Khi xảy ra nợ xấu thì NHNN sử dụng công cụ nghiệp vụ TTM không được phát huy hiệu quả mà còn gặp phải nhiều cản trở, giảm vai trò quan trọng trong điều tiết vốn khả dụng của các TCTD. Do đó NHNN phải sử dụng các công cụ trực tiếp khác của CSTT như công cụ lãi suất, dự trữ bắt buộc.
Điều này cho thấy rằng, để phát huy hiệu quả nghiệp vụ TTM khi tình hình kinh tế có nhiều khó khăn, hoạt động kinh doanh của các NHTM bị giảm lợi nhuận, thiếu vốn hay thừa vốn thì lúc này NHNN cần phải sử dụng tới công cụ TTM để giải quyết phần nào những vấn đề trên.
Khi trong hệ thống ngân hàng có nhiều TCTD dư thừa tiền nhưng không đẩy vốn ra được song vẫn phải trả lãi tiền gửi huy động từ nhân dân. Bên cạnh đó, một số NHTM nhỏ thiếu khả năng thanh khoản nếu không xử lý ngay sẽ gây bất ổn trong hệ thống.
Dựa vào tình hình thực tế như vậy, NHNN đã quyết định thực hiện công cụ TTM bằng cách phát hành tín phiếu với lãi suất hấp dẫn để hút lượng vốn khả dụng dư thừa từ NHTM lớn chuyển sang điều hòa trở lại cho NHTM nhỏ thiếu thanh khoản qua biện pháp tái cấp vốn. Động thái này thực sự phát huy hiệu quả của nghiệp vụ TTM đó là NHNN chuyển từ trạng thái bơm” sang “hút” ròng tiền qua OMO chủ động hỗ trợ thanh khoản tránh cú sốc cho các ngân hàng có thể xảy ra.
Việc phát hành tín phiếu NHNN không những trung hòa khối lượng tiền đồng trên thị trường mà còn giúp kiềm chế lạm phát một cách hiệu quả.
Ngược lại khi các TCTD gặp khó khăn thiếu thanh khoản trầm trọng bởi nhiều lý do trong đó có nợ xấu thì NHNN lại sử dụng công cụ TTM linh hoạt và đạt hiệu quả rất nhiều bằng đáp ứng kịp thời vốn, giúp các TCTD không bị mắc kẹt trong tình trạng thiếu tiền đồng. Thời gian này, các TCTD đã tham gia giao dịch trên TTM đông hơn với khối lượng GTCG tăng gấp nhiều lần và thị trường trở nên sôi động hơn.