Trước hết là những bất đồng trở ngại về quá khứ lịch sử đau thương của người dân Triều Tiên trước đây đã phải chịu đựng dưới ách thống trị của phát xít Nhật. Mặc dù về vấn đề này, ông Koizumi thời còn đương nhiệm chức Thủ tướng đã có lời xin lỗi, song người Hàn Quốc vẫn chưa thể dễ quên ngay được. Điều đáng lưu ý liên quan tới vấn đề này đó là cuối tháng 2 năm 2002, các nghị sĩ quốc hội thuộc đảng cầm quyền và các đảng đối lập của Hàn Quốc đã cho công bố danh sách 798 người “thân Nhật” bị buộc tội đã đàn áp dã man người Triều Tiên trong thời gian chiếm đóng nước này. Bản danh sách này bao gồm tất cả 690 người được Hiệp hội giải phóng Hàn Quốc - một tổ chức chống Nhật tại Hàn Quốc gọi là “những kẻ thân Nhật”, bao gồm cả những nhân vật nổi tiếng nhất Hàn Quốc trước đây, trong đó có cả cựu Thủ tướng Lee Wan-yong, người có vai trò quan trọng giúp Nhật Bản xâm lược Triều Tiên năm 1910. Bản danh sách này đã gây xôn xao dư luận Hàn Quốc và Nhật Bản vì nó do các nghị sĩ quốc hội đưa ra và bao gồm rất nhiều nhân vật nổi tiếng trong đủ các lĩnh vực văn học, nghệ thuật, báo chí của Hàn Quốc trước đây.
Thứ hai là những bất đồng, phê phán của người Hàn Quốc về việc Nhật Bản biên soạn cuốn sách giáo khoa lịch sử cùng những tuyên bố phủ nhận tội ác của Nhật gây ra với người dân châu Á trong đó có Hàn Quốc, đã làm quan hệ giữa Seoul và Tokyo nhiều phen nổi sóng. Để sửa sai cho vấn đề này, ngày 5/3/2002 chính phủ Nhật Bản và Hàn Quốc đã nhất trí thành lập “Ủy ban nghiên cứu lịch sử chung Nhật - Hàn” nhằm phòng ngừa những bất đồng có thể còn xảy ra từ việc biên soạn sách giáo khoa Nhật Bản.
Thứ ba là sự phản đối của một số nước châu Á trong đó có Hàn Quốc về việc các đời thủ tướng Nhật Bản trước đây đã đến viếng đền Yasukuni để tưởng nhớ các tội phạm chiến tranh.
Một sự kiện đặc biệt lôi cuốn sự chú ý của dư luận Nhật Bản và cộng đồng quốc tế là chuyến viếng thăm ngôi đền này của cựu Thủ tướng Miki Takeo vào ngày 15 tháng 8 năm 1975 nhân dịp kỷ niệm kết thúc Chiến tranh Thái Bình Dương. Trước đây đã có nhiều thủ tướng thăm ngôi đền này khi còn đương nhiệm nhưng đều với tư cách cá nhân. Thủ tướng Miki tuyên bố chuyến thăm của ông cũng với tư cách cá nhân. Mặc dù vậy chuyến thăm này vẫn có một ý nghĩa đặc biệt quan trọng vì nó đã khơi dậy một cuộc tranh luận xung quanh vấn đề nan giải là đó có phải là một hành vi tôn giáo mà Hiến pháp đã cấm hay không và nên đánh giá cuộc chiến đó như thế nào? Điều không thể chối cãi được là cuộc tranh luận xung quanh chuyến đi đó của Thủ tướng Miki đã dọn đường cho các cuộc thăm chính thức về sau. Tiếp bước Thủ tướng Miki, vị thủ tướng tiếp theo là Nakasone Yasushiro đã đánh dấu việc chấm dứt giai đoạn sau chiến tranh bằng cuộc viếng thăm chính thức đền Yasukuni vào ngày 15 tháng 8 năm 1985. Ông đã mạnh dạn ký vào sổ lưu niệm của đền với dòng chữ “Thủ tướng nội các” và ủng hộ đền 30.000 yên từ quỹ công. Việc làm này của