Độ mặn là nồng độ của tất cả các muối khoáng có trong nước. Độ mặn của nước rất quan trọng, ảnh hưởng rất nhiều đến sự tồn tại, phát triển và giúp duy trì các chức năng sinh lý của tôm. Thông qua quá trình điều hòa áp suất thẩm thấu, tôm phải duy trì hàm lượng muối khoáng hòa tan trong cơ thể chúng ở mức độ ổn định. Cũng như nhiệt độ, mỗi loài cá, tôm đều có khoảng độ mặn thích hợp để sinh trưởng và phát triển. Khoảng chịu đựng độ mặn của TTCT là 5 - 35‰. Khi độ mặn thay đổi trong vài phút hay vài giờ hơn 10 ppt một lần thì tôm sẽ không có khả năng chịu đựng được. Theo một vài nghiên cứu, độ mặn cũng ảnh hưởng đến hoạt tính kháng khuẩn và khả năng miễn dịch của tôm; tuy nhiên, hệ thống miễn dịch có thể hồi phục từ sự thay đổi về độ mặn trong vòng 6 ngày. Các enzyme xúc tác các hoạt động trong cơ thể cũng nhạy cảm bởi sự gia tăng nhất định của độ mặn. Nhất là enzyme phenoloxidase xúc tác cho sự melanosis (tạo đốm đen trên vỏ tôm), đây là cơ chế chống lại vi khuẩn của tôm trong hệ miễn dịch, tuy nhiên tại tạo nên sự khác biệt cho tôm làm mất giá trị kinh tế.
Độ mặn thích hợp nuôi TTCT 5 - 15‰, tôm sú là 15 - 20‰. Biến động trong ngày không quá 5 ppt. Trong nuôi thủy sản nước lợ, biến đổi độ mặn có ảnh hưởng lên sinh trưởng của TTCT giai đoạn giống. Tuy nhiên, cũng có nghiên cứu cho biết biến động độ mặn trong khoảng thích hợp sẽ kích thích tôm lột xác và nhanh lớn hơn. Nghiên cứu Su et al. (2010) cho rằng, một mức biến động là 2 ngày/lần TTCT nuôi ở độ mặn biến động ± 5‰ và ± 10‰ có tăng trưởng tốt hơn tôm nuôi ở độ mặn không biến động hoặc biến động ± 15‰. Do biến đổi khí hậu, các hiện tượng thời tiết cực đoan như mưa to kéo dài có thể làm giảm độ mặn đột ngột trong ao nuôi, gây khó khăn cho quá trình chăm sóc tôm; đặc biệt là trong giai đoạn thả giống, sự thay đổi độ mặn có thể ảnh hưởng lớn đến sinh trưởng và tỷ lệ sống của tôm.