Quản lý chi phí dự án là một trong những nội dung quan trọng nhất, được quan tâm nhất của quản lý dự án đầu tư xây dựng. Trong điều kiện thực tiễn hiện nay của nước ta về quản lý dự án đầu tư xây dưng, việc tăng cường công tác quản lý chi phí dự án trở lên hết sức cấp thiết và cần phải được đẩy mạnh thực hiện. Công tác này sẽ giúp kiểm soát và khống chế chi phí bảo đảm cho dự án đạt được hiệu quả tài chính, tiết kiệm được vốn đầu tư.
Nhằm hoàn thiện công tác quản lý chi phí, trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư, kế hoạch chi phí thực hiện phải được tiến hành một cách cụ thể và chi tiết cho từng hạng mục công việc. Vì nếu kế hoạch chi phí không được thực hiện một cách tỉ mỉ sẽ gây ra thất thoát, lãng phí, tổn thất nghiêm trọng. trong quá trình phân bổ chi phí, Công ty cần xem xét phân bổ sao cho khoa học, những hạng mục công trình nào đòi hỏi tính chất kỹ thuật phức tạp, có tính chất đặc thù trong thi công thì cho ưu tiên nguồn kinh phí lớn hơn những hạng mục đơn giản. Để nâng cao năng lực quản lý chi phí, Công ty cần:
Nâng cao chất lượng về công tác đấu thầu, lựa chọn nhà thầu. Đấu thầu là cách thích hợp để kiểm soát, tiết kiệm có hiệu quả chi phí của dự án. Chủ đầu tư cần thực hiện linh hoạt các hình thức lựa chọn nhà thầu phù hợp với tính chất công trình theo quy định của pháp luật. Việc quyết định hình thức lựa chọn nhà thầu phải hết sức linh hoạt; phải lấy mục tiêu hiệu quả, rút ngắn thời gian thực hiện dự án, đồng thời vẫn theo nguyên tắc lựa chọn được nhà thầu có đủ điều kiện, năng lực, kinh nghiệm, có giá hợp lý, phù hợp với mục tiêu quản lý;
Thực hiện tốt công tác thanh toán, quyết toán hợp đồng và vốn đầu tư xây dựng công trình;
Khi công trình hay giai đoạn dự án hoàn thành để chuẩn bị đưa vào vận hành, khai thác sử dụng, phải thực hiện khống chế theo khoản mục chi phí, như: Giá trị quyết toán phần xây dựng kiến trúc; Giá trị quyết toán phần mua sắm, lắp đặt thiết bị; Giá trị quyết toán các khoản mục khác. Để kiểm soát được thì phải thực hiện tốt các nội dung: Đối chiếu khối lượng hoàn thành nghiệm thu theo thiết kế;
Đối chiếu khối lượng phát sinh được thanh toán và không được thanh toán; Phân tích, so sánh để loại bỏ những khối lượng, chủng loại, mức chênh lệch, tìm nguyên nhân tăng giảm; Kiểm tra đối chiếu giá trị thanh toán theo hợp đồng; So sánh, phân tích giá thành xây dựng; Lập báo cáo giải trình.
Ngoài ra cũng nên lưu ý đến số lượng nhân viên có chuyên môn quản lý chi phí vì trong thành phần nhân sự của Công ty mới chỉ có 2 người có chứng chỉ Kỹ sư định giá xây dựng hạng 2 (gồm Phó giám đốc và 1 Kỹ sư kinh tế xây dựng). Do khối lượng công việc lớn, liên quan đến nhiều gói thầu, ban lãnh đạo cần chủ động sắp xếp, bổ sung nhân sự phụ trách quản lý chi phí một cách thích hợp. Đồng thời cũng có thể tổ chức lớp đào tạo nhằm nâng cao trình độ chuyên môn về định giá xây dựng cho nhân viên.