Nguyên nhân quan trọng nhất là do mô hình tổ chức quản lý và quy trình nghiệp vụ thanh toán xuất nhập còn nhiều vấn đề bất cập. Chưa có chính sách nhất quán trong việc tăng cường quan hệ hai chiều với các đối tác. Bên cạnh đó, sự hỗ trợ giữa các bộ phận, các phòng ban chức năng còn lỏng lẻo, vẫn còn chồng chéo, chưa tạo nên một dịch vụ khép kín trong thanh toán, tín dụng, kinh doanh ngoại tệ đối với khách hàng. Do đó, thời gian thanh toán còn dài, chi phí nghiệp vụ cao. Ngoài ra, việc thanh toán toàn bộ đều tập trung qua hội sở chính (HSC) nên chưa phát huy được vai trò, tính chủ động và trách nhiệm của các chi nhánh, trong khi đó, HSC chưa thực hiện đúng và đầy đủ vai trò quản lý và điều hành tập trung, nên chưa nắm bắt kịp thời tình hình thực tế tại chi nhánh. Thiếu sự phối kết hợp giữa các Module tham gia dự án hiện đại hoá với các phòng ban nghiệp vụ tại HSC dẫn đến chương trình xây dựng nên nhiều chức năng thừa, nhiều chức năng thiếu.
Hiện nay, tất cả các giao dịch chuyển tiền đến đều phải qua HSC. Dẫn đến việc cả HSC và chi nhánh đều phải xử lý điện, phải qua nhiều bước trung gian mang tính chất hành chính. Từ đó, làm mất thời gian của khách hàng. Điều này cần được khắc phục nhằm rút ngắn thời gian báo có cho khách hàng, đồng thời làm giảm khối lượng công việc ở cả chi nhánh và HSC.
Trình độ cán bộ làm công tác TTQT từ HSC tới chi nhánh chưa đáp ứng kịp nhu cầu của thị trường, nhất là khả năng cạnh tranh với ngân hàng nước ngoài hoặc ngân hàng đã có nhiều kinh nghiệm. Thiếu cán bộ giỏi TTQT cả ở HSC và chi nhánh, đội ngũ cán bộ tín dụng chưa được quan tâm đào tạo nhiều về các nghiệp vụ ngân hàng quốc tế. Nhiều cán bộ làm TTQT ở các tỉnh chưa qua đào tạo lại hoặc đào tạo chưa chuyên sâu, chưa đạt tiêu chuẩn về chuyên môn, ngoại ngữ, luật pháp quốc tế, vi tính do vậy chưa đáp ứng được nhu cầu công việc, lúng túng khi xử lý nghiệp vụ, khả năng tư vấn cho khách hàng còn kém dẫn đến những sai sót làm ảnh hưởng đến cả ngân hàng và khách hàng.
Song song đó, công tác kiểm tra kiểm toán chưa được thực hiện nghiêm túc và thường xuyên nên chưa kịp thời phát hiện các sai sót để sửa chữa khắc phục hoặc rút kinh nghiệm. Các quy định, cơ chế quản lý, kiểm soát rủi ro trong hoạt động kinh doanh đối ngoại nhìn chung chưa đầy đủ nên khả năng phát hiện kịp thời sai phạm và ngăn chặn rủi ro chưa tốt. Trong đó, HSC chưa thu thập những vướng mắc phát sinh trong quá trình hoạt động thực tiễn giao dịch hàng ngày tại các chi nhánh để nghiên cứu rút ra hướng giải quyết hợp lý nhất.
Lý do xuất phát từ trình độ công nghệ thanh toán của NHCTVN chưa đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn. Công nghệ tuy đã được đầu tư, hệ thống dữ liệu đã được tập trung hoá nhưng vẫn còn nhiều hạn chế, chưa tiện ích, chưa đáp ứng được yêu cầu đòi hỏi của thực tiễn, hệ thống máy tính, đường truyền thông, máy chủ tại chi nhánh đã bắt đầu có sự xuống cấp, không đáp ứng kịp thời những yêu cầu của công việc, chưa xây dựng được phương án dự phòng khi đường truyền bị hỏng hay gặp sự cố. Những hệ thống phục vụ cho hoạt động của một ngân hàng hiện đại chưa được nghiên cứu và triển khai như Scan & Imaging, internet banking.
