Nguyên nhân đầu tiên đó là do chính sách thương mại chưa ổn định. Chính phủ và các bộ ngành có liên quan thường xuyên có những thay đổi về danh mục các mặt hàng được phép XNK, biểu thuế áp dụng đối với từng mặt hàng, điều kiện để doanh nghiệp được phép hoạt động XNK, song thời gian kể từ khi ra quyết định đến khi quyết định có hiệu lực thi hành thường là ngắn, không đủ thời gian cho các doanh nghiệp dự tính sắp xếp kế hoạch cho hoạt động sản xuất kinh doanh của mình, dẫn tới bị động cho doanh nghiệp. Song song đó, chưa có sự liên kết phối hợp giữa các ban ngành, các quy định còn chồng chéo gây phiền toái cho khách hàng, tốn kém thời gian và chi phí. Chưa xác định rõ trách nhiệm và quyền lợi của ngân hàng khi tham gia hoạt động XNK. Bên cạnh đó, Chính phủ chưa có chiến lược, giải pháp tổng thể hỗ trợ kịp thời đối với các doanh nghiệp xuất khẩu, chưa chú trọng đến nghiên cứu thị trường nước ngoài, chưa biết liên kết các mối quan hệ, các tổ chức của nước ta ở các nước để nắm bắt kịp thời nhu cầu, thông tin về mặt hàng, ngành hàng của phía nước ngoài.
Nguyên nhân thứ hai là do sự cạnh tranh ngày càng gay gắt giữa các ngân hàng. Các NHTM ngày càng chú trọng vào dịch vụ TTQT, cải tiến công nghệ, đưa ra các sản phẩm mới và thường xuyên tổ chức tiếp thị khuyến mại nhằm thu hút khách hàng có hoạt động TTQT đặc biệt là các khách hàng có hoạt động xuất khẩu. Hơn nữa, khi Việt Nam tham gia vào hiệp định TPP và trở thành thành viên của cộng
đồng kinh tế chung AEC thì sự cạnh tranh không chỉ diễn ra giữa các ngân hàng trong nước mà còn phải cạnh tranh với các ngân hàng nước ngoài – những ngân hàng có thế mạnh về vốn và uy tín trên trường thế giới.
Ngoài ra, sự thiếu hiểu biết các thông lệ quốc tế, thiếu kinh nghiệm trong đàm phán, ký kết hợp đồng… đã làm cho các doanh nghiệp thua thiệt khi làm ăn với đối tác nước ngoài. Và khi có tranh chấp xảy ra thì chưa có sự phối hợp chặt chẽ giữa các doanh nghiệp, ngân hàng và các bên liên quan để tìm ra cách giải quyết tốt nhất. Hơn nữa, trình độ ngoại ngữ của khách hàng và không hiểu hết nghiệp vụ TTQT nên rất khó khăn trong khi làm việc. Điều này thể hiện ngay từ khi ký hợp đồng ngoại thương cũng hết sức sơ sài, nhiều khi không có các điều khoản phạt hợp đồng hay điều khoản trọng tài gây ra thiệt thòi cho khách hàng nếu có phát sinh tranh chấp xảy ra.