Thị phần thanh toán hàng xuất nhập khẩu nói chung và thị phần thanh toán hàng xuất khẩu nói riêng vẫn còn thấp. Hầu hết các doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu còn thiếu kiến thức về nghiệp vụ và kinh nghiệm chuyên môn chưa đáp ứng được đòi hỏi của nền kinh tế thị trường. Thực tế có doanh nghiệp chỉ có bộ phận kế toán nhưng
kiêm luôn cả giao dịch xuất nhập khẩu, hoặc có những doanh nghiệp đã thành lập những phòng, ban TTQT nhưng kiến thức về tập quán buôn bán quốc tế còn rất hạn chế. Do vậy quá trình đàm phán hợp đồng kinh tế ngoại thương dễ bị đối tác nước ngoài lợi dụng. Qua các số liệu và phân tích ở trên cho thấy doanh số thanh toán xuất nhập khẩu nói chung và thanh toán hàng xuất khẩu của NHCTVN đều tăng qua các năm, nhưng so với tổng kim ngạch XNK của cả nước thì doanh số thanh toán xuất nhập khẩu của NHCTVN mới chỉ chiếm khoảng 15% tổng doanh số thanh toán XNK toàn quốc và cũng chỉ chiếm khoảng 11,6% trong thị phần hoạt động thanh toán hàng xuất khẩu của các ngân hàng, kết quả này thật sự chưa tương xứng với vị thế và tiềm năng của NHCTVN. Trong khi đó, tổng nguồn vốn huy động của NHCTVN chiếm thị phần khoảng 16% trên thị trường huy động vốn của hệ thống ngân hàng Việt Nam. Từ đó, cho thấy hoạt động thanh toán hàng xuất khẩu của NHCTVN chưa phát triển đúng với tầm cỡ của một ngân hàng lớn tại Việt Nam, nhiều phần thị trường NHCTVN chưa nắm bắt được. Mặc dù khách hàng đến với NHCTVN ngày càng nhiều, nhưng thực tế chưa hoàn toàn tin tưởng vào hoạt động TTQT của NHCTVN, năng lực cạnh tranh kém, chưa sẵn sàng và đủ khả năng đáp ứng nhu cầu thanh toán ngày càng tăng, đa dạng và phong phú của thương mại quốc tế.
Sự chênh lệch lớn giữa thanh toán hàng nhập khẩu và thanh toán hàng xuất khẩu cũng là một hạn chế trong họat động thanh toán hàng xuất khẩu. Việc thu hút nguồn ngoại tệ để đáp ứng nhu cầu thanh toán hàng nhập khẩu đang gặp nhiều hạn chế dù NHCTVN đã có rất nhiều biện pháp cũng như chính sách khuyến khích phát triển thanh toán hàng xuất khẩu. Mỗi năm, thanh toán hàng nhập khẩu có doanh số chỉ bằng 70% so với thanh toán hàng nhập khẩu. Do mất cân đối trong thanh toán xuất khẩu và nhập khẩu nên nguồn vốn cho thanh toán hàng nhập khẩu không được đảm bảo, làm phát sinh một lượng lớn ngoại tệ mà ngân hàng phải đáp ứng khiến cho ngoại tệ vốn đã thiếu lại càng khan hiếm hơn. Hậu quả là việc thanh toán của khách hàng đôi khi bị chậm lại. Những tác động xấu này rất dễ làm khách hàng nản lòng và để khỏi lỡ việc họ có thể đi tìm ngân hàng khác có điều kiện thuận lợi hơn. Trong tương lai nếu tình trạng mất cân đối này còn xảy ra nhiều mà không có biện pháp khắc phục
thì không những ngân hàng gặp khó khăn trong việc thu hút các khách hàng mới mà sẽ mất đi một số khách hàng có quan hệ lâu dài.
Một hạn chế nữa là việc chưa có sự đa dạng hóa trong các sản phẩm và dịch vụ thanh toán hàng xuất khẩu. Các hình thức thanh toán chỉ giới hạn trong những sản phẩm truyền thống mà hầu hết các ngân hàng đều có như thanh toán L/C, nhờ thu, chuyển tiền. Các loại L/C đặc biệt đáp ứng được thực tế đa dạng như L/C giáp lưng, L/C tuần hoàn, L/C chuyển nhượng còn ít được mở thực hiện qua ngân hàng Công thương Việt Nam. Các sản phẩm hiện đại như bao thanh toán, thẻ tín dụng quốc tế đa năng, séc, hối phiếu ngân hàng dù đã được triển khai nhưng vẫn còn rất khiêm tốn về số lượng khách hàng cũng như chất lượng thực hiện. Chưa phát triển dịch vụ tư vấn thanh toán XNK, chưa kết nối mạng giao dịch sâu với khách hàng. Bên cạnh đó, giao dịch vẫn phụ thuộc nhiều vào thao tác của con người, thời gian từ khi bắt đầu đến khi giao dịch hoàn tất vẫn chậm có khi phải từ 1 đến 2 ngày, thậm trí còn lâu hơn nếu gặp trường hợp ách tắc đường truyền, lỗi hệ thống. Do khối lượng các giao dịch của toàn hệ thống NHCTVN ngày càng tăng lên trong khi đó hệ thống máy tính, đường truyền thông của các chi nhánh chưa được nâng cấp hoặc đã được nâng cấp nhưng chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế nên thường hay xảy ra tình trạng nghẽn mạch, làm giảm tốc độ thực hiện giao dịch thanh toán hàng xuất khẩu. Hơn nữa, hầu hết các giao dịch thanh toán hàng xuất khẩu mới chỉ tập trung tại trụ sở chính và một số chi nhánh lớn tại các thành phố lớn như SGDII, ...