Hơn nữa cán bộ cũng chưa có ý thức để chủ động tìm kiếm và cập nhật thông tin, do vậy nguy cơ đối mặt với các rủi ro lừa đảo trong quá trình hoạt động ngày càng cao. Chương trình INCAS của NHCTVN có nhiều ưu điểm nhưng tính tự động hoá vẫn chưa cao. Hiện chỉ có một số ít điện được truyền tự động từ HSC về chi nhánh (khoảng
10%). Tất cả các điện còn lại đều được truyền thủ công về chi nhánh. Điều này đã kéo dài thời gian thanh toán cho khách hàng.
Một số văn bản hướng dẫn về nghiệp vụ chậm thay đổi, không phù hợp với thực tiễn cũng gây ra những khó khăn và hạn chế không nhỏ cho NHCTVN. Việc thông báo, hướng dẫn văn bản của các bộ ngành có liên quan từ NHCTVN đến các chi nhánh còn chồng chéo, mâu thuẫn, cũng như thông báo chia tách, sát nhập, giải thể, thay đổi địa chỉ, mã SWIFT của các ngân hàng nước ngoài còn chậm chưa kịp thời. Khả năng thu thập thông tin, đánh giá tình hình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp chưa được chú trọng. Bên cạnh đó, chất lượng sản phẩm tín dụng chưa cạnh tranh do hạn chế của cơ chế, quy chế và điều kiện, thủ tục tín dụng trong việc cho vay tài trợ XNK, phát hành toán L/C nhập khẩu, chiết khấu chứng từ cũng bị hạn chế bởi cơ chế tín dụng chặt chẽ của NHCTVN. Do vậy, việc mở rộng và tiếp thị khách hàng XNK cũng bị hạn chế.
Thêm vào đó, mối quan hệ hợp tác giữa ngân hàng đại lý với NHCTVN chưa cao. NHCTVN thường thanh toán các ngân hàng ở các nước đa phần chưa xây dựng quan hệ đại lý, mặc dù mạng lưới ngân hàng đại lý thời gian qua đã phát triển tương đối nhanh, nên các giao dịch thanh toán qua đó đều phải qua ngân hàng trung gian vừa phí cao, vừa mất nhiều thời gian. Và chưa có chính sách khách hàng hợp lý, hoạt động Maketing chưa được chú trọng đầu tư. Vì vậy, khách hàng đến giao dịch tại NHCTVN chưa thấy được những ưu điểm lớn, khác biệt so với các ngân hàng khác. Ngoài ra, hoạt động thanh toán hàng xuất khẩu tuy đã phát triển nhưng việc đầu tư cho hoạt động quảng cáo, tiếp thị vẫn chưa được chú trọng, nên nhiều khách hàng không biết tới.
Nguyên nhân cuối cùng xuất phát từ hoạt động kinh doanh ngoại tệ và hoạt động thanh toán hàng xuất khẩu chưa được quan tâm đúng mưc. Hiện nay, trên thực tế, nguồn ngoại tệ luôn ở trong trạng thái khan hiếm, dù NHCTVN thực hiện quản lý vốn tập trung toàn hệ thống tại HSC, các chi nhánh nếu vượt số dư trạng thái ngoại tệ phải bán lại cho Trung ương, khi có nhu cầu thanh toán, HSC sẽ bán lại cho chi nhánh nhưng phần lớn là các chi nhánh phải tự lo liệu lấy, dẫn đến mất đi một lượng khách
hàng tiềm năng. Trong khi đó, các sản phẩm dịch vụ của hoạt động thanh toán hàng