Quy định pháp luật các nước về cơ quan giải quyết bồi thường chủ yếu theo hai mô hình chính: (1) Mô hình phân tán: Trách nhiệm thuộc về từng cơ quan cụ thể có công chức gây ra thiệt hại; (2) Mô hình tập trung: Trách nhiệm thuộc về một cơ quan chuyên trách chịu trách nhiệm đại diện cho Nhà nước thực hiện giải quyết bồi thường (theo nghĩa rộng được hiểu là không chỉ đại diện thương lượng, hoà giải mà còn đại diện cho Nhà nước với tư cách là bị đơn trước Tòa án).
Rất ít nước quy định cơ quan có trách nhiệm giải quyết bồi thường theo mô hình phân tán, thông thường trách nhiệm này thuộc về một cơ quan chịu trách nhiệm về các vấn đề pháp lý của Nhà nước. Ví dụ, theo Luật về nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ trưởng Tư pháp Nhật Bản thì trong trường hợp có yêu cầu của người bị thiệt hại, Bộ Tư pháp Nhật Bản sẽ đại diện cho Nhà nước tiến hành hoà giải và thương lượng về mức bồi thường, nếu không thương lượng hoặc thương lượng mà không thành và người bị thiệt hại khởi kiện ra Tòa án thì Bộ trưởng Bộ Tư pháp sẽ là đại diện cho Nhà nước với tư cách là bị đơn trước Tòa án. Vấn đề này không được quy định trực tiếp trong Luật bồi thường nhà nước Nhật Bản mà được quy định trong Luật về nhiệm vụ quyền hạn của Bộ trưởng Bộ Tư pháp về các vấn đề liên quan đến trách nhiệm của Nhà nước của Nhật Bản. Theo quy định của Luật này thì mọi trường hợp mà Nhà nước là một bên trong tranh chấp thì Bộ trưởng Bộ Tư pháp Nhật bản sẽ là đại diện cho Nhà nước để xử lý các tranh chấp này, thậm chí cả trường hợp là đại diện bị đơn trước Toà án.
Ở Hàn Quốc có cơ quan hành chính được giao thẩm quyền giải quyết bồi thường (giải quyết bồi thường ngoài tố tụng), đó là Hội đồng Bồi thường nhà nước (ở Trung ương) và Hội đồng bồi thường nhà nước khu vực (ở các
địa phương). Hội đồng Bồi thường nhà nước cấp TW xem xét yêu cầu đòi bồi thường đối với nhà nước hoặc chính quyền trung ương; Hội đồng Bồi thường nhà nước cấp vùng xem xét yêu cầu đòi bồi thường đối với các cơ quan ở địa phương. Ngoài ra, còn có một Hội đồng đặc biệt được thành lập ở Bộ Quốc phòng để xem xét đơn yêu cầu đòi bồi thường thiệt hại do các quân nhân hoặc công chức quốc phòng gây ra cho người khác. Ở Hàn Quốc có một đạo luật về đại diện hợp pháp đối với trường hợp Nhà nước là bị đơn. Văn phòng công tố cao cấp có một nhóm đại diện hợp pháp cho Nhà nước ra toà. Văn phòng công tố cao cấp này nằm ngoài Bộ Tư pháp nhưng có mối quan hệ chặt chẽ với Bộ Tư pháp. Tổng thống có thể kiểm soát hệ thống văn phòng công tố này mà không phải là Bộ Tư pháp. Công tố viên cũng chính là các luật sư nên có thể đại diện cho Nhà nước. Nhưng trong luật của Hàn Quốc, Bộ Tư Pháp cũng có thể cử một luật sư độc lập, không nhất thiết lấy từ cơ quan công tố để đại diện cho Nhà nước. Nếu văn phòng công tố thấy không tự tin giải quyết, họ có thể thuê luật sư bên ngoài.
