Phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hòa
44. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 14942, Hồ sơ về tình hình xâm nhập của Việt cộng vào Việt Nam Cộng hoà năm 1963-1964.
45. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 15230, Bản nghiên cứu của Phòng Nhì về sự xâm nhập của Việt cộng tính đến ngày 31/12/1965.
46. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 15232, Hồ sơ về việc Việt cộng xâm nhập khí giới qua biên giới Việt – Miên năm 1965.
47. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 15233, Hồ sơ về tình hình xâm nhập của Việt cộng vào Việt Nam Cộng hòa năm 1963 – 1964
48. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 15235, Hồ sơ về tình hình giao liên của Việt cộng năm 1965.
49. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 16177, Tài liệu của Võ phòng, Phòng Nhì
nghiên cứu về tổ chức và hoạt động của Đoàn 559 vận tải Việt cộng năm 1968.
50. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 16458, Tài liệu của Võ phòng, Phòng Nhì – Bộ Tổng Tham mưu về việc kiểm điểm hoạt động của Việt cộng tại miền Nam Việt Nam năm 1966-1969.
51. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 10, hồ sơ số 32159, Tài liệu của Bộ Quốc phòng về việc Việt cộng miền Nam được tiếp tế qua ngả Cao Miên năm 1966.
Phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hòa
52. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5218, Phúc trình của Tham mưu Biệt bộ, Sở Nghiên cứu phản Du kích chiến về việc mở đường Xuyên Sơn phát triển cộng đồng và dinh điền tại Quân khu II, năm 1958.
53. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5224, Tập tài liệu của Tham mưu Biệt bộ, cơ quan quân sự Quảng Nam về cuộc thám sát đường Xuyên Sơn – Bến Hiện – Atép – Tankol năm 1958.
54. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5230, Tập tài liệu của Tham mưu Biệt bộ, Quân khu II về việc thám sát vùng rừng núi phía Tây quận Hướng Hoá (Quảng Trị), các đường mòn thuộc tiểu khu Quảng Nam năm 1958. (01)
55. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5242, Tập tài liệu của Tham mưu Biệt bộ, Quân khu III về hành quân thám sát đường mòn xuyên sơn giáp ranh
56. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5243, Hồ sơ các cuộc hành quân thám sát đường mòn Quân khu III, năm 1958.
57. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5479, Hồ sơ về việc Việt cộng mở con đường Hồ Chí Minh và đưa cán bộ vào Nam hoạt động năm 1958.
58. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5623, Hồ sơ các cuộc hành quân thám sát đường mòn Quân khu III, năm 1959.
59. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 5708, Tài liệu của Phòng II, Bộ Tổng tham mưu về tổ chức tiếp vận của Việt cộng năm 1959.
60. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 6262, Tập tài liệu của Phòng II, Bộ Tổng Tham mưu về tình hình, chủ trường, đường lối hoạt động của Việt cộng năm 1960.
61. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 6277, Hồ sơ về việc lập bản đồ các con đường mà Việt cộng sử dụng tại các tỉnh Trung Việt năm 1960.
62. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 6281, Tập tài liệu của Phòng Nghiên cứu và Kế hoạch, Bộ Tư lệnh không quân về việc thiết lập một kế hoạch chống xâm nhập của Việt cộng bằng đường biển, năm 1960.
63. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 3, hồ sơ số 6283, Tập tài liệu của Nha an ninh quân đội về hoạt động của Việt cộng và khám phá, bắt giữ các tổ chức,
cán bộ Việt cộng năm 1960.
64. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 7176, Hồ sơ về kế hoạch đối phó với âm mưu vượt tuyến bằng đường biển của Việt cộng năm 1961.
65. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 7465, Tập Phiếu trình, Công điện của Tham mưu Biệt bộ, Bộ Quốc phòng về việc chặn đứng các hành lang xâm nhập của Việt cộng vào Chiến khu D, năm 1962.
66. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 7519, Lệnh sưu tầm tin tức ngày 30/01/1962 của Vùng II Chiến thuật về đường mòn Hồ Chí Minh.
67. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 7943, Tập tài liệu của Bộ Ngoại giao về khả năng xâm nhập của Việt cộng từ Bắc vào Nam năm 1962.
68. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 8110, Hồ sơ về tổ chức và hoạt động của UB 202 năm 1961-1963, Tập 3: Tài liệu về việc khai quang đồn bót, các yếu điểm và cơ cấu tiếp vận của Việt cộng bằng hoá chất 20P, năm 1962.
69. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 8136, Tập tài liệu của Bộ QP, phòng 2 – Bộ TTM v/v VC mua, vận chuyển vũ khí, chất nổ từ CPC và VNCH năm 1963.
70. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 8138, Tập tài liệu của Tham mưu Biệt bộ, Nha Quân y – Bộ Quốc phòng về đông y và đơn vị E971 của VC năm
71. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhất Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 4, hồ sơ số 8171, Bản tin tức của vùng II chiến thuật về tổ chức lãnh thổ và hệ thống giao thông VC tại MB năm 1963.
Phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Cộng hòa
72. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 363, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 1: Lập trường của Lào với Việt Nam Cộng hoà.
73. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 364, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 2: Tương quan lực lượng và kế hoạch công phá.
74. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 365, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 3: Kết quả cuộc hành quân.
75. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 366, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 4: Công điện của Phủ Thủ tướng, Bộ Ngoại giao về tình hình cuộc hành quân.
76. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 367, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 5: Bản tin, báo chí về cuộc hành quân.
77. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 368, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 6: Tổng thống Việt Nam Cộng hoà họp báo, nói chuyện về cuộc hành quân.
Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 369, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 7: Phản ứng của các nước.
79. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 370, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 8: Lễ mừng chiến thắng.
80. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 371, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 9: Tổng Thống và Phu nhân thăm viếng, tặng quà cho chiến sỹ tham dự cuộc hành quân.
81. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 372, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 10: Tập tài liệu của Phủ Thủ tướng về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1971.
82. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 373, Hồ sơ về cuộc hành quân Lam Sơn 719 năm 1970-1971, Tập 11: Khen thưởng chiến sĩ xuất sắc trong cuộc hành quân.
83.Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 499, Tài liệu về kế hoạch của Bộ Tổng Tham mưu, chiến dịch của Quân lực Việt Nam Cộng hoà và Đồng minh năm 1974.
84. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 569, Hồ sơ về chiến dịch tổng công kích của Cộng sản Xuân 1975.
85. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ số 627, Bản nghiên cứu đặc biệt của Phủ Đặc uỷ Trung ương Tình báo về địa bàn tiếp vận của Việt cộng trên đất
CamBốt năm 1967.
86. Trung tâm Lưu trữ quốc gia II, phông Phủ Tổng thống Đệ Nhị Việt Nam Cộng hoà, mục lục số 1, hồ sơ 755, Phiếu trình, phiếu tin tức của Đặc uỷ Trung ương tình báo về các hoạt động quân sự, chính trị năm 1974-1975.