Trờn thực tế, mụ hỡnh tổ chức và quản lý hiện tại được phõn biệt chủ yếu theo chức năng với hai cơ cấu quyền lực là cấp quản trị điều hành và cấp quản lý kinh doanh. Trong đú cấp quản trị điều hành là HĐQT gồm Chủ tịch HĐQT và một số thành viờn chuyờn trỏch, làm việc theo chế độ tập thể. Về nguyờn tắc HĐQT thực hiện chức năng quản lý đối với mọi hoạt động của NHTM, chịu trỏch nhiệm bảo toàn và phỏt triển vốn; ban hành điều lệ, cỏc cơ chế, qui chế tổ chức và hoạt động của ngõn hàng.
Hiện nay, cấp quản trị điều hành của NHTMCP được điều chỉnh bởi cỏc quyết định của NHNN (Quyết định số 1087/2001/QĐ-NHNN ngày 27/8/2007 ban hành quy định về tổ chức và hoạt động của HĐQT, BKS, Tổng giỏm đốc NHTMCP của Nhà nước và nhõn dõn) - được quy định dựa trờn cơ sở Nghị định 49/2000/NĐ-CP của Chớnh phủ (hiện nay đó hết hiện lực) - mà khụng cú văn bản phỏp luật cấp hiệu lực nào cao hơn điều chỉnh. Hiện nay Nghị định 59/2009/NĐ-CP đó cú hiệu lực, tuy nhiờn ở thời điểm này vẫn chưa cú cỏc văn bản hướng dẫn cụ thể, nờn cỏc quyết định của NHNN hiện hành vẫn đang cú hiệu lực.
HĐQT là cơ quan quản trị NHTMCP, cú toàn quyền nhõn danh NHTMCP để quyết định cỏc vấn đề liờn quan đến mục đớch, quyền lợi của NHTMCP, trừ những vấn đề thuộc thẩm quyền của ĐHĐCĐ (khoản 1 Điều 2 Quyết định 1087/2001/QĐ-NHNN). HĐQT phải chịu trỏch nhiệm trước ĐHĐCĐ về kết quả hoạt động cũng như những sai phạm trong quản lý, vi phạm điều lệ, vi phạm phỏp luật gõy thiệt hại cho ngõn hàng.