Nếu như việc tìm kiếm dự án đầu tư phát triển, thẩm định và quyết định cho vay là một nhiệm vụ trọng tâm thì công tác thu hồi nợ vốn vay các dự án này lại
càng quan trọng hơn. Bởi vì, mục tiêu hoạt động của NHPT Việt Nam là không vì mục đích lợi nhuận nhưng phải đảm bảo thu hồi vốn và bù đắp được chi phí. Có
nghĩa là, hoạt động của NHPT Việt Nam đòi hỏi phải đạt được mục tiêu hiệu quả
trên cả hai mặt về xã hội lẫn kinh tế.
Tuy nhiên, hoạt động của NHPT Việt Nam khó tránh khỏi tình trạng nợ quá
hạn bởi vì đối tượng cho vay của NHPT Việt Nam là các dự án, chương trình kinh tế lớn có thời gian hoàn vốn dài, mức độ hoàn vốn thấp, do không đủ điều kiện để
vay vốn của các NHTM, nhưng cần thiết phải đầu tư.
Nhận thức được vấn đề đó, trong thời gian qua, Chi nhánh NHPT Đồng Nai đã sử dụng nhiều biện pháp để thu hồi nợ vay theo hợp đồng tín dụng tuy nhiên, nếu
so với kế hoạch được NHPT Việt Nam giao thì tỷ lệ thu nợ đạt thấp. Cụ thể: năm
2006 doanh số thu nợ đạt khoảng 72% kế hoạch, năm 2007 con số này tăng lên 95,4%, năm 2008 tỷ lệ thu nợ đạt 90,7%, năm 2009 doanh số thu nợ đạt khoảng
92,8% kế hoạch, năm 2010 con số này tăng lên 99%, nhưng đến năm 2011 tỉ lệ thu
nợ chỉ đạt có 58,84% so với kế hoạch được giao. Một số dự án gặp khó khăn trong
công tác thu hồi nợ tập trung vào các chương trình kinh tế lớn của Nhà nước như:
các dự án thuộc chương trình mía đường, chương trình trồng rừng, đầu tư hỗ trợ cho
nông dân. Một số dự án không còn hoạt động phải xử lý tài sản, họat động kém hiệu
quả, đang trong quá trình chuyển đổi loại hình doanh nghiệp gặp khó khăn về tài
chính chưa có nguồn trả nợ. Năm 2012 với nỗ lực cao độ trong công tác thu hồi và xử lý nợ xấu, Chi nhánh đã thu hồi và xử lý được 195.016 triệu đồng tăng gần gấp đôi so với năm 2011.