thủ tướng đã thể hiện một hành động khác thường với một tổ chức tôn giáo, làm cho đền Yasukuni có vẻ như là một tổ chức của Nhà nước và mở ra một tiền lệ cho phép một quan chức chính phủ với tư cách chính thức có thể sử dụng công quỹ để ủng hộ một tổ chức tôn giáo. Cuộc viếng thăm này cũng đã dấy lên sự phản đối và những cuộc tranh luận sôi nổi trong nước. Ngoài những vấn đề được đặt ra như lần trước, dư luận còn đặt vấn đề đâu là ranh giới giữa con người quan chức và con người cá nhân. Liệu việc ủng hộ tiền cho ngôi đền có phải là một hành vi tôn giáo hay chỉ là một nghi lễ có tính chất tập quán thông thường. Điều đáng nói là cuộc viếng thăm đền lần này vấp phải sự phản ứng dữ dội từ các nước châu Á. Điều càng trầm trọng thêm là tháng 10 năm 1978 hài cốt của 14 tên tội phạm chiến tranh đã được bí mật đưa về thờ tại ngôi đền này và một năm sau thì sự kiện này bị bại lộ bởi báo chí. Dư luận quốc tế và người dân Hàn Quốc rất phẫn nộ, cho rằng việc Thủ tướng Nhật Bản đến viếng thăm
đền Yasukuni như vậy là đồng nghĩa với việc tạo điều kiện phục hồi chủ nghĩa quân phiệt Nhật Bản. Chính vì vậy mà các chuyến viếng thăm đền của các thủ tướng sau đó bị đình chỉ [6, tr.62].
Tuy nhiên, trước sức ép của thế lực cánh hữu trong chính phủ và trong các tổ chức xã hội Nhật Bản, trong hai nhiệm kỳ trên cương vị Thủ tướng (4/2001 - 11/2006), ông Koizumi đã có 6 lần đến thăm ngôi đền Yasukuni. Chuyến thăm đầu tiên diễn ra vào ngày 13/8/2001, hai ngày trước khi kỷ niệm ngày Nhật Bản thua trận trong Chiến tranh thế giới lần hai (15/8/1945). Các chuyến thăm tiếp đó là vào các ngày 21/4/2002; 14/1/2003; 1/1/2004; 17/10/2005; và chuyến thăm lần thứ 6 của ông diễn ra vào ngày 15/8/2006 - chuyến thăm này diễn ra đúng vào lễ kỷ niệm chính thức của đền và cũng là ngày mà Hàn Quốc tổ chức kỷ niệm 61 năm ngày bán đảo Triều Tiên được giải phóng khỏi sự chiếm đóng của Nhật Bản (15/8/1945), đồng thời là ngày Quốc khánh của Hàn Quốc. Cứ mỗi chuyến thăm của ông Koizumi đến ngôi đền này lại gây ra một trận bão lửa từ phía Hàn Quốc. Họ thường hủy bỏ tất cả các chuyến thăm chính thức đã được sắp xếp trước với Nhật và xuống đường biểu tình phản đối rộng rãi. Người dân Hàn Quốc cho rằng việc quan chức Nhật Bản thăm đền Yasukuni là nhằm tô hồng lịch sử, khơi lại thời kỳ đen tối của bán đảo Triều Tiên dưới sự thống trị của phát xít Nhật, đồng thời khuyến khích sự hồi sinh của chủ nghĩa quân phiệt Nhật. Hàn Quốc đã cho mời Đại sứ Nhật Bản đến và phản đối kịch liệt hành động lặp đi lặp lại mang tính khiêu khích, xúc phạm đến dân tộc Hàn Quốc của ông Koizumi. Bộ Ngoại giao Hàn Quốc đã phải đưa ra tuyên bố rằng: Chúng tôi thực sự lấy làm tiếc về những chuyến thăm đó, nếu các nhà lãnh đạo Nhật Bản thành thực muốn duy trì mối quan hệ hữu hảo và hợp tác với các nước láng giềng thì phải tôn trọng tình cảm dân tộc của các quốc gia đó trong sự hiểu biết đúng đắn về quá khứ lịch sử [31].
