Hiện nay, NHCTVN đã thực hiện phân nhóm khách hàng theo từng đối tượng, tuy nhiên lại chỉ chú trọng đến những khách hàng có mối quan về hoặc về mảng huy động vốn hoặc về mảng tín dụng, còn các khách hàng đặc thù của mảng thanh toán
hàng xuất khẩu thì thường không được chú ý. Bên cạnh đó, các khách hàng thuộc mảng thanh toán hàng xuất khẩu có một phần là người nước ngoài nên phong tục, tập quán có sự khác biệt so với Việt Nam. Chính vì vậy, các chương trình chăm sóc khách hàng hiện nay thường không phù hợp.
Bên cạnh dó, trình độ nghiệp vụ thanh toán hàng xuất khẩu cảu khách hàng vẫn chưa được nâng cao. Không ít doanh nghiệp xuất khẩu với kiến thức kinh doanh và kinh nghiệm chuyên môn chưa đáp ứng đuợc đòi hỏi của nền kinh tế thị trường. Theo quy định thì tất cả các đơn vị kinh doanh xuất khẩu đều phải có bộ phận chuyên môn về thanh toán quốc tế, nhưng thực tế thì có doanh nghiệp vẫn còn coi nhẹ vấn đề này, có doanh nghiệp chỉ có bộ phận kế toán nhưng kiêm luôn cả giao dịch xuất khẩu, hoặc có những doanh nghiệp đã thành lập những phòng, ban TTQT nhưng kiến thức về tập quán buôn bán quốc tế còn rất hạn chế. Do vậy quá trình đàm phán hợp đồng kinh tế ngoại thương cũng như trong quá trình tổ chức thực hiện, dễ bị đối tác nước ngoài lợi dụng.
Và do hệ thống cơ chế, chính sách của Nhà nước trong lĩnh vực thương mại còn nhiều bất cập nên đã tác động không ít đến hoạt động XNK nói chung của các doanh nghiệp, từ đó gián tiếp ảnh hưởng đến hoạt động TTQT của NHTM. Các văn bản quy định về công tác xuất nhập khẩu, thuế quan, hải quan của Việt Nam còn chưa ổn định, thường có sự thay đổi. Bên cạnh đó, Chính phủ chưa có nhiều chiến lược, giải pháp tổng thể hỗ trợ kịp thời đối với các doanh nghiệp xuất khẩu nới riêng. Thủ tục hành chính trong quản lý hoạt động xuất khẩu còn rườm rà, chưa có sự liên kết phối hợp giữa các ban ngành, các quy định còn chồng chéo gây phiền toái, tốn kém thời gian và chi phí.
Hiện nay, Việt Nam đang áp dụng chính sách tỷ giá thả nổi có sự điều tiết của Nhà nước, có nghĩa là chính sách tỷ giá vừa phải dựa trên cơ sở quan hệ cung cầu của ngoại tệ để kích thích xuất khẩu, đồng thời Nhà nước cần phải quản lý chặt chẽ các nguồn ngoại tệ, để đưa vào sử dụng cho các cân đối thực tế, tránh việc sử dụng ngoại tệ lãng phí hoặc không quản lý được các nguồn ngoại tệ. Trong thời gian qua chính sách tỷ giá ở nước ta đã có tác động tích cực trong việc ổn định kinh tế - xã
hội, thúc đẩy tăng trưởng, từng bước nâng dần cạnh tranh quốc tế của hàng Việt Nam. Tuy nhiên, thực tế cho thấy chính sách tỷ giá hối đoái vẫn còn bộc lộ những hạn chế như: tỷ giá vẫn thường xuyên thay đổi liên tục, lượng dự trữ ngoại tệ còn mỏng không đủ đáp ứng khi có sự biến động về tỷ giá…