Nguồn kinh phí từ ngân sách nhà nước để hỗ trợ cho Vườn chủ yếu tập trung vào xây dựng cơ sở hạ tầng nhưng chưa tập trung nhiều cho cơ sở hạ tầng để hỗ trợ cho công tác bảo vệ rừng. Các trạm Kiểm lâm vẫn chưa được kiên cố hóa, chỉ mới xây dựng được 5/10 trạm, các trạm còn lại đang còn là nhà tạm bợ. Do Vườn quốc gia vừa mời thành lập 10 năm, địa bàn rộng nên hệ thống và số lượng các trạm bảo vệ tương đối nhiều và chưa ổn định, một số trạm bố trí ở
nhưng khu vực chưa phù hợp nên chưa phát huy được hiệu quả và đòi hỏi một nguồn kinh phí rất lớn mới có thể đáp ứng được việc xây dựng cơ sở hạ tầng cho công tác này. Ngân sách cho các chương trình giám sát, điều tra và nghiên cứu chủ yếu được hỗ trợ từ các chương trình dự án bên ngoài, từ các tổ chức NGO và dự án ODA tuy nhiên để nhận được sự hỗ trợ kinh phí từ các dự án kèm theo một số điều kiện tiên quyết của Vườn Quốc gia về cam kết thực hiện một số vấn đề khác do đó nguồn kinh phí này cũng không nhiều và chưa đáp ứng đủ. Các hoạt động tuần tra bảo vệ rừng cũng thiếu kinh phí, hiện tại lực lượng kiểm lâm của vườn đang được hỗ trợ một phần kinh phí cho công tác tuần tra rừng từ Vườn thú Coglone cho đến năm 2013 tuy nhiên đến nay nguồn hỗ trợ đó đã kết thúc. Điều này đã hạn chế các đợt tuần tra kiểm soát dài ngày trong rừng đối với lực lượng Kiểm lâm của VQG PN-KB do đó đã làm hạn chế đến hiệu quả của công tác tuần tra kiểm soát bảo vệ rừng.