Tiếng ồn, rung động, bụi do các hoạt động khai thác trong các hầm lò, vận chuyển và chế biến quặng trên mặt bằng công nghiệp, vận chuyển và thải đổ đất đá thải,... sẽ tác động trực tiếp và lâu dài các hệ sinh thái tại các khu vực xung quanh.
Nước thải từ hầm lò thường có độ pH thấp và chứa hàm lượng cao các chất rắn lơ lửng và có thể chứa một số thành phần độc hại (các kim loại nặng). Do vậy, nước thải từ hầm lò sẽảnh hưởng tiêu cực tới các hệ sinh thái thủy sinh do giảm pH của nguồn tiếp nhận, gia tăng độ đục, chất rắn lơ lửng, giảm ôxy hòa tan của nguồn tiếp nhận (sông, suối,...) dẫn tới ảnh hưởng đến phát triển tôm, cá. Ô nhiễm nước do kim loại nặng cũng gây ra tác động tiêu cực đời sống tôm, cá….
Việc khai thác mỏ sẽ tạo ra các hầm lò sâu trong lòng đất, do đó sẽ làm ảnh hưởng đến mực nước ngầm của khu vực. Điều này sẽ gián tiếp ảnh hưởng trực tiếp lên quá trình sinh trưởng và phát triển thảm thực vật (rừng, khu vực bán ngập nước,...).
Sự chia nhỏ khu rừng do các đường giao thông ra vào mỏ đã làm tăng đáng kể tác động biên. Phần môi trường ở xung quanh đường biên bị tác động nhiều so với phần bên sâu trong rừng. Một tác động khác khá quan trọng ở vùng biên là sự dao động nhiều hơn về ánh sáng, nhiệt độ, độẩm và gió.
Hoạt động khai thác mỏ nếu không có các biện pháp kiểm soát chất thải, xử lý chất thải và quy hoạch khu tập trung chất thải thì việc thải bỏ bừa bãi sẽ ảnh hưởng đến môi trường khu vực xung quanh vùng mỏ, ảnh hưởng đến hệ sinh thái khu vực.
Như vậy, trong giai đoạn khai thác mỏ, các biện pháp cần áp dụng để giảm thiểu các tác động tới các hệ sinh thái bao gồm:
- Áp dụng các biện pháp công nghệ để giảm thiểu tiếng ồn do các hoạt động vận chuyển và chế biến quặng, thải đổ đất đá thải
- Áp dụng các công nghệ khai thác tiên tiến để giảm thiểu rung động trong quá trình khai thác tại các hầm lò.
- Áp dụng các biện pháp kỹ thuật để giảm thiểu bụi phát sinh trong quá trình vận chuyển và chế biến quặng, vận chuyển thải đổđất đá thải
- Thu gom và thải đổ đúng nơi quy định (bãi thải) đất đá thải từ khu vực mỏ và có các biện pháp đầm nén, xây kè bao quanh khu mỏ
- Áp dụng các biện pháp kỹ thuật nhằm ngăn ngừa xói mòn đất, đặc biệt là tại các khu vực có độ dốc lớn, khu vực bãi thải đất đá
- Thu gom và xử lý toàn bộ nước thải từ hầm lò, nước thải sinh hoạt đảm bảo các quy định trước khi thải đổ vào nguồn tiếp nhận
- Thu gom và xử lý các loại chất thải rắn sinh hoạt, CTNH theo đúng quy định của Nhà nước và của địa phương nơi có dự án khai thác mỏ
- Không xây dựng cơ sở hạ tầng, khu nhà công nhân... trong vùng rừng ven mỏ.
- Không mở thêm đường vào công trường khai thác đi xuyên qua vùng rừng ở chung quanh mỏ.
- Nghiêm cấm công nhân săn bắn chim, thú, các loài động vật rừng và khai thác gỗ củi.
- Trồng các loại thực vật có khả năng chịu hạn trên mặt đất trong khu vực mỏ.