Thực tế cho thấy, chính vì có sự kiện này đã làm cho quan hệ Nhật - Hàn trở nên nặng nề, ảnh hưởng xấu đến sự hợp tác hữu nghị mà cả hai bên đã phấn
đấu đạt được. Không những thế, ngay chính trong nhân dân Nhật Bản cũng đã dấy lên những ý kiến bất bình, khiến cho uy tín của ông Koizumi lúc đó đã bị giảm sút nhiều trong dân chúng.
Chưa xóa được vết nứt ngăn cách bởi quá khứ lịch sử, quan hệ Nhật Bản - Hàn Quốc còn bị căng thẳng bởi những mâu thuẫn liên quan đến vấn đề tranh chấp chủ quyền nhóm đảo nằm giữa lòng biển Nhật Bản, được người Hàn đặt tên là Tokdo (Đảo Vắng) trong khi người Nhật gọi là Takeshima (Đảo Tre). Sự tranh chấp này là một điểm tối không chỉ trong quan hệ song phương giữa hai nước, mà còn có nguy cơ gây mất ổn định an ninh trong khu vực. Nguyên nhân chính của vấn đề này là sự bất đồng quan điểm giữa hai nước.
Nhật Bản thì cho rằng nhóm đảo Takeshima thuộc chủ quyền của họ dựa trên những bằng chứng lịch sử và luật quốc tế. Cụ thể Nhật Bản đã chỉ ra rằng hồ sơ lưu trữ của những năm 1650 đã ghi lại việc Takeshima lúc đó đã được tặng cho hai dòng họ nổi tiếng Ohya và Murakawa ở Houki-han từ thời Mạc phủ Tokugawa. Thêm vào đó, Nhật Bản đưa ra một bằng chứng nữa là bản đồ xuất bản năm 1779 đã ghi lại vị trí chi tiết và chính xác của các đảo của Nhật Bản bao gồm cả Takeshima. Tuy nhiên, bằng chứng rõ ràng nhất phải kể đến là việc chính phủ Nhật Bản đã chính thức sáp nhập Takeshima vào lãnh thổ của mình với tư cách là một phần của quận Shimane vào ngày 28 tháng 1 năm 1905 khi Nhật Bản xâm chiếm nước Cao Ly. Ngoài ra, Nhật Bản cũng đưa thêm những luận cứ cho thấy việc xác định Takeshima thuộc chủ quyền của mình là hoàn toàn đúng theo quy định của Công ước Luật biển của Liên Hợp quốc. Chính từ những luận cứ này, Nhật Bản đã khẳng định một cách chắc chắn rằng Takeshima thuộc chủ quyền của Nhật Bản và là một bộ phận không thể tách rời của lãnh thổ Nhật Bản [10, tr.5].
Còn Hàn Quốc cũng đưa ra những lập luận minh chứng cho Tokdo thuộc chủ quyền của họ còn sớm hơn Nhật Bản. Đó là chính phủ Hàn Quốc chỉ ra một tài liệu chứng minh nhóm đảo này đã được sáp nhập vào vương quốc Silla của
Triều Tiên từ năm 512 sau công nguyên [38] và nhiều bản đồ được vẽ trong những thế kỷ sau đó cho thấy Tokdo thuộc lãnh thổ Hàn Quốc. Và họ cũng cho rằng việc Nhật Bản sáp nhập Tokdo năm 1905 như là một sự chiếm đóng và Hàn Quốc không có khả năng chống lại điều này vì Nhật Bản lúc đó đã kiểm soát các vấn đề đối ngoại của Hàn Quốc thông qua Hiệp ước bảo hộ được ký kết trong năm đó. Ngoài ra, Hàn Quốc còn viện dẫn thêm cả tuyên bố đưa ra sau Hội nghị Cairo (27/11/1943) quy định Nhật Bản phải bị trục xuất khỏi các lãnh thổ mà Nhật Bản chiếm bằng vũ lực trong đó bao gồm cả Tokdo. Với những lập luận đó, Hàn Quốc khẳng định Tokdo là một bộ phận không thể tách rời của lãnh thổ Hàn Quốc, vì thế nó không phải là đối tượng để tranh chấp với Nhật Bản.