Hoa Kỳ không giao cho một cơ quan duy nhất đại diện nhà nước thực hiện việc giải quyết bồi thường, tuy nhiên hoạt động này được tổ chức chặt chẽ, trong đó đề cao vai trò của Bộ Tư pháp (thông qua Tổng chưởng lý). Tổng chưởng lý có trách nhiệm là đầu mối phối hợp với các cơ quan khác trong chính phủ liên bang thực hiện việc giải quyết bồi thường và có thể làm trọng tài, thực hiện việc dàn xếp hoặc giải quyết bất cứ yêu cầu bồi thường nào theo quy định của luật này. Cơ quan liên bang quản lý cán bộ, nhân viên gây ra thiệt hại có trách nhiệm giải quyết bồi thường. Thông thường, đơn yêu cầu được gửi tới văn phòng cấp Quận của cơ quan liên bang có trách nhiệm bồi thường tuy nhiên thẩm quyền giải quyết hạn chế như sau: Tiếp nhận và thực hiện điều tra hoặc uỷ quyền điều tra giải quyết bồi thường cho cơ quan tư vấn cấp quận đối với yêu cầu bồi thường từ
5.000 USD trở xuống; Tiếp nhận và thực hiện điều tra hoặc uỷ quyền điều tra giải quyết bồi thường và phải tham vấn ý Văn phòng tư vấn cấp quận đối với yêu cầu bồi thường trên 5.000 USD; Trường hợp giải quyết bồi thường từ 25.000 USD trở lên thì phải tham vấn ý kiến của Bộ Tư pháp trước khi quyết định bồi thường. Sau đó, việc ấn định bồi thường cần có sự xác nhận của Bộ Tư pháp. Hàng năm, các cơ quan liên bang có trách nhiệm báo cáo Quốc hội về hoạt động giải quyết bồi thường. Trong đó phải nêu rõ cụ thể từng yêu cầu bồi thường, số tiền yêu cầu bồi thường, số tiền đã quyết định bồi thường, tóm tắt về yêu cầu bồi thường.
Có thể thấy rằng, cơ quan đại diện nhà nước giải quyết bồi thường tại Hoa Kỳ được tổ chức rất linh hoạt, từng cơ quan có thẩm quyền và trách nhiệm nhất định để bảo đảm hiệu quả trong hoạt động. Việc quy định Bộ Tư pháp có vai trò quan trọng trong việc giải quyết bồi thường là giải pháp bảo đảm hoạt động giải quyết bồi thường được chôi chảy, thống nhất, đúng pháp luật; vừa bảo vệ lợi ích nhà nước, vừa bảo đảm thực hiện quyền công dân về yêu cầu bồi thường.
Luật Thủ tục và trách nhiệm Nhà nước Canada quy định trách nhiệm giải quyết bồi thường có thể thuộc Tổng Chưởng lý Canada hoặc chính cơ quan bị yêu cầu bồi thường thiệt hại.
Riêng đối với pháp luật Cộng hoà liên bang Đức thì không quy định rõ trách nhiệm thuộc cơ quan nào, vì vậy, người bị thiệt hại có thể khởi kiện Nhà nước hoặc chính bản thân công chức đã gây thiệt hại. Tuy nhiên, do đặc thù của pháp luật Đức mà trách nhiệm bồi thường nhà nước từ chỗ là trách nhiệm cá nhân công chức sẽ chuyển ngay thành trách nhiệm nhà nước. Sau khi đã thanh toán chi phí bồi thường thì mới tính đến mối quan hệ nội bộ giữa công chức và Nhà nước.
