Suốt thời gian dài, cơ chế tài chính trong hoạt động khoa học công nghệ luôn là vấn đề khó khăn cần tháo gỡ của các nhà quản lý KH&CN. Cũng giống như trong các lĩnh vực khác, hoạt động NCKH trong LVQP cũng gặp phải không ít những khó khăn, vướng mắc trong quá trình tổ chức, triển khai hoạt động, thể hiện mở một số vấn đề sau:
- Vấn đề phân bổ ngân sách, thiết chế chính sách hiện còn chưa đồng đều giữa những đề tài có sản phẩm được đưa vào sử dụng và các đề tài chưa có cơ hội sử dụng.
- Khó khăn trong việc nhân rộng kết quả nghiên cứu. Các sản phẩm tạo ra từ đề tài, dự án thường phải đưa đi thử nghiệm, sử dụng được mới nghiệm thu. Những sản phẩm nghiên cứu đặc thù của quân đội thường là đơn chiếc, chỉ được đưa vào trang bị một lần nên thủ tục xét duyệt kinh phí cho thử nghiệm, nghiệm thu và nhân rộng còn phức tạp, chồng chéo. Việc nhân rộng cho các đơn vị khác gặp nhiều khó khăn. Chính vì thế, hiện còn nhiều đề tài chờ kinh phí đảm bảo để nhân rộng. Thêm nữa, do là sản phẩm đặc thù nên rất nhiều vật tư, linh kiện, phôi vật liệu phải nhập khẩu, khó thanh toán theo quy định tài chính. Vì vậy, cơ quan quản lý cần nghiên cứu tháo gỡ khó khăn này.
- Khó khăn về thủ tục tạm ứng, thanh quyết toán đặc biệt là với những nghiên cứu ứng dụng cần nhiều kinh phí cho hoạt động triển khai, thử nghiệm là rào cản lớn với nhiều nhà khoa học. Khi triển khai thực hiện nghị định của Chính phủ, thông tư của các bộ, ngành liên quan còn nhiều bất cập. Mặc dù việc cấp kinh phí NCKH đã được thực hiện theo thông tư, hướng dẫn của cấp trên về quản lý tài chính các đề tài khoa học theo hướng khoán chi. Song muốn chi cho cán bộ nghiên cứu phải tiến hành bằng cách tính công theo bảng chấm công hằng ngày; nếu cán bộ làm ngoài giờ hành chính sẽ không được tính
công… Với cách tính công kể trên sẽ không khuyến khích được đội ngũ cán bộ khoa học trong Quân đội phát huy khả năng sáng tạo, tâm huyết với công việc.
- Vướng mắc trong triển khai cơ chế tự chủ về tài chính cho các đơn vị NCKH chuyên trách (các nhà máy, viện nghiên cứu CNQP…): Thời gian gần đây, các nhà máy CNQP đã chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp hoạt động trong cơ chế thị trường, nhưng các viện nghiên cứu CNQP vẫn đang thực hiện cơ chế dự toán. BQP thí điểm chuyển một số viện sang mô hình doanh nghiệp KH&CN được thực hiện đầu tiên trong Tổng cục CNQP, nhưng do còn thiếu các khuôn khổ pháp lý cần thiết cho nên tiến độ còn chậm. Công tác quản lý tài chính của các đề án, dự án, đề tài KH&CN, quy định về chế độ chi tiêu tài chính, hóa đơn, chứng từ và tiến độ cấp kinh phí còn chưa đồng bộ, linh hoạt, liên thông, làm ảnh hưởng tới hiệu quả và tiến độ của nhiều đề tài KH&CN.
- Chưa có cơ chế cho việc xã hội hóa vốn cho NCKH trong LVQP:
Luật Khoa học và Công nghệ đã được ban hành, song việc cụ thể hóa Luật để ban hành cơ chế quản lý quyền sở hữu, quyền tác giả, sử dụng kết quả nghiên cứu trong Quân đội còn những bất cập. Mặc dù có nguồn tài chính từ ngân sách QP song ngân sách không chỉ dành riêng chi cho hoạt động KH&CN mà còn rất nhiều hoạt động khác như nuôi quân, huấn luyện, làm kinh tế… bởi vậy rất khó để phân bổ nguồn tài chính đủ đáp ứng cho hoạt động NCKH trong thực tiễn. Trong khi đó do đặc thù bảo mật của QP hoạt động liên kết huy động nguồn lực từ xã hội có rât nhiều hạn chế. Đặc biệt là các hoạt động nghiên cứu cơ bản gần như phụ thuộc hoàn toàn vào nguồn ngân sách trong khi đó nhiều kết quả nghiên cứu ứng dụng lại không thể đưa vào thương mại hóa tạo nguồn thu do vướng mắc về đặc thù bảo mật, về khung pháp lý. Cũng rất khó để kêu gọi các Quỹ đầu tư hoặc liên kết với các tổ chức dân sự để huy động nguồn lực tài chính cho NCKH.
- Chưa có quỹ rủi ro cho hoạt động NCKH: Đặc thù của NCKH là tính mới và đương nhiên nghiên cứu sáng tạo phát minh cái mới thì phải có rủi ro. Một số nghiên cứu trong LVQP điển hình như nghiên cứu, cải tiến vũ khí, khí
tài trang bị, nghiên cứu cách đánh của vũ khí trang bị mới… rất dễ gặp rủi ro trong thử nghiệm. Linh kiện, vật tư thay thế đặc chủng, khó khăn khi tìm kiếm trong thị trường… Chỉ cần sai sót hoặc không tuân thủ đúng quy trình là có thể cháy hàng loạt. Đó cũng chính là lý do có nhiều đơn vị tham gia làm lĩnh vực này nhưng sau đó không mặn mà và phải bỏ cuộc vì không có nguồn lực để đầu tư. Ngoài ra, một số đề tài nghiên cứu, thử nghiệm về cách đánh cũng rất cần thử nghiệm vũ khí, khí tài (tên lửa, pháo phòng không …), nhưng do kinh phí hạn hẹp nên không có nhiều điều kiện để thử nghiệm bằng khí tài thực tế, nên nhiều khi hiệu quả đạt được chưa cao hoặc không ứng dụng được trong thực tiễn vì sai số giữa mô phỏng và thực tế là rất lớn và khó kiểm chứng. Để có thể cải tiến vũ khí, khí tài trong lĩnh vực PKKQ nói riêng và trong LVQP nói chung cần có những phòng thí nghiệm chuyên biệt, các phương tiện, thiết bị đặc thù, nhà khoa học cần tiếp cận với những hệ thống vũ khí tiên tiến hiện đại, nhưng do điều kiện tài chính hạn chế dẫn đến khó có thể thực hiện được.