Khi hai công ty tiến hành M&A, thách thức lớn nhất mà doanh nghiệp gặp phải là sự hòa hợp. Cơ cấu nhân sự, con người, văn hóa nội bộ, hệ thống thông tin, quản lý tài chính kế toán… thường là những khía cạnh khó hòa hợp nhất để tiến hành một thương vụ M&A.
-Vấn đề về con người: Khi một thương vụ M&A được thực hiện, cơ cấu nhân sự sẽ bị ảnh hưởng trực tiếp, số lượng nhân viên có thể tăng lên hoặc giảm đi. Khi đó doanh nghiệp mới sẽ đối mặt với vấn đề cắt giảm nhân sự hay không, sẽ phải quyết định ai đảm nhiệm vị trí này, ai sẽ bị điều chuyển, sa thải.
-Vấn đề về địa điểm: Sau khi tiến hành hoạt động M&A, công ty mới sẽ có nhiều thay đổi trong cơ cấu tổ chức bộ máy nhân sự, số lượng nhân viên. Vì vậy, không gian làm việc được xác định lại để phù hợp với giá tiền. Song, cũng cần cân nhắc về yếu tố sinh hoạt của nhân viên. Họ đã làm ở đây bao lâu, đi lại như thế nào, trang thiết bị cần sử dụng ra sao để đáp ứng các nhân viên cũ và mới.
-Vấn đề về văn hóa công ty: Khác biệt về văn hóa là một thách thức rất lớn khi tiến hành M&A. Trong quá thẩm định đầu tư và hình thành các điều khoản hợp đồng M&A, nếu các vấn đề về yếu tố văn hóa không được xem xét kỹ, phát hiện thì sau đó kết quả thu lại của hoạt động M&A thường không cao vì năng suất bị giảm, dẫn đến doanh thu thấp, doanh nghiệp thu được ít lợi ích hơn kỳ vọng ban đầu. Nền tảng chung là phần khó nhất khi xác định các yếu tố về văn hóa doanh nghiệp. Sau khi xác định, cần được sự đồng thuận, truyền đạt từ cao xuống thấp, tới tất cả các cấp.
-Vấn đề về pháp lý: Có rất nhiều vấn đề liên quan đến pháp lý khi tiến hành hoạt động M&A. Khi một giao dịch M&A mua lại tài sản được hoàn tất, sẽ có một số vấn đề phát sinh như xác định lại tất cả tài sản được mua lại đang không chịu sự kiểm soát, cầm cố với bên thứ 3 nào, các khoản khai về thuế, báo cáo tài chính, tiền lương tiền công cần lưu trữ và chuyển giao, thông tin đến nhân viên, khách hàng, nhà cung cấp, phân phối về thương vụ M&A, điều chỉnh lại thông tin doanh nghiệp, tài khoản ngân hàng, bảo hiểm và nhiều loại giấy tờ khác… Khi một giao dịch M&A mua lại cổ phiếu được hoàn tất, thì việc sửa đổi các điều khoản, điều lệ tổ chức, điều khoản sáp nhập là khó khăn lớn nhất, sau đó là việc hoàn tất chứng chỉ chuyển nhượng cổ phiếu, sửa đổi biên bản, nghị quyết công ty…