Về cơ bản, thủ tục giải quyết bồi thường diễn ra theo trình tự: (i) Người bị thiệt hại yêu cầu cơ quan, tổ chức quản lý công chức đã gây thiệt hại bồi thường thiệt hại cho mình; (ii) Nếu cơ quan, tổ chức (hoặc thông qua một cơ quan chịu trách nhiệm chuyên trách) tiến hành hoà giải, thương lượng thành thì việc giải quyết yêu cầu bồi thường sẽ tiến hành theo quy định của pháp luật và thoả thuận của các bên; (iii) Trường hợp hai bên không thoả thuận được thì khi đó người bị thiệt hại có thể khởi kiện tại Tòa án và yêu cầu bồi thường có được chấp thuận hay không phụ thuộc và phán quyết của Tòa án.
Đối với một số nước thì thủ tục này còn được chia thành hai loại, căn cứ vào trách nhiệm nhà nước trong từng trường hợp cụ thể: thủ tục hành chính và thủ tục dân sự. Ví dụ như, pháp luật Nhật Bản có sự phân biệt rõ ràng về trách nhiệm bồi thường nhà nước trên cơ sở lý luận về tính trái pháp luật của hành vi của Nhà nước, cụ thể sẽ có hai trường hợp: (1) Nhà nước thực hiện hành vi trái pháp luật gây thiệt hại cho người dân; (2) Nhà nước thực hiện những hành vi hoàn toàn đúng pháp luật nhưng vẫn gây thiệt hại cho người dân. Đối với trường hợp thứ nhất thì trách nhiệm nhà nước sẽ là một dạng nghĩa vụ bắt buộc mà Nhà nước phải thực hiện (nghĩa vụ dân sự thông thường); đối với trường hợp thứ hai Nhà nước hoàn toàn không có nghĩa vụ phải bồi thường nhưng xét trên góc độ xã hội thì việc đền bù cho những tổn thất mà người dân phải chịu là hoàn toàn cần thiết và hợp lý. Vì vậy, đối với trường hợp thứ nhất thì thủ tục giải quyết bồi thường là thủ tục
dân sự, đối với trường hợp thứ hai thì thủ tục giải quyết bồi thường là thủ tục hành chính.
Theo quy định của Luật Bồi thường nhà nước của Canada thì thủ tục bồi thường theo Luật này có một số điểm đáng chú ý sau đây: Toà án là cơ quan duy nhất có thẩm quyền giải quyết yêu cầu khởi kiện Nhà nước bồi thường thiệt hại. Toà án có thẩm quyền là Toà án cấp cao của từng bang nơi xảy ra vụ việc, trừ trường hợp thuộc thẩm quyền của Toà án liên bang. Toà án của bang sẽ không có thẩm quyền giải quyết nếu vụ việc đã được thụ lý bởi Toà án liên bang, bất kể trước hay sau khi Toà án thụ lý vụ việc. Đối với thủ tục khởi kiện yêu cầu bồi thường theo Luật này thì cơ quan đại diện cho Nhà nước đứng ra trước Toà án để giải quyết là Tổng chưởng lý Canada hoặc trong trường hợp cơ quan Nhà nước là bị đơn thì chính cơ quan đó phải ra trước Toà án. Đơn yêu cầu sẽ được nộp trực tiếp đến Phó tổng chưởng lý hoặc chính người chịu trách nhiệm quản lý cơ quan bị khởi kiện. Điều 4 văn bản hướng dẫn của Chính phủ đã có quy định cụ thể địa chỉ nộp đơn yêu cầu bồi thường thiệt hại phù hợp với từng khu vực: văn phòng của Phó tổng chưởng lý ở Ottawa, Giám đốc cơ quan tư pháp khu vực... Theo hướng dẫn tại Điều 5 trong văn bản của Chính phủ, Tổng chưởng lý phải có văn bản trả lời yêu cầu trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận đơn, hoặc trong thời hạn quy định ở từng bang, trường hợp có thời hạn dài hơn thì phải được sự chấp thuận của