Các cơ quan HCSN là một loại hình đơn vị được Nhà nước thành lập để thực hiện các chức năng quản lý nhà nước hay thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn nhất định nhằm hoàn thành các mục tiêu kinh tế - xã hội do Nhà nước giao.
Các cơ quan HCSN thường được thiết lập theo hệ thống dọc từ Trung ương đến địa phương trong cùng một ngành. Chúng hình thành nên các cấp dự toán khác nhau, tuỳ theo trách nhiệm trong việc quản lý tài chính. Mọi khoản chi tiêu của các cơ quan HCSN được bố trí trong kế hoạch và được duyệt trong dự tốn chi tiêu NSNN hàng năm, vì thế nó cịn được gọi là đơn vị dự tốn. Luật NSNN quy định các cơ quan HCSN trong cùng một ngành được phân thành ba cấp đó là: đơn vị dự tốn cấp I, đơn vị dự toán cấp II, đơn vị dự toán cấp III.
Các cơ quan HCSN có số lượng lớn và có vai trị rất quan trọng trong nền kinh tế - xã hội. Một bộ phận của các cơ quan HCSN là các cơ quan hành chính, bao gồm các cơ quan trong lĩnh vực lập pháp, hành pháp và tư pháp, với tư cách cơ quan thuộc bộ máy quản lý Nhà nước, mang tính cơng quyền, là lực lượng chính giúp Nhà nước thực hiện các chức năng quản lý Nhà nước từ Trung ương đến địa phương. Bên cạnh đó, các cơ quan HCSN còn bao gồm các đơn vị thuộc các lĩnh vực hoạt động như giáo dục, đào tạo, thông tin, nghiên cứu khoa học...Đây là những đơn vị, ngoài việc thực hiện nhiệm vụ chính trị, nhiệm vụ chun mơn được giao, cịn là nơi sáng tạo ra các sản phẩm đặc biệt ở dạng vật chất hoặc phi vật chất cung cấp cho xã hội. Có thể nói các cơ quan HCSN là một phần sức mạnh của Nhà nước và thể hiện sức mạnh của Nhà nước.
Ngày nay, khi các Nhà nước hiện đại có xu hướng chuyển sang Nhà nước dịch vụ thì các cơ quan HCSN của Nhà nước chính là mắt khâu tiếp nối giữa kinh tế thị trường cạnh tranh và quản lý hành chính của Nhà nước, giúp Nhà nước vừa cung cấp nhiều dịch vụ mà xã hội cần, vừa nâng cao hiệu quả phục vụ, giảm chi phí từ NSNN. Bởi vì, thơng qua các cơ quan HCSN được tổ chức hạch tốn giống mơ hình doanh nghiệp, Nhà nước có thể buộc các cơng chức nâng cao hiệu quả cơng tác của mình theo hướng cung cấp dịch vụ
gì mà xã hội cần, theo chi phí cạnh tranh mà xã hội chịu được và coi người được phục vụ là khách hàng chứ không phải đối tượng bị quản lý.
Các cơ quan HCSN của Nhà nước còn là nơi Nhà nước thể hiện nghĩa vụ cung cấp phúc lợi ngày càng cao và theo hướng công bằng hơn cho xã hội. Mỗi hệ thống các cơ quan HCSN của Nhà nước cung cấp một loại dịch vụ nằm trong tổng phúc lợi xã hội mà Nhà nước có nghĩa vụ phải cung cấp ngày càng nhiều hơn, chất lượng ngày càng cao hơn. Hệ thống các cơ quan HCSN ngày càng phát triển càng chứng tỏ Nhà nước có khả năng cung cấp nhiều loại hình dịch vụ phúc lợi chung cho xã hội. Tuy nhiên, dù Nhà nước có vững mạnh đến đâu thì NSNN cũng có hạn, do đó cung cấp nhiều dịch vụ hơn đồng nghĩa với sử dụng NSNN hiệu quả hơn. Nói cách khác, cung cách hoạt động của hệ thống các cơ quan HCSN của Nhà nước ảnh hưởng rất lớn đến hiệu lực, hiệu quả, uy tín của Nhà nước. Chính vì thế cải cách hoạt động của các cơ quan HCSN của Nhà nước ln đồng hành cùng cải cách hành chính Nhà nước.