Nƣớc biển dâng chính là vấn đề nghiêm trọng nhất mà rừng ngập mặn sẽ gặp phải.Sự bồi tụ và xói lở bờ biển phụ thuộc vào đặc điểm địa mạo của rừng ngập mặn, từ đó tác động đến nguồn lắng đọng trầm tích, thành phần trầm tích và phƣơng thức vận chuyển trầm tích. Các hạt trầm tích nhỏ đƣợc vận chuyển và lắng đọng vào trong rừng ngập mặn theo dòng nƣớc triều trong thời điểm cao triều do dòng chảy bị chậm lại khi tiếp xúc với hệ thống rễ dày đặc của cây ngập mặn. Nhƣng trong điều kiện lụt hoặc nƣớc biển dâng cao, quá trình trên không diễn ra mà ngƣợc lại, trầm tích bị cuốn ra ngoài từ trong rừng, gây xa xói mòn, thậm chí còn có thể phá hủy hệ thống rễ của cây ngập mặn. Sự xói mòn này cũng đồng thời phá hủy tầng hữu cơ do lá cây và các vi sinh vật phân hủy tạo ra, là nguồn dinh dƣỡng quan trọng cho cây ngập mặn. Bên cạnh đó, bão và những hiện tƣợng khí hậu cực đoan khác cũng phá hủy rừng ngập mặn qua các tác động vật lý làm xói lở lớp trầm tích bề mặt, gẫy cành, bật rễ..Nhƣng khu vực bị tàn phá nhiều cũng khó có khả năng phục hồi do cây con không thể phát triển đƣợc. Sự gia tăng nhiệt độ sẽ tác động đến rừng ngập mặnsẽ thể hiện ở các khía cạnh sau đây:
- Thay đổi thành phần loài trong rừng;
- Thay đổi các đặc điểm sinh lý của cây ngập mặn nhƣ thay đổi thời gian ra hoavà đậu quả;
- Tăng năng suất của cây ngập mặn với điều kiện nhiệt độ không vƣợt quá giới hạn của cây
Nồng độ khí trong khí quyển tăng lên có tác dụng tích cực đến cây ngập mặn qua việc làm tăng năng suất và tốc độ phát triển của cây. Các thảm rừng ngập mặng khu vực xã Phù Long đang phải đối mặt với hiện tƣợng biển tiến. Thêm vào đó, do thời gian ngập bãi kéo dài hơn là nguyên nhân làm cho cây non không thể bám đƣợc vào lòng đất dẫn tời giảm thiểu khả năng phục hồi tự nhiên và đẩy nhanh quá trình suy thoái hệ.