Pháp luật của Việt Nam thì quy định khác với các nước trên, theo đó, trách nhiệm giải quyết bồi thường thuộc về cơ quan, tổ chức của Nhà nước quản lý công chức đã có hành vi gây thiệt hại (Khoản 4 Điều 3 và Khoản 1 Điều 14 Luật trách nhiệm bồi thường của Nhà nước). Có thể nhận thấy rằng, cách quy định này là tương đối phức tạp, gây nhiều khó khăn cho bản thân người bị thiệt hại trong việc xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường để thực hiện quyền yêu cầu bồi thường của mình, đặc biệt đối với trường hợp có nhiều người thi hành công vụ thuộc nhiều cơ quan cùng gây ra thiệt hại. Điều này thể hiện rõ trong hoạt động tố tụng hình sự, cơ quan có trách nhiệm bồi thường được Luật trách nhiệm bồi thường của Nhà nước quy định tại các Điều 30, 31 và 32 trên cơ sở phân chia các giai đoạn tố tụng hình sự và thẩm quyền về tố tụng hình sự giữa các giai đoạn tố tụng, bao gồm: Cơ quan điều tra và cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra; Viện kiểm sát nhân dân các cấp, Tòa án nhân dân các cấp. Có thể lấy một ví dụ điển hình về sự phức tạp, khó xác định trách nhiệm bồi thường của Toà án nhân dân trong hoạt động tố tụng hình sự như sau:
(1) Toà án cấp sơ thẩm có trách nhiệm bồi thường thiệt hại trong các trường hợp:
+ Toà án cấp sơ thẩm tuyên bị cáo có tội nhưng Toà án cấp phúc thẩm huỷ bản án sơ thẩm, tuyên bị cáo không có tội và đình chỉ vụ án vì người đó không phạm tội hoặc huỷ bản án sơ thẩm để điều tra lại mà sau đó bị can được đình chỉ điều tra, đình chỉ vụ án vì không thực hiện hành vi phạm tội hoặc huỷ bản án sơ thẩm để xét xử lại mà sau đó bị cáo được tuyên là không có tội vì không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà án cấp sơ thẩm tuyên bị cáo có tội, bản án sơ thẩm đã có hiệu lực pháp luật nhưng Toà án xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ bản án và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà án cấp sơ thẩm tuyên bị cáo có tội, bản án đã có hiệu lực pháp luật nhưng Toà án xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ bản án để điều tra lại mà sau đó bị can được đình chỉ điều tra, đình chỉ vụ án vì không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà án cấp sơ thẩm tuyên bị cáo có tội, bản án đã có hiệu lực pháp luật nhưng Toà án xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ bản án để xét xử lại mà sau đó bị cáo được tuyên là không có tội vì không thực hiện hành vi phạm tội.
(2) Toà án cấp phúc thẩm có trách nhiệm bồi thường thiệt hại trong các trường hợp:
+ Toà án cấp phúc thẩm tuyên bị cáo có tội nhưng Toà án xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ bản án phúc thẩm và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà án cấp phúc thẩm tuyên bị cáo có tội nhưng Toà án xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ bản án phúc thẩm để điều tra lại mà sau đó bị can được đình chỉ điều tra, đình chỉ vụ án vì không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà án cấp phúc thẩm tuyên bị cáo có tội nhưng Toà án xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ bản án phúc thẩm để xét xử lại mà sau đó bị cáo được tuyên là không có tội vì không thực hiện hành vi phạm tội.
(3) Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Toà án quân sự quân khu và tương đương có trách nhiệm bồi thường thiệt hại khi Uỷ ban Thẩm phán Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Toà án quân sự quân khu và tương đương xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm giữ nguyên bản án của Toà án cấp dưới tuyên bị cáo có tội trong các trường hợp:
+ Toà hình sự Toà án nhân dân tối cao xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm của Uỷ ban Thẩm phán Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Toà án quân sự quân khu và tương đương và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà hình sự Toà án nhân dân tối cao xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm của Uỷ ban Thẩm phán Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Toà án quân sự quân khu và tương đương để điều tra lại mà sau đó bị can được đình chỉ điều tra, đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội;
+ Toà hình sự Toà án nhân dân tối cao xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm huỷ quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm của Uỷ ban Thẩm phán Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Toà án quân sự quân khu và tương đương để xét xử lại mà sau đó bị cáo được tuyên là không có tội vì không thực hiện hành vi phạm tội.
(4) Toà án nhân dân tối cao có trách nhiệm bồi thường thiệt hại khi Toà phúc thẩm Toà án nhân dân tối cao, Toà hình sự Toà án nhân dân tối cao, Toà án quân sự trung ương (sau đây gọi chung là Toà có thẩm quyền) xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, tái thẩm giữ nguyên bản án của Toà án cấp dưới tuyên bị cáo có tội trong các trường hợp:
+ Hội đồng Thẩm phán Toà án nhân dân tối cao huỷ quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm của Tòa có thẩm quyền thuộc Toà án nhân dân tối cao và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành viphạm tội;
+ Hội đồng Thẩm phán Toà án nhân dân tối cao huỷ quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm của Tòa có thẩm quyền thuộc Toà án nhân dân tối cao để điều tra lại mà sau đó bị can được đình chỉ điều tra, đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành viphạm tội;
+ Hội đồng Thẩm phán Toà án nhân dân tối cao huỷ quyết định giám đốc thẩm, tái thẩm của Tòa có thẩm quyền thuộc Toà án nhân dân tối cao để xét xử lại mà sau đó bị cáo được tuyên là không có tội vì không thực hiện hành vi phạm tội.