Quản lý chi phí dự án đầu tư xây dựng công trình thủy lợi bao gồm tập hợp các biện pháp nhằm đảm bảo thực hiện hoàn thành dự án đầu tư xây dựng công trình thủy lợi trong phạm vi ngân sách đã hoạch định từ trước [4]. Năng lực quản lý chi phí dự án đầu tư xây dựng công trình thủy lợi được đảm bảo trong các nguyên tắc như sau: Quản lý chi phí dự án đầu tư xây dựng công trình thủy lợi phải đảm bảo mục
tiêu, hiệu quả dự án đầu tư xây dựng công trình thủy lợi và các yếu tố khách quan của kinh tế thị trường.
Quản lý chi phí đầu tư công trình thủy lợi theo từng công trình phải phù hợp với các giai đoạn đầu tư xây dựng công trình thủy lợi, các bước thiết kế, loại nguồn vốn, các quy định của Nhà nước; Tổng mức đầu tư, dự toán phải được tính đúng, tính đủ và phù hợp độ đài thời gian xây dựng công trình. Tổng mức đầu tư là chi phí tối đa mà chủ đầu tư sử dụng để đầu tư xây dựng công trình.
Chủ đầu tư chịu trách nhiệm toán diện về quản lý chi phí dự án đầu tư công trình thủy lợi từ giai đoạn chuẩn bị dự án đến khi kết thúc xây dựng đưa công trình của dự án vào khai thác, sử dụng trong phạm vi tổng mức đầu tư của dự án được phê duyệt gồm cả trường hợp tổng mức đầu tư điều chỉnh. Chủ đầu tư được thuê tổ chức, cá nhân tư vấn quản lý chi phí đủ điều kiện năng lực theo quy định để lập, thẩm tra, kiểm soát và quản lý chi phí đầu tư xây dựng.
Việc thanh tra, kiểm tra, kiểm toán chi phí đầu tư xây dựng phải được thực hiện theo các căn cứ, nội dung, cách thức, thời điểm xác định Tổng mức đầu tư, dự toán xây dựng, dự toán gói thầu xây dựng, định mức xây dựng, giá xây dựng, chỉ số giá xây dựng của công trình đã được người quyết định đầu tư, chủ đầu tư thống nhất sử dụng phù hợp các giai đoạn của quá trình hình thành chi phí theo quy định về quản lý chi phí đầu tư xây dựng tại Nghị định 32/2015/NĐ-CP của Chính phủ.