây dựng dự thảo Quy chế làm việc của Ủy ban sông Nhuệ - Đáy và Quy chế tổ chức và hoạt động của Văn phòng Ủy ban; tiến hành kiểm tra, theo dõi, đánh giá, tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ các hoạt động triển khai Đề án sông Nhuệ - Đáy của các Bộ và 5 tỉnh, thành phố theo từng năm và từng giai đoạn [54]
Việc thành lập các Ủy ban lưu vực sông đã tạo đầu mối xử lý để quản lý ô nhiễm lưu vực sông, tạo cơ chế phối hợp liên vùng, liên tỉnh…để tìm kiếm và đưa ra một phương án phát triển có mối quan hệ chặt chẽ với nhau, hạn chế các xung đột về gây ô nhiễm môi trường cho lưu vực sông, tìm ra tiếng nói chung để chia sẻ các quyền lợi khi khai thác nguồn lợi từ các dòng sông.