Lập trường của cả hai nước Nhật Bản và Hàn Quốc về vấn đề đảo Takeshima/Tokdo có thể nói là rất khác nhau, bên nào cũng có những luận cứ xác đáng để chứng minh nhóm đảo này thuộc chủ quyền của mình. Cho đến nay, vấn đề tranh chấp chủ quyền biển đảo giữa hai nước vẫn chưa đi đến hồi kết, nó chỉ tạm thời lắng xuống để đến khi có dịp lại bùng lên dữ dội, lần sau lại mạnh mẽ hơn lần trước. Vì vậy, vấn đề này gây ảnh hưởng rất lớn đến quan hệ giữa hai nước và tình hình an ninh của khu vực.
Cho đến thời điểm này, một câu hỏi được đặt ra là liệu cuộc tranh chấp này có khả năng leo thang để trở thành một vụ đụng độ bằng quân sự? Dư luận chung đều nhận định là tuy vấn đề tranh chấp biển đảo giữa hai nước rất căng thẳng nhưng nguy cơ xảy ra xung đột là rất thấp và hầu như không có. Cả hai bên đều vẫn khẳng định chủ quyền của mình đối với quần đảo này nhưng đồng thời cũng nhận thấy không thể để tranh chấp vượt quá phạm vi dẫn đến xung đột và suy cho cùng thì biện pháp quân sự không thể giúp giải quyết lâu dài tranh chấp này. Thực tế cho thấy, vấn đề này khó có thể gây ra một cuộc chiến tranh toàn diện, tức là hai nước Nhật - Hàn đều khó có thể tiến công vào lãnh thổ của nhau. Có lẽ, cả hai bên đều sợ sức ép của dư luận thế giới đồng thời đều
muốn tiếp tục tiến hành hợp tác kinh tế. Hơn nữa, nếu sa lầy vào một cuộc chiến, Hàn Quốc sẽ gặp phải một loạt những khó khăn trong chính trị nội bộ, còn Nhật Bản sẽ phải đối phó với những diễn biến phức tạp hơn trong tranh chấp lãnh thổ khác với Nga và Trung Quốc. Từ đó, có thể thấy giải pháp lý tưởng nhất là hai bên ngồi vào bàn thương lượng, gạt bỏ tranh chấp sang một bên, tìm ra một công thức hòa giải mà hai bên đều có thể chấp nhận được. Song đây là một vấn đề lịch sử lâu đời, không thể giải quyết trong một sớm một chiều. Trong thời gian này, hai bên ít nhất hãy cùng nhau giải tỏa các căng thẳng và cùng kiềm chế bất kỳ một hành động cục bộ nào từ hai phía khiến cho mâu thuẫn sâu sắc thêm.
Phía Hàn Quốc cũng đã có những tín hiệu chứng tỏ họ sẵn sàng hợp tác với Nhật Bản qua tuyên bố của Tổng thống Lee Myung-bak sau khi đắc cử rằng “phải khôi phục và tăng cường quan hệ Hàn - Nhật và trong cuộc gặp giữa hai nhà ngoại trưởng Hàn Quốc - Nhật Bản tháng 4 năm 2008, hai ông đều nhất trí cho rằng không khí hợp tác hữu nghị Nhật - Hàn ngày càng nồng ấm. Ngoại trưởng Nhật Bản Komura bày tỏ hy vọng hai nước hợp tác chặt chẽ, mở ra
“Quan hệ Nhật - Hàn thời đại mới”. Với chiều hướng như vậy, có thể hy vọng
tương lai giải quyết tranh chấp sẽ sáng sủa hơn như đông đảo dư luận mong muốn.
Dù sao Takeshima/Tokdo cũng chỉ là một vấn đề tranh chấp lãnh thổ nhỏ. Tuy còn có những điểm bất đồng và những khó khăn để đi đến một thỏa hiệp nhưng chắc chắn cả Nhật Bản và Hàn Quốc đều muốn giải quyết với cách nhìn linh hoạt. Cả hai đều không muốn mọi chuyện xấu đi hoặc đẩy vấn đề đến chỗ đối đầu quân sự, tác động tiêu cực đến quan hệ kinh tế và chính trị giữa hai nước - một mối quan hệ đang cần được củng cố với việc kỷ niệm 47 năm ngày thiết lập quan hệ ngoại giao giữa hai quốc gia 1965 - 2012.