Lưu vực Khe Bố nằm ở Đông Bắc dãy Trường Sơn, địa hình đa dạng, phức tạp và bị chia cắt bởi các hệ thống đồi núi, sông suối hướng nghiêng từ
Tây - Bắc xuống Đông - Nam. Đỉnh núi cao nhất là đỉnh Pulaileng (2.711m) ở huyện Kỳ Sơn.
Nhìn chung địa thế trong lưu vực thủy điện Khe Bố cao ở phía Tây và thấp dần xuống phía Đông. Địa hình rất đa dạng và phức tạp, với nhiều kiểu địa hình, núi cao, núi trung bình, núi thấp và vùng thung lũng đan xen nhau. Có thể phân chia thành 5 kiểu địa hình chính như sau:
- Kiểu địa hình núi cao
Địa hình chia cắt mạnh, độ dốc bình quân từ 250-450. Độ cao bình quân 1.500m. Tỷ lệ che phủ rừng lớn, tập trung diện tích rừng có trữ lượng cao, có
nhiều nguồn gen động, thực vật quý hiếm.
- Kiểu địa hình núi trung bình
Địa hình khá phức tạp, chia cắt mạnh, độ dốc bình quân từ 200- 250. Độ cao bình quân 1.200m. Tỷ lệ che phủ rừng cao, là nơi tập trung diện tích rừng
có trữ lượng cao.
- Kiểu địa hình núi thấp
Đây là vùng chuyển tiếp giữa kiểu địa hình núi trung bình và vùng thung lũng, vùng ven biển, độ dốc bình quân từ 150- 200, độ cao trung bình từ 600 - 800 m. Độ che phủ của rừng không cao, rừng tự nhiên còn ít, rừng trồng
manh mún.
- Kiểu địa hình thung lũng và máng trũng
Kiểu địa hình này, nằm dọc theo các triền Sông Lam. Vùng này có địa hình tương đối bằng phẳng, độ cao trung bình từ 400 - 600m, độ dốc trung bình từ 50 - 100.