Bên cạnh đó, có các trường hợp vì những lý do khác nhau mà dẫn đến tranh chấp giữa bên mang thai hộ và bên nhờ mang thai hộ trong vấn đề xác định cha mẹ cho đứa trẻ sinh ra nhờ mang thai hộ vì mục đích nhân đạo. Ví dụ: Mặc dù pháp luật quy định bên nhờ mang thai hộ có nghĩa vụ nhận con khi bên mang thai hộ giao con nhưng vì một số lý do như đứa trẻ không may bị khiếm khuyết cơ thể hay mắc các bệnh về bẩm sinh, hoặc tình cảm vợ chồng nhờ mang thai hộ có thể rạn nứt và có nguy cơ dẫn đến ly hôn, hoặc vì một số lý do khách quan trong quá trình thực hiện kỹ thuật mang thai hộ, đứa trẻ sinh ra do mang thai hộ không phải là sự kết hợp giữa noãn và tinh trùng của cặp vợ chồng nhờ mang thai hộ nhưng không phải do lỗi của bên mang thai hộ,… nên bên nhờ mang thai hộ không thừa nhận quan hệ cha mẹ với đứa trẻ sinh ra do mang thai hộ. Hoặc còn có trường hợp bên mang thai hộ đến cơ quan đăng ký hộ tịch khai sinh cho đứa trẻ mình sinh ra, tự nhận mình là cha mẹ của đứa trẻ và không thực hiện nghĩa vụ giao con cho bên nhờ mang thai hộ,… Nếu xảy ra các trường hợp như vậy thì người mang thai hộ phải thực hiện nghĩa vụ giao con cho ai và việc xác định cha mẹ con sẽ được giải quyết như thế nào? Việc xác định cha, mẹ, con trong trường hợp này không thể bằng thủ tục hành chính mà phải thông qua thủ tục tư pháp mà thẩm quyền giải quyết thuộc về Tòa án. Cụ thể, khoản 2 Điều 101 Luật HN&GĐ năm 2014 quy định Tòa án có thẩm quyền giải quyết việc xác định cha, mẹ, con trong trường hợp có tranh chấp. Tòa án sẽ căn cứ vào các chứng cứ có liên quan đến tranh chấp để xem xét ai là người vi phạm nghĩa vụ giao, nhận con trong thỏa thuận mang thai hộ vì mục đích nhân đạo. Từ đó, Tòa án đưa ra phán quyết xác định cha, mẹ, con trong trường hợp mang thai hộ vì mục đích nhân đạo.
Quyết định của Tòa án về xác định cha, mẹ, con phải được gửi cho cơ quan đăng ký hộ tịch để ghi chú theo quy định của pháp luật về hộ tịch; các bên trong quan hệ xác định cha, mẹ, con; cá nhân, cơ quan, tổ chức có liên quan theo quy định của pháp luật về tố tụng dân sự15. Sau khi quyết định của Tòa án về xác định cha, mẹ, con trong trường hợp mang thai hộ vì mục đích nhân đạo có hiệu lực thì có sự thay đổi hộ tịch của các bên trong quan hệ cha, mẹ, con này16. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày bản án, quyết định có hiệu lực pháp luật, Tòa án nhân dân,