Mặc dù đạt đƣợc một số kết quả đã nêu trong mục tiêu nghiên cứu, luận văn vẫn còn nhiều hạn chế nhất định. Do hạn chế về mặt thời gian, không gian, và trong khuôn khổ của một luận văn cao học, nghiên cứu này chƣa thể tìm hiểu đầy đủ tác động của các nhân tố vĩ mô khác nhƣ chỉ số sản xuất công nghiệp, tổng sản phẩm quốc nội, vốn đầu tƣ trực tiếp, giá vàng, giá dầu... nhƣ các nghiên cứu khác trên thế giới.
Việc lựa chọn khoảng thời gian nghiên cứu và lựa chọn các nhân tố tác động khác nhau thì chiều hƣớng tác động và mức độ tác động đến TSSL cổ phiếu ngân hàng của các nhân tố cũng sẽ khác nhau. Tuy nhiên, bài nghiên cứu chỉ sử dụng chỉ số VN-Index làm nhân tố tác động trong mô hình. Trong điều kiện TTCK hiện nay có rất nhiều chỉ số mới trong bộ HOSE-Index nhƣ VN30 (chỉ số giá của 30 công ty niêm yết trên HOSE có giá trị vốn hoá và thanh khoản hàng lớn nhất), VNMidcap (chỉ số giá của các 70 công ty niêm yết trên HOSE có giá trị vốn hóa trung bình sau VN30), VN100 (chỉ số giá bao gồm cổ phiếu thành phần của VN30 và VNMidcap), VNSmallcap (chỉ số giá của các công ty niêm yết trên HOSE có giá trị vốn hóa nhỏ), VNAllshare (chỉ số giá bao gồm cổ phiếu thành phần của VN100 và VNSmallcap) thì sự khác biệt khi lựa chọn các nhân tố là rất lớn.
Trong xu hƣớng toàn cầu hóa kinh tế, tại Việt Nam, thị trƣờng tài chính nói chung và TTCK nói riêng không chỉ chịu sự tác động của các nhân tố vĩ mô trong nƣớc mà còn bị ảnh hƣởng bởi các yếu tố chính trị, sự thay đổi chính sách kinh tế của các nƣớc có nền kinh tế phát triển cũng nhƣ sự biến động của chỉ số chứng
khoán tại các TTCK lớn trên thế giới. Có thể kể đến chỉ số của các TTCK có sức ảnh hƣởng lớn trên thị trƣờng tài chính nhƣ: Chỉ số NASDAQ Composite, chỉ số trung bình công nghiệp Dow Jones, chỉ số S&P 500... tại TTCK Mỹ hay chỉ số Nikkei 225 của Tokyo, chỉ số Hang Seng Index của Hồng Kông, chỉ số Shanghai Composite và Shenzhen Composite của Trung Quốc, chỉ số KOSPI của Hàn Quốc... tại TTCK Châu Á. Do hạn chế về phạm vi nghiên cứu, luận văn chƣa thể đƣa các biến này vào mô hình.
Các nhân tố ảnh hƣởng đến TSSL cổ phiếu ngân hàng không chỉ có tác động từ bên ngoài mà còn có sự ảnh hƣởng từ bên trong nhƣ quy mô ngân hàng, khả năng sinh lời, tỷ lệ nợ xấu, năng lực điều hành của ban quản lý... Các biến này cũng chƣa đƣợc đƣa vào mô hình nghiên cứu.
Dữ liệu bảng trong mô hình là dữ liệu không cân bằng vì các cổ phiếu ngân hàng có thời gian niêm yết là khác nhau vì thế các ƣớc lƣợng có thể dẫn đến giảm độ tin cậy trong các tính toán. Ngoài ra, một hạn chế khác của nghiên cứu chính là chỉ sử dụng các mô hình thông thƣờng cho dữ liệu bảng và chƣa nghiên cứu về vấn đề nội sinh giữa các biến trong mô hình.