Toà án. Hướng dẫn của Chính phủ cũng quy định rõ (Điều 9): Ở bất kỳ giai đoạn nào của thủ tục tố tung, Tổng chưởng lý có thể gửi đến Toà án văn bản chấp nhận một phần hoặc toàn bộ yêu cầu khởi kiện; trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận được thông báo về việc chấp nhận yêu cầu khơỉ kiện, người khởi kiện phải nộp văn bản cho Phó tổng chưởng lý về việc đồng ý hay không đồng ý với nội dung chấp nhận yêu cầu khơỉ kiện. Trong trường hợp đồng ý, Toà án sẽ quyết định khoản bồi thường một cách hợp lý trong từng vụ việc trên cơ sở hai bên thoả thuận. Trong trường
hợp người khởi kiện thông báo không đồng ý với nội dung chấp nhận yêu cầu khởi kiện hoặc không có văn bản trả lời trong thời hạn quy định thì vụ việc sẽ được xét xử theo thủ tục thông thường. Trên cơ sở bản án có hiệu lực của Toà án về giải quyết yêu cầu đòi Nhà nước bồi thường, Bộ trưởng Bộ Tài chính có trách nhiệm thanh toán các khoản bồi thường theo bản án từ nguồn ngân sách nhà nước cho người bị thiệt hại (Điều 30).
Luật trách nhiệm bồi thường của Nhà nước của Việt Nam quy định tương đối cụ thể thủ tục giải quyết bồi thường, từ giai đoạn thụ lý đơn yêu cầu bồi thường, cử người đại diện giải quyết bồi thường, thương lượng và ban hành quyết định giải quyết bồi thường. Tuy nhiên, điểm hạn chế của pháp luật Việt Nam, đó là luôn phải thông qua thủ tục giải quyết bồi thường tại cơ quan có trách nhiệm bồi thường, cụ thể như sau:
Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đơn và các giấy tờ hợp lệ, cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải kiểm tra và xác định tính hợp lệ của đơn và các giấy tờ kèm theo; trường hợp hồ sơ không đầy đủ, thì hướng dẫn người bị thiệt hại bổ sung. Hồ sơ yêu cầu bồi thường gồm có: (i) Đơn yêu cầu bồi thường bao gồm các nội dung chính: Tên, địa chỉ của người yêu cầu bồi thường; lý do yêu cầu bồi thường; thiệt hại và mức yêu cầu bồi thường; (ii) Văn bản xác định hành vi trái pháp luật của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; (iii) Tài liệu, chứng cứ liên quan đến việc yêu cầu bồi thường.
Ngay sau khi thụ lý đơn yêu cầu bồi thường, Thủ trưởng cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải ra quyết định cử người đại diện thực hiện việc giải quyết bồi thường (người đại diện). Trường hợp thủ trưởng cơ quan là người thi hành công vụ đã gây ra thiệt hại hoặc là người thân thích của người thi hành công vụ đã gây ra thiệt hại hoặc của người bị thiệt hại thì tập thể lãnh đạo cơ quan cùng thảo luận, thống nhất cử một đại diện lãnh đạo cơ quan chịu
trách nhiệm về việc giải quyết bồi thường. Trường hợp cơ quan có trách nhiệm bồi thường hoạt động theo chế độ tập thể thì tập thể cơ quan quyết định cử người đại diện. Người đại diện phải có đủ các điều kiện sau đây: (1) Là cán bộ lãnh đạo cấp phòng trở lên hoặc tương đương; (2) Có kinh nghiệm công tác trong ngành, lĩnh vực phát sinh trách nhiệm bồi thường; (3) Không phải là người liên quan của người thi hành công vụ đã gây ra thiệt hại hoặc của người bị thiệt hại.
Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày thụ lý đơn yêu cầu bồi thường, cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải tiến hành việc xác minh thiệt hại. Căn cứ vào tính chất, nội dung của vụ việc, cơ quan có trách nhiệm bồi thường có thể tổ chức việc định giá tài sản, giám định thiệt hại về tài sản, giám định thiệt hại về sức khoẻ hoặc lấy ý kiến của các cơ quan có liên quan về việc giải quyết bồi thường. Trường hợp người bị thiệt hại không đồng ý với kết quả định giá, giám định mà yêu cầu định giá, giám định lại và được cơ quan có trách nhiệm bồi thường đồng ý thì chi phí định giá, giám định lại do người bị thiệt hại chi trả, trừ trường hợp kết quả định giá, giám định chứng minh yêu cầu định giá, giám định lại là có căn cứ.
Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc việc xác minh thiệt hại, cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải tiến hành thương lượng với người bị thiệt hại. Thời hạn tối đa để thương lượng giải quyết việc bồi thường với người bị thiệt hại là 30 ngày, kể từ ngày kết thúc việc xác minh thiệt hại. Trường hợp vụ việc có nhiều tình tiết phức tạp thì thời hạn thương lượng có thể kéo dài nhưng không quá 45 ngày. Thành phần thương lượng gồm đại diện cơ quan có trách nhiệm bồi thường và người bị thiệt hại hoặc đại diện hợp pháp của họ. Trong trường hợp cần thiết, người thi hành công vụ gây ra thiệt hại được mời tham gia vào việc thương lượng. Địa điểm thương lượng là trụ sở của cơ quan có trách nhiệm bồi thường hoặc trụ sở của Ủy ban nhân
dân xã, phường, thị trấn nơi người bị thiệt hại cư trú, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận khác. Việc thương lượng phải lập thành biên bản và phải ghi rõ những nội dung chính: Ngày, tháng, năm tiến hành thương lượng; địa điểm thương lượng, thành phần tham gia thương lượng; ý kiến của các bên tham gia thương lượng; những nội dung thương lượng thành hoặc không thành.
Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc việc thương lượng, cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải hoàn thành ban hành Quyết định giải quyết bồi thường với các nội dung chính sau đây: Tên, địa chỉ của người yêu cầu bồi thường; tóm tắt lý do yêu cầu bồi thường; căn cứ xác định trách nhiệm bồi thường; mức bồi thường; quyền khởi kiện tại Toà án trong trường hợp không tán thành với quyết định giải quyết bồi thường; hiệu lực của quyết định giải quyết bồi thường. Sau khi ban hành, quyết định giải quyết bồi thường phải được gửi cho người bị thiệt hại, cơ quan cấp trên trực tiếp của cơ quan có trách nhiệm bồi thường và người thi hành công vụ gây ra thiệt hại. Quyết định giải quyết bồi thường có hiệu lực sau 15 ngày, kể từ ngày người bị thiệt hại nhận được quyết định, trừ trường hợp người bị thiệt hại không đồng ý và khởi kiện ra Toà án.
Bên cạnh việc quy định thủ tục giải quyết bồi thường tại cơ quan có trách nhiệm bồi thường, để giải quyết tình trạng một số cơ quan có trách nhiệm bồi thường né tránh giải quyết bồi thường, hoặc giải quyết nhưng không bảo đảm quyền, lợi ích của người bị thiệt hại, Luật trách nhiệm bồi thường quy định thủ tục giải quyết yêu cầu bồi thường tại Toà án. Theo đó, trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày hết thời hạn ra quyết định giải quyết bồi thường mà cơ quan có trách nhiệm bồi thường không ra quyết định hoặc kể từ ngày người bị thiệt hại nhận được quyết định nhưng không đồng ý thì người bị thiệt hại có quyền khởi kiện ra Toà án để yêu cầu giải quyết bồi thường. Trong trường hợp này, Toà án có thẩm quyền giải quyết yêu cầu bồi thường là
Toà án nhân dân cấp huyện nơi cá nhân bị thiệt hại cư trú, làm việc, nơi tổ chức bị thiệt hại đặt trụ sở, nơi thiệt hại xảy ra theo sự lựa chọn của người bị thiệt hại hoặc trường hợp khác theo quy định của pháp luật về tố tụng dân sự. Thủ tục giải quyết yêu cầu bồi thường tại Toà án được thực hiện theo quy định của pháp luật về tố tụng dân sự.